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松杨栅锈菌种内群体分化及SCAR标记

作　者: 余仲东
导　师: 曹支敏
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 植物病理学
关键词: 松杨栅锈菌生理小种群体分化 SCAR标记核相
分类号: S763.7
类　型: 博士论文
年　份: 2006年
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内容摘要

松杨栅锈菌(Melampsora larici-populina Kleb.)是青杨派、黑杨派及其杂交杨上重要的病原之一,在世界范围内均有发生。该菌种内群体分化明显,遗传背景复杂。欧洲、北美曾报道过该菌的5个生理小种,我国也相继发现该菌生理小种分化现象。为摸清该菌在我国的发生状况和遗传背景,准确的进行小种鉴别,本文采用致病性测定、ITS序列分析、RFLP、RAPD、RAMs、SCAR标记、细胞核染色等技术对该菌进行了研究,取得了如下成果:1.通过对幼苗温室接种,对来自全国各地的松杨栅锈菌致病性分化进行了系统研究,建立了我国该菌小种鉴别的技术体系,确定了我国该菌小种鉴别的寄主杨树谱,以及扩繁寄主杨树(太白杨),首次提出我国松杨栅锈菌5个生理小种的观点。2.在对比分析的基础上,创建了锈菌夏孢子微量快速提取技术,并对该技术及其在PCR操作中的应用进行了优化研究。该方法克服了常规分子操作中大量需要夏孢子材料的困难,使得DNA提取时间缩短在30min内,夏孢子用量10㎎以下或单个夏孢子堆,产率达882μg/g。对纯化夏孢子DNA提取原液稀释倍数进行了研究,该结果有利于DNA的保存和有效利用。在ITS扩增中,稀释倍数可达6倍,随机引物扩增中优化稀释倍数为16~32倍。采用Gardes & Bruns (1993)设计的担子菌特异性ITS引物,可以从感病(显症和不显症)杨树叶片DNA提取液中特异性的检测到松杨栅锈菌ITS片段,该结果对指导杨(柳)树叶锈病检疫和系统学研究,具有重要意义。3.对该菌全国范围内5个小种的11个菌样遗传分化做了初步研究。初步确立了我国该菌西部和北方两大地理菌群的观点。RAPD解析可将高山森林生态型和平原生态型分开,而RAMs解析则不能。遗传多样性指数T检验结果表明,C2小种遗传多样性指数与C4、C3、C1小种的差异显著,其余小种间不显著。我国平原生态型菌群平均遗传多样性指数高于高山森林生态型菌群的平均遗传多样性指数,推测杨树引种或锈菌的其他行为(如“异核体现象”)可能在该菌变异中起着重要作用。小种致病性分化与遗传分化不一定相关。来自C4小种的Qh、Gl菌样常被聚在同一个遗传型中,而来自C4、C5小种的Cjq、Bq菌样也常被聚在同一个遗传型中。致病性表达不仅决定于遗传背景,也与环境条件密切相关。核糖体ITS区段研究表明:该菌ITS序列(ITS1,5.8SrDNA,ITS2)全长581bp,且高度保守,不适合该菌种内群体分化研究。来自德国、法国、加拿大、英国、中国的菌系,ITS序列同源性高达99%以上。ITS序列变异主要发生在个别碱基的颠换上,与已报道的其他病原菌ITS变异方式不同。ITS的RFLP解析也得到相同的结果,根据ITS序列和RFLP结果,首次得到了该菌ITS内切酶限制性图谱。

全文目录

摘要  4-6
ABSTRACT  6-9
第一章文献综述  9-25
  1.1 杨树叶锈病发生状况  9-12
  1.2 落叶松杨栅锈菌种内分化研究现状  12-19
  1.3 杨树抗锈性及抗病基因研究  19-23
  1.4 松杨栅锈菌研究中存在的问题  23-25
第二章落叶松-杨栅锈菌生理小种分化  25-31
  2.1 材料与方法  25-27
  2.2 结果与分析  27-29
  2.3 讨论  29-31
第三章松杨栅锈菌遗传多样性分析  31-59
  3.1 夏孢子DNA 的微量快速提取  31-35
  3.2 夏孢子DNA 提取技术的优化和RAPD 反应体系建立  35-37
  3.3 松杨栅锈菌的ITS-NRDNA-RELP 与序列分析  37-43
  3.4 松杨栅锈菌的RAPD 分析  43-51
  3.5 松杨栅锈菌RAMS 分析  51-57
  3.6 结论与讨论  57-59
第四章松杨栅锈菌SCAR 标记转换与检测  59-71
  4.1 RAPD 地理群、C4 小种特异条带的回收、扩增与纯化  59-61
  4.2 RAPD 地理群、C4 小种DNA 片段的TA 克隆、测序与引物设计  61-66
  4.3 RAPD 地理群、C4 小种SCAR 标记  66-68
  4.4 结论与讨论  68-71
第五章松杨栅锈菌核相循环研究  71-81
  5.1 材料和方法  71-72
  5.2 结果与分析  72-78
  5.3 结论与讨论  78-81
第六章结论与讨论  81-84
  6.1 结论  81-82
  6.2 讨论  82-83
  6.3 创新点  83-84
参考文献  84-95
附件  95-114
致谢  114-115
作者简介  115

松杨栅锈菌种内群体分化及SCAR标记

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