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长江流域几种重要鱼类的分子标记筛选开发及群体遗传分析

作　者: 廖小林
导　师: 童金苟；常剑波
学　校: 中国科学院研究生院（水生生物研究所）
专　业: 遗传学
关键词: 长江鱼类分子标记微卫星群体遗传多样性遗传结构群体分化
分类号: S917.4
类　型: 博士论文
年　份: 2006年
下　载: 817次
引　用: 5次
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内容摘要

长江是中国最长的河流,居世界第三位。长江流域鱼类繁多,超过360种(亚种),其中特有鱼类约180种(亚种),是我国鱼类资源最丰富的地区。由于过度捕捞、水污染及大型水利工程的修建等原因,近20年来长江渔业资源有较大衰退,一些特有鱼类将面临生存威胁。为了更好地保护和合理利用长江渔业资源,采用不同分子标记对一些具有重要经济价值或生态学意义的特有鱼类进行群体遗传分析,是鱼类生态学、水产资源学以及鱼类遗传与育种学不可缺少的应用基础性的研究工作。本研究主要包括两大部分:第一部分是筛选和开发几种长江鱼类的微卫星等分子标记,主要包括:1、利用一种高效的构建基因组富集文库筛选微卫星的方法(FIASCO方法)分离出了一些铜鱼(Coreius heterodon)、圆口铜鱼(Coreius guichenoti)和稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)的多态微卫星标记,研究了它们的特性并进行了相近种的跨种扩增能力测试。2、通过数据发掘,对筛选开发鲤鱼(Cyprinus carpio)位于表达序列标签(EST)的微卫星(EST-SSR)进行了有益尝试,获得了一些I型的遗传标记。3、此外,还开发了能区分鲤科鮈亚科(Gobioninae) 7种鱼(铜鱼、圆口铜鱼、麦穗鱼Pseudorasbora parva、蛇鮈 Saurogobio dabryi、吻鮈 Rhinogobio typus、长鳍吻鮈 Rhinogobio ventralis和圆筒吻鮈 Rhinogobio cylindricus)的RAPD-SCAR标记,结合多重PCR扩增方法,只需要进行两次PCR扩增就能在苗种阶段或胚胎发育早期鉴别这7种鱼。另一部分是利用微卫星标记和线粒体控制区序列分析对长江流域4种重要

全文目录

中文摘要  8-10
英文摘要  10-13
第一部分文献综述  13-40
  第一章常用分子标记的起源、开发方法及应用  13-33
    1.1 分子标记的性质与特点概述  13-14
    1.2 常用分子标记的原理及开发方法  14-33
      1.2.1 鱼类线粒体基因组(mtDNA)及其分子标记  14-18
      1.2.2 随机扩增多态DNA(RAPD)标记  18-19
      1.2.3 扩增片段长度多态(AFLP)标记  19-21
      1.2.4 序列表达标签(EST)  21-23
      1.2.5 微卫星(microsatellite)标记  23-33
        1.2.5.1 未知功能的微卫星标记(anonymous microsatellite)的分离  25-29
          1.2.5.1.1 FIASCO 方法  25-28
          1.2.5.1.2 TOMMI 方法  28-29
        1.2.5.2 与基因连锁的微卫星标记(genic microsatellite)的分离  29-33
          1.2.5.2.1 通过数据发掘(Data mining)分离EST-SSR  30-31
          1.2.5.2.2 cDNA 富集方法分离EST-SSR  31-33
  第二章长江鱼类分子群体遗传分析的现状及展望  33-40
第二部分长江流域几种重要鱼类的分子标记开发  40-75
  第三章铜鱼微卫星DNA 标记的开发  40-48
    3.1 引言  40
    3.2 材料与方法  40-47
      3.2.1 主要仪器设备  40-41
      3.2.2 主要试剂  41
      3.2.3 实验材料  41
      3.2.4 基因组DNA 抽提  41-42
      3.2.5 高效感受态细胞的制备  42-43
      3.2.6 微卫星富集文库的构建  43-45
      3.2.7 重复序列寻找及引物设计  45
      3.2.8 多态性微卫星位点筛选及数据分析  45-47
    3.3 结果及讨论  47-48
  第四章圆口铜鱼微卫星 DNA 标记的开发以及不同类型、来源微卫星之间的比较  48-57
    4.1 引言  48-49
    4.2 材料与方法  49-51
      4.2.1 主要仪器设备  49
      4.2.2 主要试剂  49-50
      4.2.3 实验材料  50
      4.2.4 基因组DNA 抽提  50
      4.2.5 微卫星富集文库的构建  50
      4.2.6 微卫星跨种扩增  50-51
      4.2.7 数据处理  51
    4.3 实验结果  51-55
      4.3.1 从富集文库得到的多态性微卫星标记  51-53
      4.3.2 通过跨种扩增得到的多态性微卫星标记  53
      4.3.3 Pearson correlations 与t-检验  53-55
    4.4 讨论  55-57
  第五章稀有鮈鲫微卫星DNA 标记的开发  57-64
    5.1 引言  57-58
    5.2 材料与方法  58-60
      5.2.1 主要仪器设备  58
      5.2.2 主要试剂  58
      5.2.3 实验材料  58
      5.2.4 基因组DNA 抽提  58-59
      5.2.5 微卫星富集文库的构建  59
      5.2.6 PCR 产物电泳及银染  59
      5.2.7 数据处理  59-60
    5.3 结果及讨论  60-64
  第六章鲤鱼EST-SSR标记开发初探  64-67
    6.1 引言  64
    6.2 材料与方法  64-65
    6.3 结果与讨论  65-67
  第七章能区分鮈亚科7种鱼的RAPD-SCAR标记的获得  67-75
    7.1 引言  67
    7.2 材料与方法  67-71
      7.2.1 主要仪器设备  67-68
      7.2.2 主要试剂  68
      7.2.3 实验材料  68
      7.2.4 基因组DNA 抽提  68
      7.2.5 实验方法  68-71
        7.2.5.1 RAPD 反应的PCR 扩增、特异片段纯化与克隆  69
        7.2.5.2 特异DNA 片段的PCR 检测  69
        7.2.5.3 微卫星位点的扩增及检测  69-71
    7.3 结果与讨论  71-75
第三部分长江流域四种重要鱼类的分子群体遗传分析  75-121
  第八章长江水系草鱼遗传多样性的微卫星DNA 分析  75-86
    8.1 引言  75-76
    8.2 材料与方法  76-78
      8.2.1 主要仪器设备  76
      8.2.2 主要试剂  76
      8.2.3 实验材料  76-77
      8.2.4 基因组DNA 抽提  77
      8.2.5 微卫星位点筛选 P、CR 扩增及其产物分离  77
      8.2.6 PCR 产物测序  77
      8.2.7 数据统计分析  77-78
    8.3 实验结果  78-82
      8.3.1 草鱼微卫星位点筛选  78
      8.3.2 草鱼微卫星等位基因与位点变异  78-80
      8.3.3 哈代-温伯格平衡与群体内遗传变异  80-81
      8.3.4 群体间遗传变异  81-82
    8.4 讨论  82-86
      8.4.1 微卫星位点的保守性与变异  82-83
      8.4.2 哈代-温伯格平衡与群体内遗传变异  83-85
      8.4.3 群体间遗传变异  85-86
  第九章洞庭湖、鄱阳湖与长江干流鲤鱼群体遗传多样性研究  86-95
    9.1 引言  86-87
    9.2 材料与方法  87-88
      9.2.1 实验材料与基因组DNA 抽提  87
      9.2.2 微卫星座位筛选 P、CR 扩增及其产物分离  87-88
      9.2.3 数据统计分析  88
    9.3 实验结果  88-90
      9.3.1 微卫星多态性与孟德尔遗传  88-89
      9.3.2 哈迪-温博格平衡  89
      9.3.3 群体内与群体间遗传变异  89-90
    9.4 讨论  90-95
      9.4.1 鲤鱼中微卫星位点多态性  90-92
      9.4.2 长江鲤鱼群体间遗传分化  92-93
      9.4.3 长江鲤鱼杂合度的变化  93-95
  第十章长江水系铜鱼分子群体遗传分析  95-108
    10.1 引言  95-96
    10.2 材料与方法  96-98
      10.2.1 实验材料  96
      10.2.2 基因组DNA 抽提  96-97
      10.2.3 微卫星分析及线粒体D-loop测序  97-98
      10.2.4 数据分析  98
    10.3 实验结果  98-106
      10.3.1 群体内遗传变异  98-105
      10.3.2 群体间遗传变异  105-106
    10.4 讨论  106-108
  第十一章长江水系圆口铜鱼分子群体遗传分析  108-121
    11.1 引言  108-109
    11.2 材料与方法  109-111
      11.2.1 实验材料  109
      11.2.2 基因组DNA 抽提  109
      11.2.3 微卫星分析及线粒体D-loop 测序  109-110
      11.2.4 数据分析  110-111
    11.3 实验结果  111-118
      11.3.1 群体内遗传变异  111
      11.3.2 群体间遗传变异  111-118
    11.4 讨论  118-121
参考文献  121-143
在学期间论文发表情况  143-144
致谢  144-145

长江流域几种重要鱼类的分子标记筛选开发及群体遗传分析

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