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甘肃马铃薯晚疫病菌生理小种鉴定及EST-SSR多样性分析

作　者: 成兰芳
导　师: 王生荣
学　校: 甘肃农业大学
专　业: 植物病理
关键词: 马铃薯晚疫病菌生理小种鉴定 EST-SSR PCR 聚类分析多样性
分类号: S435.32
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

致病疫霉(Phytophthora infestans (Mont.)De Bary)引起的马铃薯晚疫病是世界范围内危害生产最为严重的病害。甘肃省是我国马铃薯的主要产区,随着我省品种调运的日益频繁和药剂的不合理使用,造成我省马铃薯晚疫病菌遗传结构趋于复杂化,导致晚疫病的防治日益困难。因此,加强马铃薯晚疫病菌群体结构的研究对指导甘肃晚疫病的防治具有实际意义。本文以在甘肃主产区采集的63份马铃薯晚疫病菌为材料,对其生理小种类型及EST-SSR引物扩增试验进行多样性分析进行研究,最后结合分子生物学鉴定和传统鉴定,并认为分子生物学鉴定将成为生理小种鉴定的依据。研究共取得以下几方面结果:1.对甘肃省主产区采集的63份晚疫病菌株进行生理小种类型的鉴定,鉴定出了16个生理小种,主要有:1.3.4.5.6.7.8.10.11,1.4.5.6.7.8.10.11,1.4.6.7.10.11, 1.3.4.5.6.7.11,1.4.6.7.11,1.4.6.7.10,1.3.4.6.7,1.3.4.11,1.4.6.7,1.4.7.11,4.6.7.11,3.4.6.7, 4.7.11,1.3.4,1.4,4,生理小种类型。2.应用查找软件SSRIT从GenBank的dbEST数据库中对12581条马铃薯晚疫病菌EST序列进行筛选,共发现389个SSR位点,选取合适的EST序列设计合成11对引物,其中新发现有9对引物(81.8%)扩增出SSR特征条带。9个新的马铃薯晚疫病菌SSR标记,可对马铃薯晚疫病菌及其相关种的遗传变异进行有效地研究。3.通过引物筛选选取1对(P5)自行设计的EST-SSR引物,对63份晚疫病菌群体进行多样性分析。结果表明甘肃省内马铃薯晚疫病菌多样性较丰富。

全文目录

摘要  2-3
Summary  3-6
引言  6-8
第一章文献综述  8-16
  1.1 马铃薯晚疫病菌生理小种的研究进展  8-9
  1.2 马铃薯晚疫病菌EST-SSR 标记的研究进展  9-12
    1.2.1 EST-SSR 标记的研究发掘  9
    1.2.2 EST 序列的获得  9-10
    1.2.3 EST-SSR 鉴定的标准  10
    1.2.4 EST-SSR 引物的扩增效率  10-11
    1.2.5 EST-SSR 分子标记的研究进展  11-12
  1.3 马铃薯晚疫病菌群体多样性研究进展  12-14
  1.4 实验目的及思路  14-16
第二章甘肃省马铃薯晚疫病菌生理小种鉴定  16-24
  2.1 材料与方法  16-18
    2.1.1 病株的采集分离和菌种的保存  16-17
    2.1.2 鉴别寄主的培育  17-18
    2.1.3 生理小种的鉴定  18
  2.2 结果与分析  18-23
    2.2.1 2009 年甘肃省马铃薯晚疫病菌生理小种的类型  18-22
    2.2.2 毒力基因出现的频率与分布  22-23
  2.3 讨论  23-24
第三章马铃薯晚疫病菌EST-SSR 筛选  24-33
  3.1 材料与方法  24-26
    3.1.2 仪器与试剂  24
    3.1.3 生化试剂  24-25
    3.1.4 试验菌株的纯化和DNA 的提取  25-26
    3.1.5 0.8%琼脂糖凝胶电泳  26
  3.2 马铃薯晚疫病菌EST 序列及SSR 筛选挖掘  26-27
    3.2.1 引物的设计  27
    3.2.2 PCR 扩增及产物检测  27
  3.3 结果与分析  27-31
    3.3.1 模板DNA 纯度与浓度的检测  27-28
    3.3.2 马铃薯晚疫病菌EST 中SSR 基元分析  28-31
    3.3.3 引物的有效性检测  31
  3.4 讨论  31-33
    3.4.1 EST 数据库是晚疫病菌SSR 开发的有效资源  31-32
    3.4.2 马铃薯晚疫病菌EST-SSR 标记的分布特征  32
    3.4.3 EST-SSR 标记的发展前景  32-33
第四章马铃薯晚疫病菌EST-SSR 多样性检测  33-53
  4.1 材料与方法  33-35
    4.1.1 马铃薯病菌群体材料  33-34
    4.1.2 试验方法  34
    4.1.3 SSR 分子标记技术扩增体系和程序  34-35
  4.2 马铃薯晚疫病菌EST-SSR 多样性检测  35-40
    4.2.1 引物的筛选  35-37
    4.2.2 马铃薯晚疫病菌DNA 多态性标记  37-40
  4.3 EST-SSR 揭示的马铃薯晚疫病菌多样性关系  40-50
    4.3.1 对SM、Jaccard 和DICE 三种相似系数的Mantel 检验  45-47
    4.3.2 主坐标分析  47-50
  4.4 16 个晚疫病菌生理小种系统聚类分析  50-53
第五章结论与讨论  53-61
  5.1 主要结论  53-56
    5.1.1 16 个马铃薯晚疫病菌生理小种类型  53-54
    5.1.2 马铃薯晚疫病菌EST-SSR 序列的筛选  54
    5.1.3 EST-SSR 引物的有效性检测  54-55
    5.1.4 马铃薯晚疫病菌多样性分析  55-56
    5.1.5 传统生理小种鉴定和分子鉴定异同的比较  56
  5.2 讨论  56-60
    5.2.1 晚疫病菌生理小种鉴定的复杂性和生理小种的判定问题  56-57
    5.2.2 传统鉴定和分子鉴定的关联  57-58
    5.2.3 试验中的困难及其应改进的地方  58-60
  5.3 创新点  60-61
图版  61-63
附表1 63 个马铃薯晚疫病菌菌株ssr 谱带（记为存在（1）或不存在（0））  63-65
参考文献  65-69
致谢  69-70
个人简介  70-71
导师简介  71-72

甘肃马铃薯晚疫病菌生理小种鉴定及EST-SSR多样性分析

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