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三株不同亚型SIV HA基因与NA基因克隆与序列分析

作　者: 朱晓林
导　师: 谢之景
学　校: 山东农业大学
专　业: 临床兽医学
关键词: 猪流感病毒 HA基因 NA基因 克隆 序列分析
分类号: S852.65
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


本研究对H3N2、H9N2、H1N1三个不同亚型的猪流感病毒(Swininfluenza virus, SIV)的HA基因、NA基因进行了克隆序列分析。根据Genbank中H3N2、H9N2、H1N1亚型猪流感病毒(SIV)HA基因、NA基因序列,分别设计扩增三个不同亚型SIV HA基因、NA基因的特异性引物,采用RT-PCR方法进行扩增,然后将所扩增的基因克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。SW/SD/JT/07 (H3N2)HA基因长度约为1701bp,编码566个氨基酸,与参考毒株的同源性在65.2℅-81.8℅之间;HA0切割位点序列为PENQTR↓G,属非高致病性毒株;SW/SD/JT/07(H3N2) HA蛋白有7个糖基化位点,由于碱基突变缺少了一个糖基化位点,生物学特性发生变化。SW/SD/JT/07(H3N2)与所有参考毒株HA蛋白上的受体结合位点的氨基酸很保守,即98、134、136、138、226位分别为Tyr、Gly、Ser、Ala、Asn。SW/SD/JT/07 (H3N2)NA基因长为1413bp,编码470个氨基酸,与参考毒株的同源性在65.1℅-91.8℅之间,NA基因系统发生分析表明SW/SD/JT/07(H3N2)与禽流感病毒H3N2亚型亲缘关系最近。SW/SD/JT/07NA(H3N2) NA蛋白与参考毒株的颈区63、64、65位置均无氨基酸缺失现象,可推测其对病毒的复制能力不会有很大影响。SW/SD/JT/07(H9N2)HA基因长度为1701bp,编码566个氨基酸,HA0切割位点序列为R-S-S-R-G ,属非高致病性毒株;SW/SD/JT/07(H9N2) HA蛋白有8个糖基化位点,与参考毒株糖基化位点数一致;SW/SD/JT/07(H9N2)HA蛋白有5个受体结合位点,其中在190位氨基酸与其余参考毒株存在差异。SW/SD/JT/07 (H9N2)NA基因长为1413bp,编码470个氨基酸, SW/SD/JT/07 (H9N2)NA蛋白基质结合部与参考毒株一致,高度保守;SW/SD/JT/07 (H9N2)NA蛋白有五个抗原位点,SW/SD/JT/07(H9N2)在325位为D其余参考毒株均为N,SW/SD/JT/07与DC/HB/W1/04、CK/GS/2/99位置在398位为E,其余参考毒株为D或N;SW/SD/JT/07(H9N2) NA蛋白与CK/SH/F/98、DC/HB/W1/04、CK/GS/2/99、SW/GD/WXL/04、SW/SD/W4/03、SW/YN/Simao2/07一样在茎区63,64,65位发生氨基酸缺失。SW/SD/JT/07 (H9N2) HA基因与参考毒株的同源性在82.5℅-98.6℅之间, NA基因与参考毒株的同源性在82.2℅-99.1℅之间。SW/SD/JT/07(H9N2)HA基因与NA基因系统发生分析表明SW/SD/JT/07与AIV H9N2亚型亲缘关系密切。SW/SD/JT/07 (H1N1)HA基因长为1701bp,编码566个氨基酸;HA蛋白切割位点为IPSIQSR↓G,属于非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,其中有6个在HA1蛋白上,有2个在HA2蛋白上,与个别参考毒株糖基化位点个数不同;HA蛋白上的受体结合位点除个别参考毒株在190位不有所不同。SW/SD/JT/07 (H1N1)NA基因长为1410p,编码469个氨基酸;NA基因颈部未发现氨基酸缺失现象;NA蛋白的头部有五个可能的抗原位点Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ五个区段组成,在340位、346位、366位分别为P、I、N,其余参考毒株在相应位置的氨基酸分别为S、V、S; NA蛋白共有8个糖基化位点,与个别参考毒株的糖基化个数不同。根据HA基因、NA基因系统发生树分析,说明SW/SD/JT/07 (H1N1)与2009年全球范围内爆发的H1N1甲型流感病毒的几个参考毒株亲缘关系较远,不属于同一分支;根据NA基因系统发生分析表明SW/SD/JT/07(H1N1)与H1N1亚型禽流感病毒亲缘关系最近。本实验通过对三株不同亚型SIV HA基因与NA基因序列分析,为进一步防控SIV的流行提供了分子流行病学资料。

全文目录


英文缩写词表  4-8
中文摘要  8-10
英文摘要  10-13
1 引言  13-31
  1.1 SIV的病原学特征  14
  1.2 SIV亚型的分类  14-15
  1.3 SIV的特性  15-16
  1.4 SIV的分子生物学特性  16-20
  1.5 SIV 的种间传播机制  20-22
  1.6 SIV 的流行病学  22-24
  1.7 SIV 的抗原变异  24-25
  1.8 SIV的临床症状及病理变化  25-26
  1.9 SIV 诊断技术  26-28
  1.10 防制  28-30
  1.11 公共卫生学意义  30-31
2 材料与方法  31-38
  2.1 病毒  31
  2.2 试剂和仪器  31
  2.3 试验  31-38
3 结果与分析  38-52
  3.1 RT-PCR扩增结果  38-40
  3.2 重组子的酶切鉴定结果  40-43
  3.3 序列分析结果  43-52
4.讨论  52-55
  4.1 H3N2亚型HA基因、NA基因序列分析结果讨论  52
  4.2 H9N2亚型HA基因、NA基因序列分析结果讨论  52-53
  4.2 H9N2亚型HA基因、NA基因序列分析结果讨论  53-55
5 结论  55-56
参考文献  56-65
附录  65-73
  附录1:SW/SD/JT/07(H3N2) HA基因测序结果  65-66
  附录2:SW/SD/JT/07(H3N2) NA 基因测序结果  66-67
  附录3:SW/SD/JT/07(H9N2) HA 基因测序结果  67-68
  附录4:SW/SD/JT/07(H9N2) NA基因测序结果  68-69
  附录5:SW/SD/JT/07(H1N1) HA基因测序结果  69-71
  附录6:SW/SD/JT/07(H1N1) NA基因测序结果  71-73
致谢  73-74
攻读硕士期间论文发表情况  74

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 动物医学（兽医学） > 兽医基础科学 > 家畜微生物学（兽医病原微生物学） > 家畜病毒学
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