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基于MBD2b蛋白的甲基化DNA检测技术研究

作　者: 黄建锋
导　师: 白林泉；肖华胜
学　校: 上海交通大学
专　业: 生物工程
关键词: DNA甲基化 MBD2b CpG岛芯片甲基化测序
分类号: Q523
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

本研究建立了一套甲基化结合蛋白富集甲基化DNA的方法,是通过构建MBD2b蛋白表达系统,表达MBD2b蛋白,制作了GST-MBD2b蛋白层析柱,用于蛋白结合甲基化的DNA。同时根据UCSC人类基因组CpG岛序列,设计了全基因组CpG岛甲基化检测芯片,该芯片覆盖了28000多个CpG岛。构建了基于免疫共沉淀的ChIP on chip方法的全基因组甲基化分析方法,主要利用上述特异性亲合甲基化DNA的MBD2b蛋白富集甲基化DNA,再利用全基因组CpG岛芯片对富集后样本进行分析。本研究同时探讨了另外一种全基因组甲基化DNA的检测方法,即通过MBD2b蛋白富集甲基化DNA后,直接利用二代测序技术分析,即ChIP-Seq的方法。本次研究并利用此方法展开了对肝癌组织甲基化异化谱的研究,通过MBD2b蛋白富集系统联合第二代测序技术检测了1对样本(肝癌及癌旁)的甲基化异化谱。并选取部分基因位点进行了验证。证明这种方法是可行的。

全文目录

摘要  3-4
Abstract  4-5
目录  5-7
第一章绪论  7-20
  第一节 DNA 甲基化的相关概念  8-10
    1.1.1. DNA 的甲基化修饰  8-9
    1.1.2. DNA 甲基化与基因表达  9-10
  第二节 DNA 甲基化的研究方法  10-14
  第三节甲基化结合蛋白  14-16
  第四节基因芯片－高通量差异筛选的利器  16-18
    1.4.1. 基因芯片的概念  16-17
    1.4.2. 基因芯片在甲基化DNA 检测中的应用  17-18
  第五节高通量测序  18-20
第二章高通量甲基化位点筛选的具体实施  20-63
  第一节本研究的主要思路  20-21
  第二节 MBD2b 蛋白的表达及纯化  21-37
    2.2.1. 蛋白的表达及纯化  22-37
      2.2.1.1. 材料  22
      2.2.1.2. 实验方法  22-34
      2.2.1.3. 实验结果  34-36
      2.2.1.4. 讨论  36-37
  第三节甲基化DNA 富集方法及其质控体系的建立  37-40
    2.3.1. 甲基化 DNA 富集方法的建立?  37-40
      2.3.1.1. 实验材料  37
      2.3.1.2. 实验方法  37-38
      2.3.1.3. 实验结果  38-39
      2.3.1.4. 讨论  39-40
  第四节全基因组CpG 岛芯片检测方法的建立  40-47
    2.4.1. 实验方法  40-43
    2.4.2. 实验结果  43-45
    2.4.3. 讨论  45-47
  第五节 MBD2b 蛋白富集甲基化DNA 并测序的方法建立  47-63
    5.1. 实验材料  47
    5.2. 实验方法  47-52
    5.3. 实验结果  52-63
      5.3.1. 富集的质控  52-61
        5.3.1.1 文库构建的质控  52-61
      5.3.2. 验证  61-62
      5.3.3. 结果讨论  62-63
第三章关于技术平台的讨论和展望  63-66
参考文献  66-69
附录  69-72
感谢  72-73
攻读硕士学位期间已发表或录用的论文  73-75

基于MBD2b蛋白的甲基化DNA检测技术研究

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