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利用AFLP分子标记技术探讨部分竹类植物属间亲缘关系

作　者: 胖铁良
导　师: 朱宝成；杨凯
学　校: 河北农业大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: 竹类植物 亲缘关系 遗传多样性 聚类分析 AFLP
分类号: S795
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 131次
引　用: 1次
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内容摘要


竹子是一种重要的经济作物,属禾本科,是重要的森林资源。但由于分类标准不统一,分类手段的局限性,导致了分类结果的不一致。AFLP（Amplified Fragment LengthPolymorphism）分子标记具有高效、稳定、可靠的特点,已广泛应用于品种鉴定、遗传多样性分析等方面。本实验利用AFLP技术对35个竹子品种进行了多态性分析和聚类比较,旨在为竹子的分类地位提供必要的依据。研究结果如下:1、通过对植物基因组总DNA的提取方法的比较和改进,得到了一种适合竹子总DNA提取的方法——改良SDS法。运用该方法进行竹子叶片DNA的提取能提出适合AFLP标记技术所需的高质量DNA。2、通过对竹子AFLP反应体系进行系统研究,建立了适于竹子AFLP分析的最佳体系。600ng DNA用10U/μL的EcoRⅠ和MseⅠ在37℃3h,65℃3h的条件下进行双酶切,然后加入10μL连接混合液16℃连接过夜;预扩增取连接产物51μL,EcoRⅠ和MseⅠ（20U/μL）各0.6μL,10倍buffer 2μL,dNTPs 2μL,ddH2O补到20μL;取5μL稀释20倍后的预扩增产物,20U/μL EcoRⅠ和MseⅠ选扩引物各0.6μL,总体积20μL进行选择性扩增。在此优化条件下,可以得到重复性好、稳定性且多态性高的竹子AFLP条带。3、筛选出10对多态性和清晰度较高的引物组合用于材料分析。共扩增出可统计条带872条,平均每对引物扩增带数为87条,其中多态性条带为836条,多态性位点的比例是95.87%;35个竹子品种间的遗传相似系数在0.528-0.936之间。4、对AFLP数据进行聚类分析,构建了竹子的UPGMA系统树,以遗传距离0.403为分类界限,35个供试品种大致可以分为两类。

全文目录


摘要  4-5
Abstract  5-10
1 引言  10-22
  1.1 竹子分布概况  10
  1.2 竹子研究和发展状况  10-12
    1.2.1 世界研究和发展状况  10
    1.2.2 中国竹类植物栽培起源  10-11
    1.2.3 中国竹子的发展状况  11-12
  1.3 用于竹类植物传统的分类依据与分类系统  12-14
    1.3.1 以生殖体为基础的竹类植物分类  12
    1.3.2 以营养体分类依据的竹类植物分类  12-14
  1.4 竹类植物分类研究现状及存在的问题  14-15
  1.5 利用于竹子的分子标记技术原理和特点  15-18
    1.5.1 RFLP(Restriction fragment length polymorphism)标记  15
    1.5.2 RAPD(Random Amplified Polymorphism DNA)标记  15-16
    1.5.3 SCAR(Sequencecharacterized amplified regions)标记  16
    1.5.4 SSR(Simple Sequence Repeats)标记  16-17
    1.5.5 ISSR(Inter-simple Sequence Repeat)标记  17
    1.5.6 ITS(Internal Transcribed Spacers)序列分析  17-18
  1.6 AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism)标记  18-20
    1.6.1 AFLP原理  18
    1.6.2 AFLP技术流程  18-19
    1.6.3 AFLP技术的特点  19-20
  1.7 竹类植物分子标记研究展望  20
  1.8 本研究的目的和意义  20-22
2 材料与方法  22-32
  2.1 供试材料  22-23
  2.2 主要仪器和试剂  23-24
    2.2.1 主要仪器  23
    2.2.2 DNA提取所用试剂  23
    2.2.3 AFLP所用试剂  23-24
  2.3 试验方法  24-28
    2.3.1 竹子叶片基因组DNA的提取与纯化  24-25
    2.3.2 模板DNA纯度和浓度检测  25
    2.3.3 竹子AFLP体系  25-28
  2.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳  28-30
    2.4.1 玻璃板的清洗  28
    2.4.2 凝胶的配制及灌胶  28-29
    2.4.3 电泳槽的组装及预电泳  29
    2.4.4 加样与电泳  29
    2.4.5 银染显色  29
    2.4.6 引物筛选  29-30
  2.5 数据统计和分析  30-32
    2.5.1 AFLP结果统计  30-31
    2.5.2 相似性分析  31
    2.5.3 聚类分析  31
    2.5.4 多态性分析  31-32
3 结果与分析  32-41
  3.1 竹子叶片DNA的提取  32
  3.2 DNA的酶切及连接  32-34
  3.3 预扩增体系  34
  3.4 选择性扩增体系  34-35
  3.5 引物筛选  35-36
  3.6 遗传多样性  36-41
    3.6.1 多态性分析  36-38
    3.6.2 竹子相似性分析  38
    3.6.3 基于AFLP标记的竹子聚类分析  38-41
4 讨论  41-44
  4.1 竹子AFLP银染体系  41-43
    4.1.1 适合竹子AFLP分析的高质量基因组DNA的提取  41
    4.1.2 酶切和连接的优化  41
    4.1.3 预扩增体系  41-42
    4.1.4 选择性扩增的优化  42
    4.1.5 影响聚丙烯酞胺凝胶电泳及硝酸银染色的因素  42-43
  4.2 亲缘关系分析  43-44
5 结论  44-45
参考文献  45-51
在读期间发表的学术论文  51-52
作者简历  52-53
致谢  53-54
附发表文章  54-61

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中图分类: > 农业科学 > 林业 > 森林树种 > 竹
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