学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

牡丹EST-SSR引物开发及其亲缘关系分析

作　者: 王娟
导　师: 侯小改；郭大龙
学　校: 河南科技大学
专　业: 植物学
关键词: 牡丹 EST-SSR引物 聚类分析 亲缘关系
分类号: S685.11
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 64次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载
 

内容摘要


牡丹(Paeonia suffruticosa Andrews.)花大形美,色艳香浓,不仅具有很高的观赏价值,而且还有极高的药用价值。其种质资源极为丰富,种质资源的保存和评价是其利用的重要前提,其分子水平上的遗传多样性研究已取得了较大进展。但是,在揭示种间、种内及品种群间遗传关系和栽培牡丹起源问题上并未取得一致性结论。因此,开发适用于牡丹的EST-SSR标记应用于牡丹遗传图谱的构建、物种间亲缘关系鉴定、辅助育种等方面具有重要意义。利用公共数据库中数量增加的表达序列标签(expressed sequence tag, EST)资源来开发微卫星分子标记(Simple Sequence Repeat,SSR)已广泛地应用在许多动植物的基因组分析。EST-SSR是通过对EST序列进行分析,找到含有重复单元的位置,在两侧设计引物而开发得到的,因此,EST-SSR反映基因的编码部分,可直接获得基因的表达信息,并可对一些重要性状进行直接鉴定。本研究利用NCBI数据库中牡丹EST序列信息,在了解牡丹EST的SSR信息的基础上,首次建立了牡丹EST-SSR标记,同时利用筛选出的29对引物对55份牡丹品种亲缘关系进行了探讨。研究结果如下:1.首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均分布距离为1 004 bp。在牡丹EST-SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型,其次是二核苷酸重复和三核苷酸重复,四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T、AG/CT和AAG/CCT是单、二和三核苷酸中优势重复类型,分别占单、二和三核苷酸重复的98.19%、83.78%和35.71%。2.从筛选出的901条可利用的EST-SSR序列中随机选取部分序列,利用Premier3.0软件,依据引物设计原则,共设计出牡丹EST-SSR引物29对。3.选择“洛阳红”为试材,对这29对引物进行PCR扩增,再利用0.80%的琼脂糖凝胶电泳进行引物筛选,以条带的多态性和稳定性为标准筛选出条带清晰、多态性较好的13对引物。共检测出等位基因位点68个,每对引物等位基因位点数的变化从2到7不等,平均每对引物位点数是4.5,总的多态性比率为85.30%。4.分别用这13对引物对55份牡丹品种进行基因组DNA扩增,用8.00%的聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测,对扩增的条带结果进行统计,并利用NTSYS2.0软件计算其遗传相似系数,55份牡丹品种的相似系数的变化分布在0.53-0.95间。由结果可知:供试牡丹种质资源间的遗传变异比较大,品种间的遗传多样性较高。利用UPGMA法构建聚类树状图,在遗传距离0.53处将55个牡丹品种划分为两个遗传聚类组。第一聚类组包括11个中原品种和3个法国品种,且两个法国品种金阁和金帝首先聚在一起,其余品种均被划分在第二聚类组中。在遗传距离为0.64处可将第二聚类组分为2个亚组,其中8个江南品种全部聚在第一亚组。在遗传距离为0.68处,又可将第二亚组分为4个组,其中多数中原品种、西北品种、日本品种、美国品种分别相聚,且7个日本品种和5个美国品种聚在一起,表现出较近的亲缘关系,但也存在部分产地相同没有聚在一起的现象,这基本反映了牡丹品种间的地域差异,进而为牡丹育种亲本选择提供科学的依据。

全文目录


摘要  2-4ABSTRACT  4-6符号表  6-9第1章 文献综述  9-23  1.1 牡丹概述  9  1.2 分子标记概述  9-13    1.2.1 RFLP 标记  10-11    1.2.2 RAPD 标记  11    1.2.3 AFLP 标记  11    1.2.4 SNP 标记  11-12    1.2.5 ISSR 标记  12    1.2.6 SSR 标记  12-13  1.3 SSR 分子标记研究发展  13  1.4 EST-SSR 分子标记的研究发展  13-20    1.4.1 EST 分子标记的类型  14-15    1.4.2 EST 分子标记的特点  15    1.4.3 EST 分子标记的开发策略  15-17    1.4.4 EST-SSR 的频率及特点  17    1.4.5 EST-SSR 标记在植物比较基因组学上的应用  17-19    1.4.6 EST-SSR 标记在基因功能上的应用  19    1.4.7 EST-SSR 标记的发展趋势及前景  19-20  1.5 本文的研究内容与意义  20-23    1.5.1 选题的依据  20-21    1.5.2 研究的目的及意义  21-22    1.5.3 研究的技术路线  22-23第2章 牡丹 EST 资源的 SSR 信息分析及引物开发  23-31  2.1 材料与方法  23-24    2.1.1 牡丹EST 序列的来源  23-24    2.1.2 牡丹EST 序列的前期处理  24    2.1.3 SSR 位点的筛选  24    2.1.4 牡丹EST-SSR 引物开发  24  2.2 结果与分析  24-28    2.2.1 牡丹EST-SSR 的发掘  24    2.2.2 牡丹EST-SSR 的频率和分布密度  24-25    2.2.3 牡丹EST 中SSR 的基元类型及比例  25-26    2.2.4 牡丹EST-SSR 的重复次数  26-27    2.2.5 牡丹EST-SSR 的重复长度  27    2.2.6 牡丹EST-SSR 引物的开发  27-28  2.3 讨论  28-31第3章 部分牡丹品种的亲缘关系分析  31-44  3.1 材料与方法  31-36    3.1.1 试验材料  31-32    3.1.2 试验仪器及试剂  32-33    3.1.3 试验方法  33-36  3.2 结果与分析  36-41    3.2.1 基因组DNA 的质量检测  36    3.2.2 多态性EST-SSR 引物的筛选  36-37    3.2.3 EST-SSR 扩增产物多态性分析  37-38    3.2.4 聚类分析  38-41  第4章 结论与讨论  41  4.1 结论  41  4.2 讨论  41-44    4.2.1 SSR 引物开发的探讨  41-42    4.2.2 引物筛选的探讨  42    4.2.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染的探讨  42-43    4.2.4 聚类结果的分析  43-44参考文献  44-49附录 A 试验仪器与设备  49-50附录 B 试验试剂  50-51致谢  51-52攻读硕士学位期间的研究成果  52

相似论文

  1. 高血压前期证候特征研究,R259
  2. 大学生综合素质测评研究,G645.5
  3. 大豆品种对腐竹品质的影响及其品质评价体系的初步构建,TS214.2
  4. 环境因子对牡丹试管苗生根的影响,S685.11
  5. 玉米秸秆发酵基质混合配比对盆栽牡丹理化性状的影响,S685.11
  6. 21个荷花品种遗传多样性的ISSR分析,S682.32
  7. 基于聚类分析的P2P流量识别算法的研究,TP393.02
  8. 桃杂交后代（F1）幼苗光合效能评价,S662.1
  9. 南通市农业面源污染负荷研究与综合评价,X592
  10. 土壤环境功能区划研究,X321
  11. 基因表达谱数据聚类分析方法比较与大豆疫霉基因的网络构建,S435.651
  12. 大豆杂种优势及其遗传基础研究,S565.1
  13. 象草自交后代无性系的饲用价值及生物质能特性初步评价,S543.9
  14. 菊属及其近缘属植物遗传多样性及亲缘关系初步研究,S682.11
  15. 利用DNA分子标记研究梨、樱桃种质资源遗传多样性,S661.2
  16. 不同配比基质盆栽牡丹矿质元素分布的研究,S685.11
  17. 逐渐干旱对牡丹实生苗生理指标的影响和牡丹GA20-氧化酶基因的克隆与序列分析,S685.11
  18. 融合粒子群和蛙跳算法的模糊C-均值聚类算法研究,TP18
  19. 基于同化能力杂种优势早期评价的桃光合特性研究,S662.1
  20. 云南省直管县改革研究,D630

中图分类: > 农业科学 > 园艺 > 观赏园艺（花卉和观赏树木） > 观花树木类 > 牡丹
© 2012 www.xueweilunwen.com