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鲢mtDNA D-loop区段及微卫星DNA的遗传多样性分析

作　者: 王淞
导　师: 董仕
学　校: 天津师范大学
专　业: 遗传学
关键词: 鲢 mtDNA D-loop PCR-RFLP 微卫星DNA 遗传多样性
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要


鲢(Hypophthalmichthys molitrix)为我国著名的“四大家鱼”之一。在淡水养殖业及淡水捕捞业中一直占有重要的经济地位。近年来长江水系自然环境的剧烈变化,使得长江水系鲢野生群体的产量急剧下降。人工繁殖过程中遗传资源管理和使用方法的不完善,也使鲢的生长表现、抗病抗逆性和遗传多样性等有明显的降低。国家级天津市换新水产良种场(宁河县境内)以1957年产自长江的1000尾鲢鱼苗为基础,经过40多年的6代选育,2001年将育成的白鲢F6定名为“津鲢”,2010年被国家水产原良种审定委员会定为新品种。本文应用1mtDNA D-loop区段的PCR-RFLP以及微卫星DNA检测技术对产自长江流域的白鲢以及津鲢的遗传多样性进行了检测分析,以便为鲢种质资源的保护与利用、遗传育种等提供理论依据。1.采用PCR技术扩增湖北省监利、江西省瑞昌、湖南省长沙3个长江流域野生群体和天津市宁河津鲢群体共158尾鲢mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示：所有试验鱼均扩增出约1.6kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型I为主,在各群体中所占比例为57.5%-90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885-0.6526和0.001182-0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250；监利群体与宁河群体的Rogers遗传距最大,为0.2693。x2检验结果显示4个群体间的遗传差异显著(P<0.01)。在4个群体中,宁河津鲢群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均最高,并且HinfⅠ的C酶切类型为津鲢群体所特有,达20.0%。2.利用7对微卫星引物对瑞昌和宁河两个群体共88尾鲢进行PCR扩增。检测出瑞昌群体和宁河群体的每个基因座位的等位基因数为2-6个和3-7个；单位基因座位等位基因数分别为4.1429和4.5741；平均有效等位基因数分别为2.4030和2.5026；平均杂合度观测值分别为0.5464和0.4997；平均杂合度预期值分别为0.5060和0.5191；平均多态信息含量PIC值分别为0.4503和0.4773。7个位点共检测到34个等位基因,27个为两个群体所共有,7对引物在两个群体中均表现出多态现象；两群体间遗传相似系数为0.9560,群体间的Nei遗传距离为0.0450,Fst值为0.0209。显示出长江流域的瑞昌群体鲢与人工繁殖的津鲢都属于中度遗传多态性,群体间存在较小的遗传分化,遗传差异不显著。

全文目录


摘要  6-8
ABSTRACT  8-10
目录  10-12
第一章 白鲢遗传多样性研究现状及本研究的意义和目的  12-32
  1.1 生物遗传多样性  12-15
    1.1.1 遗传多样性的概念  12-13
    1.1.2 形态学多样性  13
    1.1.3 细胞学水平——染色体多样性  13-14
    1.1.4 蛋白质水平的多样性  14
    1.1.5 DNA水平的多样性  14-15
  1.2 鱼类遗传学多样性研究中常用的遗传标记  15-26
    1.2.1 形态标记和细胞学标记  15-16
    1.2.2 蛋白质水平的遗传标记  16-17
    1.2.3 DNA水平的遗传标记  17-26
      1.2.3.1 线粒体DNA(mtDNA)  18-22
      1.2.3.2 基因组DNA  22-26
  1.3 白鲢的研究现状  26-30
    1.3.1 白鲢的简介及分类  26
    1.3.2 白鲢的遗传多样性研究现状  26-30
  1.4 本实验的总体设计和研究策略  30-32
第二章 4个群体鲢MTDNA D-LOOP的PCR—RFLP分析  32-41
  2.1 材料和方法  32-34
    2.1.1 试验鱼  32
    2.1.2 基因组DNA的提取  32
    2.1.3 mtDNA的D-loop区段的扩增  32-33
    2.1.4 核酸内切限制酶酶切及凝胶电泳  33
    2.1.5 数据处理和分析  33-34
  2.2 结果  34-39
    2.2.1 mtDNA D-loop区段的PCR扩增  34
    2.2.2 mtDNA D-loop区段的单酶酶切结果  34-39
  2.3 讨论  39-41
第三章 瑞昌、宁河两个群体鲢微卫星DNA分析  41-58
  3.1 材料和方法  41-43
    3.1.1 试验鱼  41
    3.1.2 基因组DNA的提取  41
    3.1.3 微卫星DNA扩增、电泳以及基因型的判别  41-42
    3.1.4 数据处理  42-43
  3.2 结果  43-53
    3.2.1 电泳结果  43
    3.2.2 两群体鲢的遗传多样性  43-50
    3.2.3 群体间遗传相似系数、遗传距离和Fst值  50-53
  3.3 讨论  53-58
    3.3.1 两个群体鲢遗传多样性分析  53-56
    3.3.2 人工繁殖群体津鲢的遗传结构分析  56-58
第四章 结论  58-60
参考文献  60-71
致谢  71-72
附录一 表格索引  72-73
附录二 图索引  73-74
附录三 已发表论文  74-81

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中图分类: > 农业科学 > 水产、渔业 > 水产基础科学 > 水产生物学 > 水产动物学
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