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鸡脂肪酸结合蛋白相关候选基因遗传效应及表达规律研究

作　者: 周琼
导　师: 陈国宏；常国斌
学　校: 扬州大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 鸡脂肪酸结合蛋白肌内脂肪单核苷酸多态性表达基因聚合
分类号: S831
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 54次
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内容摘要

脂肪酸结合蛋白(Fatty acid binding protein,FABP)是机体脂肪代谢过程的重要调控因子之一,其最基本的功能是参与细胞内脂肪酸的摄取,协助将脂肪酸运至甘油三酯和磷脂的合成部位以及进行β-氧化的场所。本研究在如皋黄鸡、安卡鸡、文昌鸡三个鸡种中对鸡A-FABP、H-FABP、Ex-FABP基因外显子和部分内含子进行单核苷酸多态性(SNPs)扫描并分析其与胸肌肌内脂肪含量之间的关系;同时采用荧光定量PCR技术分析如皋黄鸡A-FABP和Ex-FABP基因的不同基因型的时空表达规律及聚合基因型在腹脂组织中的表达;主要研究结果如下:1.在如皋黄鸡、安卡鸡、文昌鸡三个鸡种中对A-FABP、H-FABP、Ex-FABP基因外显子和部分内含子进行单核苷酸多态性检测,结果发现A-FABP基因位于外显子3的1763 A/G位点突变,将核苷酸序列翻译成对应的氨基酸序列后,发现突变引起Ser突变为Asn;H-FABP基因的2980 A/G位点突变;Ex-FABP基因的内含子1的2913 A/G位点突变、Ex-FABP基因的内含子3的3654 C/T、3699 C/T、3700 A/G突变、Ex-FABP基因外显子4的4223 G/A、4271 G/A和位于内含子4的4281 G/A突变,这两个突变均为沉默突变。2.A-FABP基因外显子3及Ex-FABP基因外显子4的突变位点上的不同基因型对12周龄的如皋黄鸡的胸肌肌内脂肪含量进行关联分析。结果发现不同性别的胸肌的肌内脂肪含量差异不显著(P>0.05),但母鸡的IMF含量比公鸡的IMF含量高;A-FABP基因三种基因型中的AA、AB型个体的IMF含量显著地高于BB型个体(P<0.05),AA型IMF含量最高,为有利基因型;Ex-FABP基因三种基因型中的BB型个体的IMF含量显著地高于AA型、AB型,BB型为有利基因型,AA型、AB型间差异不显著;A-FABP基因和Ex-FABP基因聚合时,A-FABP基因中的有利基因型AA型和Ex-FABP基因中的有利基因型BB型聚合后的AABB型在合并后仍然是最佳聚合基因型。初步认为A-FABP及Ex-FABP基因为肌肉肌内脂肪含量的候选标记基因。3.A-FABP基因的三种基因型在时间上表达趋势基本一致,在第4周龄表达水平最高,6、8周龄缓慢下降,10周上升,12周龄继续下降。A-FABP不同基因型在不同组织的表达水平存在显著差异。在腹脂和胸肌中,均以AA型表达水平最高,与BB型的差异极显著(P<0.01)。心脏和肝脏中以AB型的表达水平最高,与BB型存在极显著地差异(P<0.01)。进一步表明A-FABP基因(BB型)可作为肌内脂肪含量候选标记。4.Ex-FABP基因在4周龄前表达水平较高,4周龄以后开始下降,10-12周龄后的表达水平有所回升,不同基因型表达规律基本一致。Ex-FABP各基因型在不同组织的表达量没有显著差异,但是在心脏中表达量较高。Ex-FABP不同基因型个体在相同组织中的表达水平不存在显著差异。5.本试验进一步检测4、8、12周龄三个时段如皋黄鸡A-FABP和Ex-FABP两基因聚合基因型在腹脂组织中的表达规律。结果发现A-FABP基因聚合基因型在不同时期表达量呈下降趋势,Ex-FABP基因聚合基因型在不同时期表达量也呈下降趋势。就两基因的聚合基因型而言,AAAB型的表达水平最高,BBAB表达水平低,聚合基因型效应与肌内脂肪含量差异基本相一致,表明聚合基因型可作为肌内脂肪含量的候选标记而加以应用。

全文目录

中文摘要  7-9
英文摘要  9-11
第一章文献综述  11-28
  1 鸡脂肪性状的研究进展  11-15
    1.1 脂肪组织的发育与分布  11-12
    1.2 肌内脂肪  12-13
    1.3 脂肪性状的选育  13-15
      1.3.1 日粮成分和营养水平的影响  13-14
      1.3.2 遗传水平的影响  14-15
  2 脂肪酸结合蛋白（FABP）家族及其研究进展  15-21
    2.1 脂肪酸结合蛋白家族的概述及其研究进展  15-18
    2.2 三种脂肪酸结合蛋白的研究进展  18-21
      2.2.1 心脏型脂肪酸结合蛋白基因  18-19
      2.2.2 脂肪型脂肪酸结合蛋白基因  19-20
      2.2.3 细胞外脂肪酸结合蛋白基因  20-21
  3 荧光定量PCR  21-26
    3.1 实时荧光定量PCR 的原理及简介  22
    3.2 实时荧光定量PCR 检测方式  22-24
      3.2.1 SYBR 荧光染料法  22-23
      3.2.2 TaqMan 荧光探针法  23
      3.2.3 分子信标  23-24
    3.3 荧光定量PCR 技术的应用  24-26
  4 本研究的目的和意义  26-28
第二章脂肪酸结合蛋白相关基因单核苷酸多态性及其与肌肉肌内脂肪含量的分析  28-44
  1 试验材料  28-29
    1.1 试验动物  28
    1.2 主要仪器  28
    1.3 主要试剂的配制  28-29
  2 试验方法  29-33
    2.1 肌内脂肪测定  29-30
    2.2 鸡基因组DNA 提取  30
    2.3 引物设计与合成  30-31
    2.4 PCR 扩增  31-32
    2.5 电泳判型  32
    2.6 多态片段的序列测定  32
    2.7 数据统计分析  32-33
  3 结果与分析  33-41
    3.1 FABP 基因PCR 扩增结果  33
    3.2 FABP 基因PCR-SSCP 检测结果与测序分析  33-36
      3.2.1 A-FABP 基因PCR-SSCP 检测结果与测序分析  33-34
      3.2.2 H-FABP 基因PCR-SSCP 检测结果与测序分析  34
      3.2.3 Ex-FABP 基因PCR-SSCP 检测结果与测序分析  34-36
    3.3 三个鸡种FABP 基因各SNP 位点的基因频率和基因型分布  36-39
    3.4 A-FABP 基因、Ex-FABP 基因与12 周龄如皋黄鸡胸肌肌内脂肪含量分析  39-41
      3.4.1 12 周龄如皋黄鸡胸肌肌内脂肪含量  39
      3.4.2 A-FABP 基因、Ex-FABP 基因在如皋黄鸡中的基因型频率及基因频率  39-40
      3.4.3 A-FABP 基因12 周龄如皋黄鸡肌内脂肪含量分析  40
      3.4.4 Ex-FABP 基因12 周龄如皋黄鸡肌内脂肪含量分析  40
      3.4.5 A-FABP 基因、Ex-FABP 基因聚合基因型的肌内脂肪含量的分析  40-41
  4 讨论  41-44
    4.1 FABP 单核苷酸多态性  41-42
    4.2 A-FABP、Ex-FABP 基因单核苷酸多态性与肌内脂肪含量的关系  42-43
    4.3 A-FABP 基因和Ex-FABP 基因聚合基因型与肌内脂肪含量的关系  43-44
第三章 A-FABP 基因、Ex-FABP 基因不同生长阶段表达规律的研究  44-68
  1 试验材料  44-46
    1.1 试验动物  44
    1.2 主要试剂及仪器  44
    1.3 主要试剂的配制  44-46
  2 试验方法  46-50
    2.1 鸡组织总RNA 的提取  46-47
      2.1.1 提取RNA 前的准备工作  46
      2.1.2 Trizol 一步法提取组织总RNA  46
      2.1.3 RNA 检测  46-47
    2.2 反转录  47
    2.3 引物设计  47-48
    2.4 目的片段的PCR 扩增  48
    2.5 扩增片段的回收和克隆测序  48
    2.6 重组质粒的提取  48-49
    2.7 实时荧光定量PCR  49-50
    2.8 统计分析  50
      2.8.1 荧光定量计算方法  50
      2.8.2 引物扩增效率的计算  50
    2.9 主要分子生物学软件  50
  3 结果与分析  50-64
    3.1 组织总RNA 的提取  50-51
    3.2 常规PCR 及测序结果  51
    3.3 目的基因与内参基因的标准曲线及溶解曲线  51-52
    3.4 A-FABP 基因不同发育阶段的表达规律  52-58
      3.4.1 肝脏内A-FABP 基因不同时期的发育变化  53-54
      3.4.2 心脏内A-FABP 基因不同时期的发育变化  54
      3.4.3 胸肌内A-FABP 基因不同时期的发育变化  54-55
      3.4.4 腹脂内A-FABP 基因不同时期的发育变化  55-56
      3.4.5 A-FABP 基因不同组织不同时期的发育变化  56-57
      3.4.6 A-FABP 基因三种基因型各个组织的表达  57-58
    3.5 Ex-FABP 基因不同发育阶段的表达规律  58-63
      3.5.1 肝脏内Ex-FABP 基因不同时期的发育变化  58-59
      3.5.2 心脏内Ex-FABP 基因不同时期的发育变化  59-60
      3.5.3 胸肌组织中Ex-FABP 基因不同时期的发育变化  60-61
      3.5.4 腹脂内Ex-FABP 基因不同时期的发育变化  61-62
      3.5.5 Ex-FABP 基因不同组织不同时期的发育变化  62-63
      3.5.6 Ex-FABP 基因三种基因型在不同组织的表达  63
    3.6 A-FABP 基因和Ex-FABP 基因基因聚合在腹脂组织中的表达  63-64
  4 讨论  64-68
    4.1 A-FABP 基因不同基因型的在各组织中的表达  64-65
    4.2 Ex-FABP 基因不同基因型的在各组织中的表达  65-66
    4.3 A-FABP 基因和Ex-FABP 基因基因聚合在腹脂组织中的表达  66-68
全文结论  68-69
参考文献  69-75
致谢  75-77
攻读学位期间发表学术论文目录  77

鸡脂肪酸结合蛋白相关候选基因遗传效应及表达规律研究

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