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普氏野马与两种新疆地方品种马的ELA-DRA~*exon2的多态性分析

作　者: 于丽娟
导　师: 马合木提·哈力克
学　校: 新疆大学
专　业: 动物学
关键词: 普氏野马哈萨克马焉耆马 PCR-SSCP DRA
分类号: S821
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

普氏野马是世界上唯一现存的野马,为国家一级保护动物。原产于中国新疆准噶尔盆地和蒙古国干旱荒漠草原地带,故又被称为准噶尔野马或蒙古野马。其野生种群已于20世纪中叶灭绝。现今全球圈养的大约1300匹野马基本上都是由12匹野马繁育而来。同时,新疆的地方品种马哈萨克马与焉耆马,具有耐粗饲、抗严寒以及良好的适应能力。本研究应用PCR-SSCP技术与测序技术研究了三种类型马的ELA-DRA*exon2的多态性及等位基因频率分布,本研究得到以下结果:1.利用PCR-SSCP技术在三种类型马中共检测出7种基因型:AA、BB、CC、AB、AC、BC、AD;在哈萨克马与焉耆马中均检测出五种基因型,而在普氏野马中只检测出三种基因型。三种类型马的共有基因型为AC型,AA基因型是哈萨克马与焉耆马的优势基因型,普氏野马的优势基因型为CC型。2.三种类型马的等位基因频率的计算结果显示哈萨克马与焉耆马以等位基因A为主,基因频率分别为0.734、0.71。普氏野马以等位基因C为主,而等位基因D只在焉耆马中出现。等位基因频率在三种类型马中的分布是不均匀的,在选育中容易使低频等位基因丢失,从而存在着群体抗病能力下降的风险,应围绕这一点来优化遗传管理方法。3.三种类型马的杂合度值和多态信息含量值表明,三种类型马均属于中度多态,且普氏野马的杂合度值与多态信息含量值均低于哈萨克马与焉耆马。从理论上说明了普氏野马在抗病能力及适应能力上不及两种地方品种马。4.基于ELA-DRA*exon2系统进化树和种群间的遗传距离表明,哈萨克马与焉耆马的遗传距离最近,普氏野马与哈萨克马、焉耆马的遗传距离均较远,其中与哈萨克马的遗传距离最远。5.用MEGA4软件基于Kimura双参数模型的邻接法构建ELA-DRA序列的系统树,从图中可以看出,家马的等位基因与斑马的等位基因是明显分开的,且除了家马的Eqca-DRA*JBH11等位基因外,其他家马的等位基因均离树根较近。另外,驴的等位基因与其他马属动物聚在一起。

全文目录

摘要  4-5
Abstract  5-9
第一章文献综述  9-24
  1. 不同类型马的简单介绍  9-11
    1.1 普氏野马概况  9-10
    1.2 哈萨克马概况  10-11
    1.3 焉耆马概况  11
  2. MHC 分子的简介  11-22
    2.1 MHC 的发现  11-13
    2.2 MHC 分子结构  13-17
    2.3 MHC 的遗传特性  17-18
    2.4 MHC 的功能  18
    2.5 马的MHC 研究进展  18-19
    2.6 MHC 多态性的分子生物学分析方法  19-22
  3. 研究目的和意义及研究内容  22-24
    3.1 研究目的和意义  22-23
    3.2 研究内容  23-24
第二章材料与方法  24-34
  1. 实验材料  24-27
    1.1 实验样品  24
    1.2 主要仪器设备  24-25
    1.3 主要试剂  25
    1.4 主要试剂配置  25-27
  2 试验方法  27-34
    2.1 基因组DNA 的提取  27-28
    2.2 DNA 浓度和纯度的检测  28-29
    2.3 PCR 扩增及其琼脂糖凝胶电泳检测  29
    2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）结合银染法  29-30
    2.5 PCR 产物的纯化回收  30-31
    2.6 纯化的PCR 产物与载体的连接  31-32
    2.7 质粒DNA 的小规模制备----碱裂解法  32
    2.8 质粒DNA 鉴定及序列测定  32-33
    2.9 数据分析  33-34
第三章结果与分析  34-43
  1. ELA-DRA*exon2 位点的多态性分析  34-36
    1.1 基因组DNA 的检测  34-35
    1.2 ELA-DRA*exon2 的PCR 产物的检测结果  35
    1.3 ELA-DRA*exon2 的PCR-SSCP 检测结果  35-36
  2. ELA-DRA*exon2 位点的核苷酸分析  36-38
    2.1 ELA-DRA*exon2 的各等位基因测序结果  36-38
    2.2 ELA-DRA*exon2 的等位基因序列碱基组成  38
  3. ELA-DRA*exon2 的群体遗传学分析  38-40
    3.1 ELA-DRA*exon2 的基因型与基因频率  38
    3.2 ELA-DRA* exon2 的等位基因频率及Hardy-Weinberg 平衡检验  38-39
    3.3 ELA-DRA*exon2 的纯合度(Ho)、杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)和多态信息含量(PIC)  39-40
  4. ELA-DRA*exon2 的等位基因氨基酸序列分析  40
  5. 系统进化分析  40-43
第四章讨论  43-45
  1. PCR-SSCP 分析  43
  2. ELA-DRA*exon2 位点等位基因与基因型的分布  43
  3. 遗传多样性分析  43-44
  4. Hardy-Weinberg 平衡检验分析  44
  5. 测序结果分析  44-45
第五章结论  45-46
参考文献  46-52
硕士期间发表文章  52-53
致谢  53

普氏野马与两种新疆地方品种马的ELA-DRA~*exon2的多态性分析

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