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合作猪Nramp1基因和γ-IFN基因多态性分析

作　者: 李娟娟
导　师: 马小军
学　校: 甘肃农业大学
专　业: 临床兽医学
关键词: Nramp1基因 γ-IFN基因 PCR-SSCP 多态性 合作猪
分类号: S828
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 44次
引　用: 1次
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内容摘要


本文以合作猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法对合作猪Nramp1基因(外显子2和内含子6)和γ-IFN基因(所有外显子)进行单核苷酸多态性分析,旨在获取相应的分子遗传学信息,明确合作猪Nramp1基因和γ-IFN基因的遗传特性,为合作猪抗病性状的分子标记提供基础性资料。研究结果发现,在合作猪Nramp1基因的外显子2和内含子6,以及γ-IFN基因的外显子4共三个座位上存在多态性。对存在多态性的三个座位分别进行克隆和测序,测序结果显示,在Nramp1基因外显子2有两处碱基突变即:第62位的T→C和第92位的A→G,但未引起氨基酸变化,为沉默突变,形成A、B两个等位基因,检测到AA、AB和BB三种基因型,等位基因A的频率为0.6519,为优势等位基因。在Nramp1基因内含子6发现十个新的核苷酸多态位点,分别为第99位的C→T突变、第105位的A→G突变、第190位的C→A突变、第225位的C→T突变、第298位的T→G突变、第304位的C→T突变、第306位的T→C突变、第307位的C→T突变、第313位的C→T突变、并在第295-296位发现一个插入:AA型和CC型-→T、BB型-→G,共检测到AA、AB、BB、CC和AC五种基因型,等位基因B的频率为0.4518,为优势等位基因。在γ-IFN基因外显子4发现五个核苷酸多态位点,其中第5284位的A→G、5341位的G→A、5371位的A→G为新发现突变位点,但未引起氨基酸变化,而5301位的G→A和5330位的T→C突变导致翻译产生的氨基酸分别由丝氨酸突变为天冬氨酸(Ser/Asn)和酪氨酸突变为组氨酸(Tyr/His),检测到AA、AB、AC和AD四种基因型,等位基因A频率为0.9294,为优势等位基因。通过多态信息含量(PIC)统计,Nramp1基因外显子2位点PIC为0.3509(0.5>PIC>0.25),处于中度多态;Nramp1基因内含子6位点PIC为0.5373(PIC>0.5),说明该位点处于高度多态;γ-IFN基因外显子4位点PIC为0.0697(PIC<0.25),说明该位点处于低度多态。经χ~2适合性检验,Nramp1基因外显子2位点χ~2值为19.8908(P<0.05),该位点突变没有达到Hardy-Weinberg平衡状态;Nramp1基因内含子6位点χ~2值为0.3172(P>0.05),该位点突变达到Hardy-Weinberg平衡状态;γ-IFN基因外显子4位点χ~2值为0.1749(P>0.05),该位点突变达到Hardy-Weinberg平衡状态。

全文目录


摘要  3-4
Summary  4-7
第一章 文献综述  7-19
  1 畜禽抗病性的遗传基础  7-9
    1.1 抗病性的遗传机制  7
    1.2 抗病机理  7-9
    1.3 抗性基因的来源  9
  2 Nramp1 基因和γ-IFN 基因研究进展  9-16
    2.1 Nramp1 基因研究进展  9-12
    2.2 γ-IFN 的研究进展  12-16
  3 PCR-SSCP 技术简介  16-19
    3.1 PCR-SSCP 的产生和建立  17
    3.2 PCR-SSCP 技术原理  17-18
    3.3 PCR-SSCP 的特点  18-19
第二章 合作猪Nramp1 和γ-IFN 基因的多态性分析  19-45
  1 材料和方法  19-22
    1.1 试验材料  19
    1.2 主要试剂  19
    1.3 主要仪器设备  19-20
    1.4 分析软件  20
    1.5 试剂配制  20-22
  2 试验步骤  22-29
    2.1 基因组DNA 的提取及检测  22-23
    2.2 PCR 反应  23-25
    2.3 Nramp1 基因和γ-IFN 基因的SSCP 分析  25-26
    2.4 Nramp1 基因和γ-IFN 基因的克隆测序  26-29
  3 统计方法  29-31
    3.1 基因型频率  29
    3.2 基因频率  29-30
    3.3 基因位点Hardy-Weinberg 平衡状态的检验  30
    3.4 群体内遗传变异的度量指标—杂合度  30-31
    3.5 有效等位基因数  31
    3.6 多态信息含量  31
  4 结果与分析  31-39
    4.1 PCR-SSCP 检测结果  31-35
    4.2 合作猪Nramp1 基因和γ-IFN 基因的克隆和分析  35-37
    4.3 合作猪Nramp1 基因和γ-IFN 基因多态位点群体遗传学分析  37-39
  5 讨论  39-45
    5.1 基因组DNA 的提取  39-40
    5.2 PCR 扩增的影响因素  40-41
    5.3 PCR-SSCP 分析  41
    5.4 合作猪Nramp1 基因  41-43
    5.5 合作猪 γ-IFN 基因  43-45
结论  45-46
致谢  46-47
参考文献  47-55
作者简介  55-56
导师简介  56-58

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 猪
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