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绵羊GH基因多态性及其与生长性状相关性研究

作　者: 哈志俊
导　师: 张利平
学　校: 甘肃农业大学
专　业: 动物生产系统与工程
关键词: 绵羊 GH基因 PCR-SSCP 生长性状相关分析
分类号: S826
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

本实验以欧拉型藏羊(简称欧拉羊,下同)、乔科型藏羊(简称乔科羊,下同)、甘加型藏羊(简称甘加羊,下同)、小尾寒羊、德国美利奴、无角陶塞特羊6个绵羊类群共320只个体为研究对象,采用PCR-SSCP方法对GH基因全序列进行了多态性检测,并利用最小二乘线形模型分析其与生长性状的相关性。结果表明:在所设计的6对引物中,只有GH-P1引物(5’调控区)、GH-E4引物(Exon 4)、GH-P6引物(3’UTR)扩增片段上存在多态性,在这三个区域内分别检测到2、1、3个SNP位点,共计6个SNP位点。GH基因5’调控区的PCR-SSCP检测结果表明:该多态位点由一对等位基因A、B控制,形成AA、AB和BB三种基因型,AA型为优势基因型,A基因为优势等位基因。χ2检验表明三个藏羊类群和小尾寒羊群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),德国美利奴和无角陶塞特群体在此位点没有检测到多态性。序列分析结果表明:GH基因5’调控区多态的产生是由于GH-P1引物扩增片段的第84bp、85bp处(EF077162的第86bp、87bp处)分别发生T→C和G→A的突变造成的。不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析结果表明:欧拉羊BB型个体的体重、体长、体高最小二乘均值显著高于AA型和AB型(P<0.05),不同基因型间胸围差异不显著(P>0.05)。而小尾寒羊三种基因型的生长性状差异不显著(P>0.05)。提示该位点对欧拉羊的生长发育有显著影响,对小尾寒羊的生长发育没有影响。GH基因Exon 4的PCR-SSCP检测结果表明:该多态位点由一对等位基因A、B控制,形成AA、AB和BB三种基因型,三个藏羊类群和小尾寒羊群体以BB型为优势基因型,德国美利奴和无角陶塞特群体以AA型为优势基因型。χ2检验表明,三个藏羊类群均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),小尾寒羊、德国美利奴、无角陶塞特三个绵羊品种均处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P<0.05)。序列分析结果表明:GH基因Exon 4多态的产生是GH-E4引物扩增片段的第88bp处(EF077162的第1286bp处)T→C单碱基同义突变造成的。不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析结果表明:欧拉羊和小尾寒羊BB型个体体重、体长的最小二乘均值显著高于AA型和AB型(P<0.05),德国美利奴和无角陶塞特羊AA型个体体重、体长均极显著高于BB型(P<0.01)。说明该位点与绵羊肉用性能有关,可做为绵羊肉用性能的一个重要分子标记位点。GH基因3’UTR的PCR-SSCP检测结果表明:该多态位点由三个等位基因A、B、C控制,形成AA、AB、BB和AC四种基因型,在德国美利奴和无角陶塞特群体中没有检测到BB基因型,且6个绵羊群体均以AA基因型为优势基因型。χ2检验表明,6个绵羊群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。序列分析结果表明:GH基因3’UTR多态的产生是GH基因3′UTR序列(EF077126的第1864bp、1887bp处、1924bp处)发生T碱基的插入、T→C和G→A的三个突变造成的。不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析结果表明:不同基因型对各绵羊群体生长性状无显著影响(P>0.05),但各绵羊品种均表现出AA型个体体重高于其他基因型的趋势。需增加绵羊品种数、扩大样本数对标记与生长性状关联作深入研究。对6个绵羊群体三个多态位点遗传参数的分析表明:三个藏羊类群在三个位点上均处于低度多态(PIC<0.25),而其余3个群体均处于中度多态(0.25<PIC<0.5)。

全文目录

摘要  5-7
Summary  7-13
第一部分文献综述  13-29
  1 生长激素(GH)基因的研究进展  13-23
    1.1 GH 的结构特点  13
    1.2 GH 信号转导途径  13-14
    1.3 GH 的主要生物学功能  14-16
      1.3.1 促进生长作用  14-15
      1.3.2 促进代谢作用  15
      1.3.3 GH 对内分泌腺体的作用  15
      1.3.4 GH 对生殖功能的作用  15-16
      1.3.5 GH 对免疫系统的作用  16
    1.4 GH 基因的定位和结构  16-17
      1.4.1 GH 基因的定位  16
      1.4.2 GH 基因的结构  16-17
    1.5 GH 基因的多态性及其与生产性能的相关研究  17-23
      1.5.1 猪GH 基因多态性及其与生产性能的相关研究  17-19
      1.5.2 牛GH 基因多态性及其与生产性能的相关研究  19-20
      1.5.3 羊GH 基因多态性及其与生产性能的相关研究  20-21
      1.5.4 家禽GH 基因多态性及其与生产性能的相关研究  21-22
      1.5.5 其他动物GH 基因多态性及其与生产性能的相关研究  22-23
  2 分子标记技术及其应用  23-28
    2.1 限制性片段长度多态性技术  24
    2.2 DNA 指纹技术  24-25
    2.3 随机扩增多态性DNA 技术  25
    2.4 扩增片段长度多态性技术  25-26
    2.5 单链构象多态技术  26-27
    2.6 单核苷酸多态性  27-28
  3 本研究的目的和意义  28-29
第二部分研究内容  29-57
  1 材料与方法  29-38
    1.1 实验材料  29-31
      1.1.1 实验动物及血样  29
      1.1.2 仪器设备  29-30
      1.1.3 主要试剂  30
      1.1.4 主要溶液的配制  30-31
    1.2 试验方法  31-36
      1.2.1 血样采集及体尺体重指标的测量  31-32
      1.2.2 基因组DNA 的提取  32
      1.2.3 基因组DNA 的检测  32-33
      1.2.4 PCR 扩增  33-35
      1.2.5 SSCP 检测  35-36
      1.2.6 DNA 测序及序列遗传变异分析  36
    1.3 数据统计与分析  36-38
      1.3.1 基因频率和基因型频率的计算  36-37
      1.3.2 遗传多态性分析  37-38
      1.3.3 基因型与绵羊的生长性状的相关分析  38
      1.3.4 主要采用的统计分析工具软件  38
  2 结果与分析  38-51
    2.1 基因组DNA 的提取  38-39
    2.2 PCR 扩增  39-40
    2.3 SSCP 检测结果  40-41
    2.4 DNA 测序结果  41-43
    2.5 绵羊GH 基因不同位点群体遗传学分析  43-47
      2.5.1 各位点不同基因型频率和等位基因频率  43-45
      2.5.2 各位点纯合度、杂合度、有效等位基因数及多态信息含量分析  45-46
      2.5.3 各位点基因型频率在不同绵羊群体中分布的独立性检验  46-47
    2.6 绵羊GH 基因多态位点基因型与生长性状的相关性分析  47-51
      2.6.1 绵羊GH 基因P1 片段多态性与生长性状相关分析  47-48
      2.6.2 绵羊GH 基因E4 片段多态性与生长性状相关分析  48-49
      2.6.3 绵羊GH 基因P6 片段多态性与生长性状相关分析  49-51
  3 讨论  51-55
    3.1 影响PCR-SSCP 技术的因素  51-53
      3.1.1 PCR 扩增产物的影响  51
      3.1.2 非变性聚丙烯酞胺凝胶的配制  51-52
      3.1.3 电泳条件  52-53
    3.2 绵羊GH 基因多态性及其与生长性状的相关性分析  53-55
      3.2.1 绵羊GH 基因P1 片段多态性及其生长性状相关分析  53-54
      3.2.2 绵羊GH 基因E4 片段多态性及其生长性状相关分析  54
      3.2.3 绵羊GH 基因P6 片段多态性及其生长性状相关分析  54-55
      3.2.4 绵羊GH 基因遗传特性分析  55
  4 结论  55-56
  5 创新点  56-57
参考文献  57-65
致谢  65-66
作者简介  66-67
导师简介  67

绵羊GH基因多态性及其与生长性状相关性研究

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