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塔里木马鹿c-fos cDNA克隆、SNP及与茸重的关联分析

作　者: 武延风
导　师: 韩春梅
学　校: 塔里木大学
专　业: 动物营养与饲料科学
关键词: 塔里木马鹿 c-fos基因 SNP 茸重关联分析
分类号: S829.9
类　型: 硕士论文
年　份: 2012年
下　载: 29次
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内容摘要

塔里木马鹿生存环境独特,主要在新疆塔里木河流域。与其它鹿种比,茸生长更快、产茸量更高。本研究以高产茸量的塔里木马鹿为实验材料,首次获得马鹿c-fos cDNA全序列,这对进一步研究其分子机制很有意义。寻找多态位点并分析该位点与马鹿茸重的关联性,为马鹿茸性状的分子标记辅助选择提供第一手资料。研究结果如下：1.在牛的c-fos基因(登录号NM-182786.2)的四个外显子上分别设计了4对引物,首次成功克隆出马鹿c-fos cDNA全序列,共1952bp的长度。这四对引物扩出的片段分别为441bp、596bp、742bp、704bp。序列比对发现,塔里木马鹿c-fos cDNA全序列与牛、羊、马、人同源性分别为97%、96%、94%、92%。2.在马鹿c-fos基因的第二外显子上发现一个多态位点。采用PCR-SSCP技术进行单核苷酸多态(SNP)检测。结果如下：(1)检测此多态位点存在三种基因型,分别为CC型、CT型和TT型。三种基因型CC型、CT型和TT型基因型频率分辨为0.7045、0.0682、0.2273。等位基因C、T的基因频率分别为0.7386、0.2614。(2)对随机抽样群体进行Hardy-Weinberg x2检验,发现该位点基因频率处于非平衡状态(P<0.05)。3.分析该SNP基因型频率与塔里木马鹿产茸量的关联性,结果发现该多态位点对塔里木马鹿茸重产生的影响不显著(P>0.05)。

全文目录

摘要  4-5
ABSTRACT  5-8
第一章前言  8-16
  1.1 新疆塔里木马鹿  8
  1.2 鹿茸的生长  8-10
    1.2.1 鹿茸生长发育的过程  8
    1.2.2 鹿茸生长发育的主要影响因素  8-10
  1.3 原癌基因c-fos的研究概况  10-12
    1.3.1 原癌基因c-fos结构与功能的研究  10-11
    1.3.2 c-fos对马鹿茸生长的影响  11-12
  1.4 单核苷酸多态(SNP)及检测技术  12-13
  1.5 SNP在家畜育种中的应用  13-14
  1.6 研究目的、意义  14-16
第二章塔里木马鹿c-fos cDNA克隆  16-26
  2.1 材料与方法  16-21
    2.1.1 实验材料  16-18
    2.1.2 实验方法  18-21
  2.2 结果与分析  21-25
    2.2.1 RNA提取结果  21-22
    2.2.2 PCR结果  22
    2.2.3 克隆、测序结果  22-25
  2.3 讨论  25-26
第三章塔里木马鹿c-fos基因SNP及与茸重的关联分析  26-36
  3.1 材料与方法  26-29
    3.1.1 实验材料  26-27
    3.1.2 实验方法  27-29
      3.1.2.1 马鹿c-fos基因DNA的提取  27-28
      3.1.2.2 SNP筛查  28
      3.1.2.3 SNP引物设计与合成  28
      3.1.2.4 PCR扩增  28-29
      3.1.2.5 SSCP检测  29
  3.2 统计方法的建立  29-31
    3.2.1 基因频率和基因型频率的计算  29-30
    3.2.2 c-fos基因的Hardy-weinberg平衡状态的检验  30
    3.2.3 遗传多态性分析  30
    3.2.4 基因型与马鹿茸重的相关性分析  30-31
  3.3 结果与分析  31-33
    3.3.1 SNP筛查  31
    3.3.2 PCR产物检测结果  31
    3.3.3 SSCP检测结果  31-32
    3.3.4 c-fos基因频率和基因型频率的分析  32
    3.3.5 c-fos基因型的Hardy-weinberg平衡状态检验  32-33
    3.3.6 c-fos基因遗传多样性分析  33
    3.3.7 马鹿c-fos基因不同基因型同茸重的关联分析  33
  3.4 讨论  33-36
    3.4.1 马鹿c-fos基因多样性  33-34
    3.4.2 马鹿c-fos基因多态与马鹿茸生产性状的关联性  34-36
第四章结论  36-37
参考文献  37-40
致谢  40-41
作者简介  41

塔里木马鹿c-fos cDNA克隆、SNP及与茸重的关联分析

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