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橡胶树初级分子遗传图谱的构建

作　者: 王惠君
导　师: 王文泉
学　校: 华南热带农业大学
专　业: 种质资源学
关键词: 橡胶树 SSR SRAP AFLP 遗传图谱
分类号: S794.1
类　型: 硕士论文
年　份: 2007年
下　载: 178次
引　用: 6次
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内容摘要


橡胶树（Hevea brasiliensi ）是大戟科的木本经济植物,所生产的天然橡胶是一种重要的战略物资,在我国国民经济中具有不可替代的地位。随着我国经济社会的快速发展,天然橡胶需求量大幅度增加,我国橡胶的自给率反而从多年来的50%下降到30%左右。如何利用现代生物技术发展高效橡胶生产是本领域的重要课题,而橡胶树分子连锁图谱的构建对开展橡胶树分子育种,促进橡胶树基因组学研究具有重要意义。本研究选择一个橡胶树育种杂交群体（GT1×IAN873）,获得180个株系材料,采用橡胶树SSR、SRAP和AFLP标记技术,筛选群体多态性标记,构建初级分子遗传图谱,取得主要结果如下:1、针对橡胶树叶片胶乳蛋白含量高的问题,通过多次比较试验提出一种可以获取橡胶高质量基因组DNA的改良CTAB方法。本研究所提取DNA主带清楚,无降解现象,浓度在60～100ng/μL之间,样品间浓度均一;2、通过对30对橡胶树SSR引物筛选,获得13对具有多态性标记的引物,通过这13对引物对群体检测,结果获得35个多态性标记,多态性标记比例为94.6%,同时建立了橡胶树稳定的SSR反应体系,建立不同SSR引物扩增最佳退火温度参数表,一般在51～54℃;3、对群体全部180个株系的SRAP扩增结果,用20对SRAP引物组合总共获得166标记片段,113个多态性片段,多态性片段频率为68.1%。其中每对引物产生的片段和多态性片段频率为8.3和5.65。同时利用梯度PCR对橡胶树SRAP标记反应体系和扩增程序进行了优化;4、橡胶树AFLP扩增与检测体系的建立:人工合成全部EcoRI/MseI组合引物和相关接头,对模版DNA质量、预扩增、扩增反应、丙烯酰胺胶电泳、银染等各个方面进行了比较和修正,形成了一套合适于橡胶树的AFLP扩增方法,为进一步利用AFLP标记构建遗传图谱和基因标记创造了条件;5、将群体所获得的全部148个多态性标记,包括113个SRAP标记和35个SSR标记,运用JoinMap 3.0软件进行连锁作图分析,构建了一张包括18个连锁群,定位61个SRAP标记,7个SSR标记的分子连锁图谱。该图谱覆盖基因组长度774cM,平均图距为11.38 cM,单个连锁群遗传长度在51～85cM之间,连锁群上标记数为2～8个,图距为0.5～25.5cM。连锁群中包含18个偏分离标记,所占比例为26.47%;该遗传图谱尚待进一步加大标记密度,或者与已经建立的橡胶树遗传图谱资料进行整合,构建整合遗传图谱,尽管目前该图谱对于橡胶树中基因和数量性状的标记仍然有价值。文章对可能影响橡胶树分子图谱建立的因素和图谱的利用等方面进行了讨论。

全文目录


摘要  3-5
ABSTRACT  5-9
文献综述  9-36
  1.1 橡胶树的生物学特性  9-10
  1.2 遗传标记技术的研究进展  10-19
    1.2.1 形态标记(morphological markers)  10-11
    1.2.2 细胞学标记(cyto-logical markers)  11-12
    1.2.3 生化标记(biochemical markers)  12-13
    1.2.4 DNA 分子标记(DNAmolecular markers)  13-19
  1.3 SSR 标记  19-23
    1.3.1 SSR 标记  19
    1.3.2 SSR 的类型  19-20
    1.3.3 SSR 在植物基因组中的分布  20
    1.3.4 SSR 的功能  20-21
    1.3.5 微卫星的分析方法  21
    1.3.6 SSR 标记分析步骤  21-22
    1.3.7 SSR 标记优点  22
    1.3.8 SSR 标记在植物遗传育种中的应用  22-23
  1.4 AFLP 标记  23-27
    1.4.1 AFLP 的原理  23-25
    1.4.2 AFLP 技术的优缺点  25
    1.4.3 AFLP 技术的引用  25-27
  1.5 SRAP 标记  27-31
    1.5.1 SRAP 标记的概念  27-28
    1.5.2 SRAP 标记的原理  28
    1.5.3 SRAP 分子标记的技术流程  28-29
    1.5.4 SRAP 标记的应用  29-31
  1.6 遗传图谱(GENETICMAP)  31-32
    1.6.1 经典遗传图谱阶段  31-32
  1.7 分子标记辅助选择育种  32-34
    1.7.1 分子标记辅助育种的意义  32-33
    1.7.2 MAS 育种需具备的条件  33-34
  1.8 遗传图谱在橡胶树上的进展  34
  1.9 本研究目的和意义  34-36
2 材料与方法  36-50
  2.1 实验材料  36
    2.1.1 材料来源  36
    2.1.2 橡胶叶片的采集  36
  2.2 仪器与试剂  36-38
  2.3 实验方法  38-48
    2.3.1 DNA 提取与纯化  38-40
    2.3.2 SSR PCR 扩增程序  40-41
    2.3.3 SRAP PCR 扩增程序  41-43
    2.3.4 AFLP 扩增程序  43-47
    2.3.5 变性聚丙酰胺凝胶电泳  47-48
    2.3.6 银染  48
  2.4 数据处理与分析  48-50
3 结果与分析  50-70
  3.1 DNA 的提取  50-51
  3.2 SSR 多态性筛选  51-54
    3.2.1 SSR 体系的优化  51
    3.2.2 SSR 引物筛选  51-54
  3.3 SRAP 多态性筛选  54-60
    3.3.1 SRAP 体系优化  55-57
    3.3.2 SRAP 多态性标记引物组合的筛选  57-60
  3.4 AFLP 多态性引物筛选  60-65
    3.4.1 AFLP 体系建立及优化  60-63
    3.4.2 AFLP 引物组合筛选  63-65
  3.5 分子连锁图谱的构建  65-70
4 讨论  70-74
  4.1 作图群体的建立  70
  4.2 橡胶基因组DNA 的提取  70-71
  4.3 SSR 和SRAP 引物筛选  71
  4.4 AFLP 体系的建立及引物组合筛选  71
  4.5 PAGE 凝胶电泳及银染  71-72
  4.6 遗传图谱的构建  72-74
5 结论  74-75
参考文献  75-84
附录  84-85
在校期间发表的论文  85-86
致谢  86

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中图分类: > 农业科学 > 林业 > 森林树种 > 特用阔叶树类 > 橡胶树
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