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长梗黄精11个微卫星位点的筛选及跨种扩增

作　者: 刘婷婷
导　师: 朱国萍
学　校: 安徽师范大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: 长梗黄精微卫星标记跨种扩增种群遗传学
分类号: S567.239
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

微卫星分子标记属于共显性的遗传标记,具有高度的多态性,而且是中性遗传的,所以在目前被认为是最好的用于群体基因研究的孟德尔分子标记。本文采用磁珠富集法构建了长梗黄精(Polygonatum filipes Merr.)的(CT)二碱基重复的微卫星文库,从中筛选到25个微卫星位点标记,并利用这些微卫星位点对来自安徽黄山的一个自然种群的21个个体进行多态性分析。分析结果显示有11个位点具有较高的多态性,每个位点的等位基因数目3-7个不等。观察杂合度在0.238到0.762之间,平均值为0.593。期望杂合度从0.472到0.790,平均值为0.711。其中,位点Pt6和Pt7偏离了Hardy-Weinberg平衡,MICRO-CHECKER分析显示偏离原因是无效等位基因的存在。每个位点之间没有显著的连锁关系。由于微卫星分子标记在近缘种中具有较高的通用性,因此,从长梗黄精中筛选出的11个多态性位点又在同科同属的黄精(P. sibiricum)﹑湖北黄精(P. zanlanscianense)﹑安徽黄精(P. anhuiense)﹑多花黄精(P. cyrtonema)﹑玉竹(P. odoratum)这5个物种中进行跨种扩增。结果显示,Pt1﹑Pt4﹑Pt5﹑Pt6﹑Pt9和Pt11这6个位点能够成功的在5个物种中进行扩增。除了湖北黄精,Pt3和Pt10能够在另外的4个种中获得扩增产物。这些多态性位点将是黄精属植物的种质保存、遗传多样性、种群遗传学、繁育系统等研究的有用工具。

全文目录

摘要  5-6
Abstract  6-9
第一章综述  9-23
  1 前言  9-10
  2 分子标记概述  10-17
    2.1 DNA 分子标记的特点  10
    2.2 DNA 分子标记的主要类型  10-12
    2.3 微卫星分子标记简介  12-17
  3 黄精属植物研究现状  17
  4 本实验研究的目的和意义  17-18
  参考文献  18-23
第二章长梗黄精微卫星位点的筛选及跨物种扩增  23-50
  1 材料与方法  23-33
    1.1 实验试剂  23-24
    1.2 植物材料  24
    1.3 基因组DNA 的提取  24-25
    1.4 磁珠富集法分离微卫星位点  25-29
    1.5 测序和引物设计  29
    1.6 PCR 检测所设计的引物和反应条件的优化  29
    1.7 群体PCR 扩增及琼脂糖电泳检测  29-30
    1.8 聚丙烯酰胺胶检测多态性  30-32
    1.9 多态性微卫星位点的跨种转移扩增  32-33
  2 结果与分析  33-43
    2.1 长梗黄精基因组DNA 的提取结果  33
    2.2 长梗黄精基因组酶切结果  33-34
    2.3 PCR 扩增接头连接的DNA 结果  34
    2.4 PCR 增加磁珠富集DNA 的结果  34
    2.5 菌落PCR 筛选包含有微卫星片段的克隆结果  34-35
    2.6 部分克隆的的测序结果(下划线部分代表重复序列)  35-38
    2.7 引物特异性扩增结果  38-39
    2.8 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果  39-41
    2.9 数据统计及分析结果  41-42
    2.10 跨种扩增结果  42-43
  3 讨论  43-48
    3.1 长梗黄精与玉竹的鉴别  43-44
    3.2 磁珠富集法讨论  44
    3.3 微卫星的重复单元类型  44-45
    3.4 T-A 克隆时的一些注意问题  45
    3.5 微卫星引物的设计及应用  45-46
    3.6 微卫星序列的选取  46-47
    3.7 微卫星中的无效等位基因(null allele)  47
    3.8 微卫星在近缘种中的应用  47-48
  参考文献  48-50
致谢  50-51
附：本人在读研期间发表的科研论文及获奖情况一览表  51

长梗黄精11个微卫星位点的筛选及跨种扩增

内容摘要

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