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秦川牛微卫星、CDIPT基因多态性及其与生长性状的相关性研究

作　者: 王洪程
导　师: 昝林森
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 秦川牛微卫星标记 CDIPT 生长性状
分类号: S823
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

本研究采用联合国粮农组织(FAO)推荐的7对微卫星DNA引物,应用PCR和凝胶电泳技术对秦川牛144个个体的基因型进行检测。分析了秦川牛群体的遗传变异,并进行了秦川牛微卫星标记和体尺性状的相关分析。采用PCR-SSCP结合DNA测序技术对638头1~3年龄秦川牛CDIPT基因SNPs进行检测,并分析了其中80头牛的部分肉用性能指标与SNPs位点相关性,旨在探索CDIPT基因对秦川牛部分肉用性状的影响,以期加快秦川肉牛的选育进程。研究结果如下:1. 144头秦川牛在7个微卫星位点上共检测到164个等位基因,平均每个位点23.43个等位基因。其中在IDVGA2位点上检测到等位基因数最多,为28个;在IDVGA27位点上检测到的等位基因数最少,为16个;7个微卫星位点在秦川牛群体中表观杂合度最低值与最高值分别为0.5639和0.9855,平均值为0.7634;期望杂合度最低值与最高值分别为0.8865和0.9512,其平均值为0.9232。7个位点多态信息含量均>0.5,其平均值为0.9141,各位点呈高度多态性。可以用于分析秦川牛遗传特性。2.分析微卫星标记和秦川牛体尺性状之间的相关性,结果表明:BM2113位点与尻长显著相关,与体斜长和体高极显著相关;IDVGA27位点与体斜长显著相关,与腰高和胸深极显著相关;IDVGA2位点与胸深显著相关;TGLA44与腰角宽显著相关,与坐骨端宽极显著相关。进而对该四个微卫星位点不同基因型间的体尺性状进行多重比较,秦川牛BM2113标记的CC基因型对体斜长和提高影响显著,FF基因型对尻长影响显著;微卫星IDVGA27标记的AE基因型对胸深,BF基因型对腰高,CC基因型对体斜长分别影响显著;微卫星IDVGA2标记的DD基因型对胸深影响显著;微卫星TGLA44标记的AE基因型对腰角宽和坐骨端宽均影响显著。这些基因型有望作为相应体尺性状的早期选择辅助标记。3.对秦川牛CDIPT基因所有外显子进行SNPs检测,结果在(1496bp)处检测到的SNP位点Y=G→A。对该遗传变异结果进行分型并与80头秦川牛的肉用性状进行关联分析,结果表明,该位点的多态与背膘厚和大理石花纹评分之间存在显著相关(P<0.05);该位点的多态与背膘厚和大理石花纹评分之间存在显著相关(P<0.05);GG型和AG型个体背膘厚显著高于AA型个体(P<0.05),GG型个体大理石等级高于AA型个体(P<0.05),与AG型个体差异不显著(P>0.05);其余指标间无显著差异,表明该SNP位点的GG基因型为优势基因型。提示CDIPT基因能够作为分子标记辅助选择的候选基因。

全文目录

摘要  6-7
ABSTRACT  7-11
第一章文献综述  11-22
  1.1 秦川牛研究介绍  11-12
  1.2 分子生物学与动物育种  12-16
    1.2.1 基因定位与数量性状的主效基因/QTL  12-13
    1.2.2 标记辅助选择(MAS)  13-14
    1.2.3 分子育种中常用的分子标记  14-16
  1.3 微卫星标记研究进展  16-21
    1.3.1 微卫星介绍  16-17
    1.3.2 微卫星位点的筛选  17
    1 3.3 微卫星标记在动物育种中的应用  17-18
    1.3.4 微卫星标记在牛中的应用  18-21
  1.4 CDIPT 基因的研究概况  21-22
第二章材料与方法  22-27
  2.1 试验材料  22-23
    2.1.1 血样  22
    2.1.2 试验数据  22-23
  2.2 主要仪器设备及试剂、溶液的配制  23
  2.3 试验方法  23-27
    2.3.1 DNA 的分离提取及质量检测（见附录三）  23
    2.3.2 PCR 扩增体系  23-25
    2.3.3 PCR 产物分析  25-26
    2.3.4 试验测定指标与统计分析  26-27
第三章结果与分析  27-42
  3.1 秦川牛基因组DNA 检测  27
  3.2 秦川牛7 个微卫星位点多态性及其与体尺性状相关性  27-35
    3.2.1 PCR 产物琼脂糖凝胶检测  27
    3.2.2 PCR 产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测  27-30
    3.2.3 秦川牛7 个微卫星位点的等位基因频率及其等位基因分布  30-31
    3.2.4 秦川牛的群体遗传变异分析  31
    3.2.5 秦川牛7 个微卫星位点与其体尺性状的相关性分析  31-35
  3.3 秦川牛CDIPT 基因多态性及其与肉质性状相关性  35-42
    3.3.1 CDIPT 基因P1 引物PCR-SSCP 检测结果  35
    3.3.2 CDIPT 基因P2 引物PCR-SSCP 检测结果  35-36
    3.3.3 CDIPT 基因P3 引物PCR-SSCP 检测结果  36-39
    3.3.4 CDIPT 基因P4 引物PCR-SSCP 检测结果  39-40
    3.3.5 CDIPT 基因P5 引物PCR-SSCP 检测结果  40
    3.3.6 CDIPT 基因P6 引物 PCR-SSCP 检测结果  40-42
第四章讨论  42-44
  4.1 微卫星标记分析秦川牛群体遗传特性  42
  4.2 微卫星标记与秦川牛体尺性状相关性分析  42-43
  4.3 CDIPT 基因多态性及与秦川牛肉质性状相关性分析  43-44
结论  44-45
参考文献  45-49
附录一质相关性状分析方法  49-50
附录二主要仪器设备及试剂、溶液的配制  50-54
附录三 DNA 的分离提取及质量检测  54-56
附录四 PCR-SSCP 步骤  56-58
附录五 PCR 产物的回收、纯化及测序的步骤  58-59
附录六测定指标与统计分析  59-61
致谢  61-62
作者简介  62

秦川牛微卫星、CDIPT基因多态性及其与生长性状的相关性研究

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