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地方鸭种遗传多样性分析及家鸭线粒体DNAD-环序列特征探讨

作　者: 吴震洋
导　师: 韩建林；罗玉柱
学　校: 甘肃农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 鸭微卫星标记遗传多样性线粒体DNA D-环
分类号: S834
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

本学位论文包括两部分研究内容。(1)地方鸭群体遗传多样性分析。以来自3个国家(柬埔寨、老挝和埃及)的13个鸭群体为研究对象,选择18个微卫星座位分析了群体遗传多样性。主要指标包括等位基因数、平均有效等位基因数(Ne)、每个群体的杂合度、多态信息含量(PIC)、平均期望杂合度(He)、平均观察杂合度(Ho)和遗传距离。结果表明,13个群体具有较高的平均多态信息含量(PIC)、期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho),分别是0.5762、0.6528和0.4049。哈代-温伯格检测表明,13个群体均不平衡,F-检测分析结果表明FST范围从0.062(APH08)到0.285(CAUD27),平均群体间分化系数为0.144。聚类分析表明柬埔寨5个群体(CKC、CSR、COD、CKP和CRK)聚为一类,埃及3个群体(EAG、EAF和ESH)聚为一类,老挝5个群体(LLG、LOD、LXK、LVC和LCP)聚为一类。不同群体的聚类关系和品种历史及分布相符合。在这些地方鸭群体中,18个微卫星座位适用于遗传分析。(2)家鸭线粒体DNA D-环序列特征分析。以4对位于D-环区不同位置的引物扩增和测定已知遗传背景的家鸭和番鸭以及未知遗传背景的家鸭。在家养瘤头鸭中,D-环区序列是同质的,而在家养野鸭中,序列则是异质的。结果表明,家养野鸭血液中存在起源于线粒体的核基因。这个现象未见前人的报道,并且影响用D-环序列作为分子标记对家鸭遗传多样性方面研究的应用。有关核内同源基因组织特异性和用特殊引物扩增真实D-环序列的方法建立,将有助于保证获得准确的家鸭遗传特性和种属鉴定。

全文目录

摘要  4-5
SUMMARY  5-9
第一章老挝、柬埔寨、埃及三个国家地方鸭种遗传多样性及系统进化研究  9-45
  第一部分文献综述  9-16
    1 遗传多样性及研究意义  9-10
    2 畜禽遗传多样性的评估方法  10-13
      2.1 形态学水平  10
      2.2 细胞学水平  10-11
      2.3 生化水平  11
      2.4 分子水平  11-13
    3 鸭遗传多样性的研究现状  13-15
      3.1 染色体水平的遗传多样性  13-14
      3.2 蛋白水平遗传多样性  14
      3.3 DNA 水平的遗传多样性  14-15
    4 本研究的目的和意义  15-16
  第二部分材料和方法  16-23
    1 试验材料  16-19
      1.1 样品采集  16-17
      1.2 主要仪器和设备  17
      1.3 主要试剂  17-18
      1.4 主要试剂配制  18-19
    2 试验方法  19-23
      2.1 基因组DNA 的提取  19-20
      2.2 基因组DNA 的检测  20
      2.3 微卫星标记的检测  20-22
      2.4 统计分析  22-23
  第三部分实验结果  23-43
    1 基因组DNA 和PCR 产物的检测  23-43
      1.1 基因组DNA 的检测  23-24
      1.2 PCR 产物的检测  24-34
      1.4 Hardy-Weinberg 平衡检测  34-37
      1.5 F-统计值  37-38
      1.6 群体遗传距离及聚类分析  38-42
      1.7 群体遗传结构  42-43
  第四部分讨论  43-45
    1 遗传多样性  43-44
    2 群体遗传结构  44-45
  第五部分结论  45
第二章部分亚洲国家家鸭 mtDNA D-环序列探索  45-62
  第一部分文献综述  45-52
    1 禽类线粒体DNA（mtDNA）的基本特征  46-47
      1.1 线粒体DNA（mtDNA）的序列组成  46
      1.2 线粒体基因组的结构特点  46-47
    2 线粒体DNA（mtDNA）的演化  47
    3 禽类线粒体DNA（mtDNA）遗传多样性研究  47-49
      3.1 禽类线粒体DNA（mtDNA）限制性酶切片段长度多态性  48
      3.2 禽类线粒体DNA 基因序列分析  48-49
    4 线粒体DNA（mtDNA）序列分析的数学模型  49-51
    5 家鸭现状  51-52
    6 本研究内容  52
  第二部分材料和方法  52-58
    1 样品的采集和DNA 的提取  52
    2 主要仪器设备  52-53
    3 主要试剂  53
    4 溶液的配制  53-54
    5 DNA 的提取  54-55
      5.1 从血液中提取DNA  54-55
      5.2 从FTA 试纸提取DNA  55
    6 引物设计和PCR 扩增  55-57
    7 PCR 产物检测和纯化  57
    8 直接测序和数据分析  57-58
  第三部分结果  58-59
    1 扩增效果  58
    2 直接测序  58-59
  第四部分讨论  59-61
    1 家鸭 D-环区的引物设计和测序原理及过程  59-61
    2 线粒体DNA 的异质性还是鸭子当中的同源核基因组  61
  第五部分结论  61-62
参考文献  62-72
致谢  72-73
个人简介  73-74
导师简介  74-76

地方鸭种遗传多样性分析及家鸭线粒体DNAD-环序列特征探讨

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