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甘肃红砂不同种群遗传多样性的ISSR分析

作　者: 冯亮亮
导　师: 唐红
学　校: 甘肃农业大学
专　业: 林木遗传育种
关键词: 红砂 ISSR分子标记 遗传多样性 遗传距离 聚类分析
分类号: S793.9
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 67次
引　用: 1次
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内容摘要


本研究以超旱生灌木红砂（Reaumuria soongorica）为研究材料,探讨在甘肃省张掖、武威、酒泉、皋兰、兰州5个天然种群间及种群内的遗传多样性差异。利用ISSR分子标记技术对甘肃不同红砂种群的遗传多样性进行了研究,得出以下主要结论:1.通过反应体系的优化最终确立了适合红砂的最优ISSR反应体系和反应条件,总体积为20μL,其中包括: 20ng的DNA模板2μL, 1.0μmol·L-1的引物2μL,10×Taq Buffer2μL,2.5U/μL的TaqDNA聚合酶1μL,超纯dNTPs 1.5μL,重蒸水补齐20μL。反应条件:94℃高温预变性3min,94℃变性30s,50℃退火45s（退火温度依据引物变化）,72℃延伸90s,进行40个循环,最后72℃延伸5min。2. 12个引物共扩增出69个位点,其中多态位点有60个,多态位点比率达86.96%;DNA分子量片段在500-3000bp之间。酒泉（JQ）种群的多态位点比率最高,达到81.16%,皋兰（GL）和仁寿山（RS）种群的最低（75.36%）,这五个种群的多态性高低为:酒泉（JQ）>武威（WW）>张掖（ZY）>皋兰（GL）和仁寿山（RS）。3.各种群的Shannon指数（I）的多态性在0.4701-0.5152之间,平均为0.4893,其中酒泉（JQ）种群的最高（0.5152）,皋兰（GL）种群的最低（0.4701）;Nei基因多样性指数（H）的多态性在0.3281-0.3617之间,平均为0.3424,其中酒泉种群（JQ）的最高（0.3617）,皋兰（GL）种群的最低（0.3281）。多态位点比率（P）、Shannon指数（I）与Nei基因多样性指数（H）的计算结果基本是一致的。各种群的大小顺序为:酒泉（JQ）>武威（WW）>张掖（ZY）>仁寿山（RS）>皋兰（GL）。4.通过popgen32计算分析得出甘肃不同种群的遗传相似系数与遗传距离, 5个种群间遗传一致度较高,平均为0.9308,其中ZY与JQ间的相似系数最高,为0.9632; JQ与RS间的相似系数最低,为0.9064。5个种群的平均遗传距离为0.0478,其中JQ与ZY间的遗传距离最小,为0.0375。JQ与RS间的遗传距离最大,为0.0982。根据种群间的遗传距离,采用UPGMA对5个种群进行聚类绘图,聚类结果看出ZY和JQ可聚为一类,。Mantel检验结果表明,遗传距离与地理距离没有显著相关性。

全文目录


摘要  2-3
SUMMARY  3-8
缩略词表  8-9
第一章 前言  9-11
第二章 文献综述  11-29
  1 红砂生物学特性及研究现状  11-12
    1.1 红砂生物学特性  11
    1.2 红砂植物的研究现状  11-12
  2 遗传多样性研究方法及进展  12-23
    2.1 遗传多样性的定义  12-13
    2.2 遗传多样性的起源  13-14
    2.3 植物遗传多样性的检测方法  14-22
    2.4 遗传多样性的意义  22-23
  3 ISSR 分子标记技术在遗传多样性研究中的应用  23-27
    3.1 分子标记遗传图谱的建立和基因定位  23
    3.2 ISSR 分子标记技术在植物遗传育种研究中的应用  23-24
    3.3 品种鉴定和亲缘关系分析  24
    3.4 群体遗传结构和遗传多样性研究  24-25
    3.5 物种基因组的微卫星位点特点的研究及进行微卫星引物的开发  25
    3.6 ISSR 技术的操作  25-27
  4 本研究的目的及意义  27-28
  5 研究内容与技术路线  28-29
    5.1 研究内容  28
    5.2 技术路线  28-29
第三章 甘肃红砂不同种群遗传多样性的ISSR 分析  29-36
  1 材料与仪器  29
    1.1 实验材料  29
    1.2 主要试剂及设备  29
  2 实验方法  29-36
    2.1 DNA 提取方法  29-30
    2.2 试剂盒所含药剂  30
    2.3 DNA 提取步骤  30-31
    2.4 总基因组DNA 质量的检测  31
    2.5 ISSR 反应体系的优化建立  31-33
    2.6 电泳检测扩增产物步骤  33
    2.7 数据处理统计  33
    2.8 数据分析  33-36
第四章 结果与分析  36-43
  1 红砂基因组DNA 的提取与检测  36
  2 红砂ISSR-PCR 反应体系的建立与优化  36-39
    2.1 M92+浓度  36
    2.2 dNTPs 浓度  36-37
    2.3 TaqDNA 聚合酶浓度  37
    2.4 模板DNA 浓度  37
    2.5 引物浓度  37
    2.6 退火温度  37-38
    2.7 循环次数  38-39
  3 反应体系与反应条件的确立  39
  4 引物的筛选  39-40
  5 红砂ISSR-PCR 扩增结果  40-43
    5.1 红砂种群的多态性  40-41
    5.2 甘肃红砂的遗传变异和遗传分化  41-42
    5.3 甘肃红砂不同种群的遗传距离与聚类分析  42-43
第五章 结论与讨论  43-47
  1 结论  43-44
  2 讨论  44-45
    2.1 甘肃红砂不同种群的遗传多样性  44
    2.2 甘肃红砂不同种群的遗传分化  44-45
  3 展望  45-47
参考文献  47-54
致谢  54-55
个人简介  55-56
导师简介  56-58

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中图分类: > 农业科学 > 林业 > 森林树种 > 阔叶灌木 > 其他
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