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雌雄鸡胚性腺RNA测序分析

作　者: 何川
导　师: 孟和
学　校: 上海交通大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 鸡性别决定与分化 RNA测序数字表达谱小分子RNA
分类号: S831
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

鸡是重要的模式生物和农业动物,其性别既是机体重要的生长发育性状,又是家禽产业重要的经济性状。目前对鸟类性别决定与分化的分子机制的了解还比较模糊。鸟类的性染色体组成属于雌异型(ZZ/ZW),其性别决定主要由遗传决定,但受到环境因素特别是性激素的影响。鸟类性别决定和分化机制主要有W染色体显性效应与Z染色体剂量效应两个假说,目前都缺乏令人信服的证据。本实验针对孵育后第6.5天时期雌雄鸡胚性腺进行了数字表达谱测序与小分子RNA测序。表达谱测序表明984个基因在两性性腺中显著差异表达。小分子RNA测序表明,43条miRNA在两性性腺中显著差异表达。对差异表达基因进行富集分析,发现这些基因富集在44个GO分类中,在分子功能大类上大部分与结合功能相关。发现氨酰-tRNA合成代谢、磷酸戊糖途径与类固醇合成途径可能与性别决定与分化相关的代谢途径。利用3种靶基因预测手段对显著差异表达的miRNA进行靶基因预测,发现11条miRNA可能参与性别性状调控。对所有显著差异表达miRNA靶基因进行预测,并对预测结果进行GO富集分析与代谢途径富集分析,找到了53个可能在雌雄性别分化过程中存在差异的GO分类,预测出17条可能参与性别调控的代谢途径。这些研究结果为进一步阐明鸟类性别决定与分化机理奠定了基础。

全文目录

摘要  3-4
ABSTRACT  4-8
第一章文献综述  8-22
  1.1 性别决定  8-16
    1.1.1 性别决定与第一性征  8-10
    1.1.2 鸟类性染色体与遗传性别  10-11
    1.1.3 性反转  11-13
    1.1.4 鸟类性别决定机制假说  13-14
    1.1.5 常染色体性别决定候选基因  14-16
  1.2 高通量测序  16-17
  1.3 表观遗传学  17-20
  1.4 研究目的意义  20-22
第二章材料与方法  22-32
  2.1 实验动物与样品采集  22
  2.2 主要试剂药品  22-23
  2.3 主要仪器设备  23-24
  2.4 主要实验方法  24-28
    2.4.1 样品DNA 提取  24-25
    2.4.2 遗传性别鉴定  25-26
    2.4.3 性腺样品总RNA 提取  26-27
    2.4.4 数字基因表达谱测序  27
    2.4.5 小分子RNA 测序  27
    2.4.6 RT-PCR  27-28
    2.4.7 荧光定量PCR  28
  2.5 统计学分析  28-30
    2.5.1 表达谱样品表达数据标准化  28-29
    2.5.2 差异表达基因标准  29
    2.5.3 差异表达miRNA 标准  29-30
  2.6 生物信息学分析  30-32
    2.6.1 差异表达基因GO 功能富集分析  30
    2.6.2 差异表达基因代谢途径富集分析  30
    2.6.3 差异表达靶基因预测  30-31
    2.6.4 靶基因GO 富集分析与代谢途径富集分析  31-32
第三章实验结果分析与讨论  32-52
  3.1 实验结果与分析  32-48
    3.1.1 测序质量与初步结果  32-35
    3.1.2 差异表达基因分析  35-36
    3.1.3 GO 功能富集分析  36-38
    3.1.4 代谢途径富集分析  38-41
    3.1.5 性别决定候选miRNA  41-43
    3.1.6 靶基因GO 与代谢途径富集分析  43-47
    3.1.7 荧光定量PCR 验证  47-48
  3.2 结论  48-49
  3.3 讨论  49-52
参考文献  52-58
致谢  58-59
攻读硕士学位期间已发表或录用的论文  59-61

雌雄鸡胚性腺RNA测序分析

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