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草菇线粒体基因组的研究

作　者: 刘昆
导　师: 谢宝贵
学　校: 福建农林大学
专　业: 蔬菜学
关键词: 草菇 线粒体 基因组 DNA 系统进化
分类号: S646.13
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 98次
引　用: 2次
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内容摘要


本论文探讨了草菇线粒体DNA的提取方法并对草菇线粒体基因组进行了测序。在低温下研磨破碎细胞,用差速离心法去除杂质并沉淀线粒体,DnaseI酶解核DNA,经过SDS和蛋白酶K裂解、酚/氯仿抽提可得到较高纯度的线粒体DNA。草菇线粒体基因组测序共得到41个scaffolds,152个contigs,序列总长度约为100kb。其中大于1kb的scaffolds和contigs分别为24和57个,其总长度分别为46678bp和38193bp。经过序列比对共得到14个蛋白质编码基因,2个核糖体RNA基因rns和rnl;21个tRNA基因。对序列片段进行了密码子、碱基组成、酶切、重复序列分析,结果表明:草菇线粒体基因对第三位碱基为A或T的密码子有较强的偏好性;2条scaffold片段共有14个单酶切位点;序列中碱基AT含量高于碱基GC;有6碱基重复序列1种,8碱基重复序列4种,9碱基重复序列1种,11和19碱基重复序列各2种,20、21、23、29、42、84碱基的重复序列各1种。对草菇与8种已公布的担子菌线粒体基因组进行比较基因组分析。通过对它们的基因排列方式的比较发现线粒体基因组之间有一定的规律性存在。结合属于26个科的27种真菌运用ML法构建了草菇的系统发育树,结果表明其分类地位结果与传统形态学分类地位相似。

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中图分类: > 农业科学 > 园艺 > 蔬菜园艺 > 菌类（食用菌） > 褶伞菌 > 草菇
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