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结肠直肠癌相关差异基因表达谱的荟萃分析

作　者: 史丹华
导　师: 沈百荣
学　校: 苏州大学
专　业: 应用数学
关键词: 结肠直肠癌差异基因荟萃分析通路富集性分析
分类号: R735.3
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

结肠直肠癌的发生、发展是一个多步骤、多阶段、多基因参与的复杂过程。本文对来自公共基因芯片数据库(GEO)的5组结肠直肠癌芯片数据集,利用生物信息学工具进行数据预处理,用COPA(Cancer Outlier Profile Analysis)方法筛选出差异基因,并选取KEGG和GeneGO数据库找出与差异基因相关的通路。基于GeneGO数据库的分析中,基因重复性低于通路重复性的比例占70%。本文找到的262条通路中有105条被证实与结肠直肠癌相关,4条通路至少在四组数据集中出现。通路(L)-selenoaminoacids incorporation in proteins during translation中有19.2%的基因被验证与结肠直肠癌有关,这条通路可能是新颖的与结肠直肠癌相关的通路,但还需要进一步的实验验证。本文在通路水平上对结肠直肠癌基因芯片表达谱数据进行荟萃分析,验证了在更高层次通路水平上的分析结果比在基因水平上的分析结果重复性更高,并且为更好的理解结肠直肠癌发生发展的分子机制提供了有意义的信息。

全文目录

中文摘要  4-5
Abstract  5-7
第一章序言  7-10
  1.1 结肠直肠癌基因表达谱的研究背景及意义  7-8
  1.2 结肠直肠癌基因表达谱的研究现状  8-9
  1.3 结肠直肠癌基因表达谱的研究内容及目的  9-10
第二章结肠直肠癌基因表达谱数据收集  10-12
  2.1 结肠直肠癌基因表达谱样本的数据信息  10-12
第三章数据预处理  12-20
  3.1 cDNA 芯片数据的预处理  12-17
    3.1.1 背景校正  12-13
    3.1.2 弱信号的处理  13
    3.1.3 数据归一化  13-16
    3.1.4 数据过滤  16
    3.1.5 空值补缺  16-17
    3.1.6 小结  17
  3.2 Affymetrix 芯片数据的预处理  17-20
    3.2.1 数据解析  17-18
    3.2.2 数据归一化  18-19
    3.2.3 数据过滤  19-20
第四章生物信息学分析  20-31
  4.1 差异基因筛选  20-22
  4.2 生物学通路分析  22-23
    4.2.1 基于 KEGG 数据库的通路富集性分析  22
    4.2.2 基于GeneGO 数据库的通路富集性分析  22-23
  4.3 重复性分析  23-26
    4.3.1 基因重复性和通路重复性分析  23-25
    4.3.2 通路重复性分析结果的进一步研究  25-26
  4.4 Dukes A/B 期肿瘤以及腺瘤样本分析  26-31
    4.4.1 Dukes A/B 期肿瘤样本分析  26-28
    4.4.2 腺瘤样本分析  28-31
第五章结论与讨论  31-33
参考文献  33-35
致谢  35-36

结肠直肠癌相关差异基因表达谱的荟萃分析

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