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石斛分子遗传连锁图谱的构建

作　者: 赵红燕
导　师: 沈波；王慧中
学　校: 杭州师范大学
专　业: 遗传学
关键词: 石斛 EST-SSR SRAP ISSR RAPD 遗传连锁图谱
分类号: S567.239
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

石斛属(Dendrobium)植物是兰科(Orchidaceae)的附生植物,它是我国传统的名贵中药材,目前,对石斛属植物进行遗传连锁图谱的构建在国内外报道甚少。本实验运用EST-SSR、SRAP、ISSR和RAPD四种分子标记技术,按照“拟测交”理论,以铁皮石斛(源自浙江金华)和细茎石斛(源自云南思茅)进行种间杂交产生的F1代分离群体为作图群体,成功构建了石斛的遗传连锁图谱,旨在为石斛重要药用性状的基因定位和分子辅助选择育种奠定理论基础。所得主要研究成果如下：1.首次将EST-SSR标记技术运用于石斛遗传连锁图谱的构建,EST-SSR标记可作为锚定标记,有助于石斛图谱的染色体的归并和不同连锁群的整合,为构建高密度的石斛遗传连锁图谱提供有效的方法。2.选用扩增带型清晰、稳定且具多态性的EST-SSR、SRAP、ISSR和RAPD引物,在两亲本及其F1群体中共扩增出563个多态性位点,其中来自父本(铁皮石斛)的位点259个,占总位点数46%；来自母本(细茎石斛)的位点269个,占总位点数47.78%。双亲位点在子代中所占比例接近50%,符合正常杂交组合的位点分布。3.本实验所获得的标记分离方式主要有三种：①孟德尔分离方式：共有标记数481个,占总标记数的85.44%；②偏分离方式：共有标记数78个,占总标记数的13.85%；③异常分离位点4个,占总标记数的0.71%。4.采用Mapmaker 3.0/Exp和Mapdraw V2.1软件进行石斛连锁图谱的构建。铁皮石斛的220个连锁标记进入22个连锁群(大于3个标记),10个三联体和8个连锁对,37个非连锁位点,连锁图谱覆盖的总图距为1425.9 cM；细茎石斛的226个连锁标记进入20个连锁群(大于3个标记),14个三联体和9个连锁对,38个非连锁位点,连锁标记覆盖的总图距为1332.6 cM。两亲本连锁图谱的平均图距均为10.41 cM,均达到了连锁框架图谱的构建要求。

全文目录

致谢  4-5
摘要  5-6
Abstract  6-8
目录  8-10
1 引言  10-24
  1.1 石斛属植物概况  10-13
    1.1.1 石斛属植物的分类  10-11
    1.1.2 石斛属植物的分布  11
    1.1.3 石斛属植物的药用价值  11-12
    1.1.4 石斛属植物的观赏价值  12-13
    1.1.5 石斛属植物的染色体研究  13
  1.2 分子标记在石斛属植物研究中的应用  13-21
    1.2.1 种质资源鉴定研究  15-17
    1.2.2 亲缘关系与分类研究  17-18
    1.2.3 遗传多样性分析  18-20
    1.2.4 遗传连锁图谱的构建  20-21
  1.3 药用植物的作图策略  21-23
  1.4 本研究内容及意义  23-24
2 材料与方法  24-31
  2.1 研究材料  24-25
    2.1.1 实验试剂  24
    2.1.2 引物来源  24
    2.1.3 实验仪器  24
    2.1.4 作图群体  24-25
  2.2 研究方法  25-31
    2.2.1 石斛基因组总DNA的提取  25-26
    2.2.2 DNA的检测  26
    2.2.3 PCR扩增体系的优化  26
    2.2.4 PCR扩增程序  26-27
    2.2.5 电泳检测  27-29
    2.2.6 引物筛选  29
    2.2.7 标记命名与数据统计  29-30
    2.2.8 遗传图谱的构建  30
    2.2.9 遗传图谱的参数计算  30-31
3 结果与分析  31-43
  3.1 基因组总DNA提取  31
  3.2 EST-SSR标记分析  31-33
  3.3 SRAP标记分析  33-35
  3.4 ISSR标记分析  35-37
  3.5 RAPD标记分析  37-39
  3.6 四种标记的分离分析  39-40
    3.6.1 符合孟德尔分离的标记  39
    3.6.2 偏孟德尔分离的标记  39
    3.6.3 异常分离的标记  39-40
  3.7 遗传图谱的构建  40-42
  3.8 基因组长度和图谱覆盖率的估算  42-43
4 讨论  43-47
  4.1 作图群体的选择  43-44
  4.2 作图标记的选择  44-45
  4.3 标记的偏分离分析  45
  4.4 标记的异常分离分析  45-46
  4.5 遗传图谱的构建  46-47
5. 结论与展望  47-49
  5.1 主要研究结论  47
  5.2 进一步工作的展望  47-49
参考文献  49-59
附录  59-67

石斛分子遗传连锁图谱的构建

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