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双身虫亚科和中国的盾腹虫属种类的分子系统学研究

作　者: 陈明秀
导　师: 王明学；聂品
学　校: 华中农业大学
专　业: 水产养殖学
关键词: 双身虫亚科盾腹虫属系统发育宿主特异性 ITS rDNA ND1基因
分类号: Q951
类　型: 硕士论文
年　份: 2006年
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内容摘要

双身虫亚科隶属于单殖吸虫纲，钩铗虫目，双身虫科，可分为双身虫属、拟双身虫属、真双身虫属、华双身虫属和侧孔吸虫属5个属，主要寄生于淡水鲤科鱼类的鳃部。盾腹虫属隶属于吸虫纲、盾腹亚纲、盾腹科，可寄生于软体动物、硬骨鱼类和龟鳖类，是寄生扁形动物中最原始的类群。本文采用分子生物学方法分别对双身虫亚科和我国的盾腹虫属的种类的系统发育关系进行了研究。利用真核生物通用引物扩增并测定9种双身虫(17个样品)的ITS2 rDNA序列，同时收集GenBank数据库中的双身虫种类的ITS2 rDNA序列，根据这些序列分别采用邻接法、最大似然法及贝叶斯法构建系统发育树。分子证据支持华双身虫属、真双身虫属和前侧孔吸虫属的分类地位，而双身虫属和拟双身虫属并非单系群；本研究所分析的双身虫属的种类与来自欧洲的拟双身虫属种类聚为一枝，而来自中国的拟双身虫属种类单独聚为一枝，而根据遗传距离值和系统树的拓扑结构，来自欧洲的拟双身虫属种类应还原到双身虫属。这样，则双身虫亚科的五个属都单独聚为一枝。拟双身虫属处于系统树的基部，与其它四属相比具有最大的遗传差异。此外，鳊拟双身虫、飘鱼拟双身虫、马口鱼拟双身虫和江西拟双身虫与餐拟双身虫的ITS rDNA的序列差别很小，表明它们可能是同物异名，但这些还需要更多的形态学的证据。鳙前侧孔吸虫和有害前侧孔吸虫存在同样的问题。以核糖体内转录间隔区为分子标记，分析了来自中国不同地域和不同宿主的盾腹虫属种类的分子变异，并构建了系统发育树。重庆盾腹吸虫与似螺盾腹吸虫的序列差异很小，且聚为一枝，支持率很高，说明前者可能是后者的同物异名。系统树支持三个具有高支持率的主枝，分别对应似螺盾腹吸虫、饭岛盾腹吸虫和贝居盾腹吸虫。似螺盾腹吸虫和饭岛盾腹吸虫亲缘关系较近，形成姊妹群；贝居盾腹吸虫具有较大的遗传变异，位于系统树的基部。

全文目录

摘要  5-6
Abstract  6-8
缩略词表  8-9
第一章文献综述及研究目的意义  9-22
  1 双身虫的分类和系统发育研究概况  9-10
  2 盾腹吸虫的研究概况  10-12
  3 分子系统学  12-21
    3.1 分子系统学的形成  12
    3.2 分子系统学的理论依据  12-13
    3.3 分子系统学的研究方法  13-15
      3.3.1 蛋白质水平的标记与检测手段  13
      3.3.2 DNA水平的标记与检测  13-15
    3.4 分子系统树的构建  15-18
      3.4.1 最大简约法  16
      3.4.2 最大似然法  16-17
      3.4.3 距离法  17
      3.4.4 贝叶斯推断法  17-18
    3.5 分子系统树的检验  18
    3.6 分子系统发育的分析软件  18-19
    3.7 常用的分子标记  19-21
      3.7.1 核核糖体DNA(nrDNA)  19-20
      3.7.2 线粒体DNA(mtDNA)  20-21
  4 本研究的目的与意义  21-22
第二章双身虫亚科的系统发育研究  22-40
  1 材料与方法  22-27
    1.1 实验材料  22-25
    1.2 实验器材  25
    1.3 实验方法  25-27
      1.3.1 基因组DNA的提取  25
      1.3.2 ITS2 rDNA的PCR扩增  25-26
      1.3.3 PCR产物的纯化  26
      1.3.4 高效感受态细胞的制备  26
      1.3.5 PCR产物的连接和转化  26-27
      1.3.6 序列分析  27
      1.3.7 系统发育树的构建  27
  2 结果与分析  27-38
    2.1 ITS2 rDNA电泳结果  27-28
    2.2 ITS2 rDNA序列分析  28-33
    2.3 ITS2 rDNA系统发育分析  33-38
  3 讨论  38-40
第三章盾腹虫属种类核糖体内转录间隔区和NADH脱氢酶亚基1的分子变异与系统发育分析  40-61
  1 材料与方法  40-43
    1.1 实验材料  40-41
    1.2 实验方法  41-43
      1.2.1 基因组DNA的提取  41-42
      1.2.2 RNA的提取  42
      1.2.3 cDNA的合成  42
      1.2.4 ITS rDNA和mtDNA ND1基因的PCR扩增  42-43
      1.2.5 PCR产物的纯化  43
      1.2.6 PCR产物的连接和转化  43
      1.2.7 序列分析  43
      1.2.8 系统发育树的构建  43
  2 结果与分析  43-59
    2.1 ITS rDNA电泳结果  43-44
    2.2 ND1基因的电泳结果  44-45
    2.3 ITS rDNA序列分析  45-51
    2.4 ND1基因的序列分析  51-55
    2.5 系统发育分析  55-59
  3 讨论  59-61
参考文献  61-73
致谢  73-74
附录  74

双身虫亚科和中国的盾腹虫属种类的分子系统学研究

内容摘要

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