学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

鸻形目27种鸟类c-mos基因序列分析及其系统发育研究

作　者: 唐婷
导　师: 吴跃峰
学　校: 河北师范大学
专　业: 动物学
关键词: 鸻形目 c-mos 系统发育
分类号: Q958
类　型: 硕士论文
年　份: 2008年
下　载: 13次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

鸻形目鸟类种类繁多、分布广泛,在湿地生态系统中占据重要的地位。由于鸻形目鸟类很多种在形态和生活习性方面具有较大相似性,依据形态学性状对其进行种间和科间分类一直存在争议,本文将使用分子手段研究这一类群之间的亲缘关系。C-mos是一个单拷贝、无内元基因,内部存在保守区域,很容易从基因组模板中得到扩增并直接测序。基因全长仅1kb左右,以c-mos为“标尺”,可度量中等分类阶元的亲缘关系。本实验利用c-mos基因重建鸻形目27种鸟类系统发生树,得到如下结论: 1.核c-mos部分序列的特点:T、C、A、G的平均含量分别为18.3%,26.1%,21.4%,34.2%。嘧啶含量44.4%低于嘌呤含量55.6%。c-mos基因在密码子第三位点发生的转换与颠换最多,其次是第一位,第二位最少。所有位点的R值为3.9,其中第三位点R值最低,表明其进化速度最快。核苷酸的变异情况显示转换数多于颠换数。序列之间的平均遗传距离是0.047。2.在科级系统关系上,鸥类与鸻鹬类显示出较近的亲缘关系,支持将鸥类列为鸻形目下科级水平。不支持将瓣蹼鹬列为瓣蹼鹬科,应将其降为鹬科下瓣蹼鹬属。在系统发生分析中,鸻科鸟类位于系统树的最底端,认为是鸻形目鸟类最早出现的一支,起源上早于鹬类和鸥类,在进化树上显示是鹬科加鸥科的姊妹群。3.在科下系统关系上,支持Sibley等将鹬科分为两个亚科,建议重新形成鹬亚科和滨鹬亚科,其中鹬亚科包括鹬属、沙锥属等大部分鹬科鸟类,滨鹬亚科应包括滨鹬属、阔嘴鹬属、杓鹬属、翘嘴鹬属、瓣蹼鹬属等鸟类。阔嘴鹬属与滨鹬属的鸟类表现出很高的亲缘关系,在阶元上更接近同一属,建议将阔嘴鹬列入滨鹬属。4.经过相对速率检验,得到各分支存在恒定的分子钟,可用来分析种群分歧时间。设定鸟类单拷贝核DNA(scnDNA)外显子的进化速率大约为0.7%,根据公式大致算出各类群的分歧时间:如鸥科和鹬科鸟类的分歧时间大约在75Myr(百万年),鸻类和鸥类的分歧时间大约在107Myr,滨鹬属与翘嘴鹬属的分歧时间大约在31Myr,瓣蹼鹬与鹬属鸟类的分歧时间大约在21Myr。

全文目录

中文摘要  4-5
Abstract  5-9
引言  9-13
1 综述  13-21
  1.1 鸟类分子系统学及鸻形目鸟类研究现状  13-18
    1.1.1 鸟类分子系统学研究概况  13-15
    1.1.2 鸻形目鸟类分类概况及其存在的争议  15-16
    1.1.3 鸻形目鸟类系统学研究进展  16-18
  1.2 C-mos 基因在鸟类系统发生研究当中的应用  18-21
2 材料与方法  21-27
  2.1 样品采集  21-24
  2.2 总 DNA 的提取和检测  24-25
    2.2.1 主要仪器设备  24
    2.2.2 主要试剂  24
    2.2.3 羽毛DNA 提取流程  24-25
    2.2.4 纯度检验及浓度计算  25
    2.2.5 凝胶电泳检验DNA 片段  25
  2.3 PCR 扩增及检测  25-27
    2.3.1 引物的设计与合成  25
    2.3.2 PCR 反应体系  25
    2.3.3 PCR 反应条件  25-26
    2.3.4 琼脂糖凝胶电泳和目的片段回收  26
    2.3.5 序列测定  26-27
3 结果与分析  27-51
  3.1 DNA 提取结果  27
  3.2 PCR 扩增结果  27-28
  3.3 DNA 测序结果  28
  3.4 序列分析  28-39
    3.4.1 分析软件  28
    3.4.2 序列检验  28
    3.4.3 C-mos 基因序列分析  28-39
  3.5 系统树的构建  39-48
    3.5.1 距离法  39-41
    3.5.2 最大简约法  41-46
    3.5.3 最大似然法  46
    3.5.4 贝叶斯推断法  46-48
  3.6 不同建树方法的比较  48-49
    3.6.1 假设依据  48
    3.6.2 计算时间  48
    3.6.3 估计一致性（consistency）  48-49
  3.7 建树方法选择  49
  3.8 系统树置信度检验  49-51
    3.8.1 重抽样技术  49-50
    3.8.2 分析性方法  50
    3.8.3 数据随机化方法  50
    3.8.4 相对支持方法  50-51
4 讨论  51-59
  4.1 C-mos 作为鸟类高级阶元系统发生工具的可行性  51
  4.2 鸻形目28 种鸟类的系统关系  51-52
  4.3 科级系统关系  52-53
  4.4 科下系统关系  53-55
  4.5 分子钟与类群分歧时间  55
  4.6 本实验尚待改进之处  55-59
5 结论  59-61
参考文献  61-67
致谢  67-69
攻读学位期间科研成果  69

鸻形目27种鸟类c-mos基因序列分析及其系统发育研究

内容摘要

全文目录

相似论文