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三株海洋细菌的多相分类研究

作　者: 肖川
导　师: 鲍时翔
学　校: 海南大学
专　业: 微生物学
关键词: 海洋细菌 多相分类 化学分类 分子分类 Ornithinibacter aureus Paracoccus Gracilibacillus
分类号: Q939
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


广阔、独特而又复杂的海洋环境蕴藏着丰富的微生物资源。据统计,海洋微生物有1×106-2×108种。为适应海洋特有高盐、高压、低营养、低光照等极端条件,海洋微生物在物种、基因组成和生理功能上具有丰富的多样性,是科学研究与生产实践开发利用的天然宝库。而现今,人们了解的海洋微生物不超过其总量的1%,海水中微生物的可培养率仅为0.001%～0.1%。因此,寻找分离新的微生物的纯培养方法,并对分离出的微生物进行系统分类鉴定,是研究海洋微生物的一项重要而又紧迫的工作。本研究按照多相分类原则,应用传统分类学、化学分类学和分子分类学手段相结合的方法,对从我国南海海水中分离得到的三株海洋细菌HB09001、HB09002和HB09003进行了多相分类学研究。菌株HB09001T革兰氏阳性、好氧、无运动性、不产孢子、分枝菌丝状。菌落呈金黄色。生长pH范围5.0-10.2,生长温度范围4-45。C。耐盐性范围0-5%。细胞壁肽聚糖的主要诊断氨基酸为鸟氨酸。主要的醌型为MK-8(H4)。主要的磷酸类脂有磷酸酰肌醇(PI)、磷脂酰乙醇胺(PE)、磷脂酰甘油(PG)、双磷脂酰甘油(DPG)和一个未知糖脂(GL)。主要的脂肪酸为iso-C18:1ω9c, iso-C16:0, iso-C15:0和C17:0。(G+C)mol%为69.6%。16SrDNA序列比对分析后与标准菌株Fodinibacter luteus DSM 21208T显示最高的同源性96.7%。最后确定其为间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)新属,命名为Ornithinibacter aureus gen. nov.,sp.nov.。菌株HB09002革兰氏阴性、无运动性、不规则球状直径为0.40-0.58μm。菌落呈橘黄色。生长pH范围5.0-10.2,生长温度范围10-37℃。耐盐性范围0-2%。氧化酶、接触酶阳性,脲酶阴性；无硝酸盐还原性；不能够降解淀粉、纤维素、凝胶、吐温20和吐温80；不能使牛奶胨化,能产生吲哚,但不能产生H2S；甲基红测试呈阴性,V-P实验阳性。meso-DAP作为细胞壁肽聚糖的主要诊断氨基酸。(G+C)mol%为67.8%.16S rDNA序列比对分析后与标准菌株Paracoccus koreensis JCM 21670T显示最高的同源性97.1%。很可能是副球菌属(Paracoccus)一个新种,有待进行基因组DNA-DNA杂交等后续鉴定工作,来对其系统分类地位作出准确判断。菌株HB09003革兰氏阳性、具运动性、不规则长杆状,大小范围为0.40-0.50×1.30-3.20μm。菌落呈乳白色。生长pH范围5.0-10.7,生长温度范围10-45℃。耐盐性范围0-15%。氧化酶、接触酶阳性,脲酶阴性；具硝酸盐还原性；能够降解淀粉,不能够降解纤维素、凝胶吐温20和吐温80；不能使牛奶胨化,能产生吲哚,但不能产生H2S：甲基红测试和V-P实验都呈阳性。16S rDNA序列比对分析后与标准菌株Gracilibacillus ureilyticus CGMCC 1.7727T显示最高的同源性97.1%。很可能是薄壁芽孢杆菌属(Gracilibacillus)一个新种,有待进行基因组DNA-DNA杂交等后续鉴定工作,来对其系统分类地位作出准确判断。

全文目录


摘要  4-6
Abstract  6-11
1 前言  11-20
  1.1 细菌分类学的内容  11-12
    1.1.1 细菌的分类  11
    1.1.2 细菌的命名  11-12
    1.1.3 细菌的鉴定  12
  1.2 细菌分类学的发展  12-14
  1.3 细菌多相分类研究具体方法  14-17
    1.3.1 传统分类  14
    1.3.2 化学分类  14-16
      1.3.2.1 磷酸类脂分析  14
      1.3.2.2 细胞壁特征氨基酸分析  14-15
      1.3.2.3 醌类型分析  15
      1.3.2.4 脂肪酸成分分析  15-16
    1.3.3 分子指征分析  16-17
      1.3.3.1 基因组DNA(G+C)mol%分析  16
      1.3.3.2 基因组DNA-DNA杂交  16
      1.3.3.3 16S rRNA序列分析  16-17
      1.3.3.4 DNA指纹分析  17
  1.4 当今细菌分类学研究的特点及发展趋势  17-19
    1.4.1 当今细菌分类学的研究特点  17-18
      1.4.1.1 细菌分离方法不断改进,不断有新属新种发现  17
      1.4.1.2 利用多相分类搞清已有细菌菌种的归属以及各属之间的亲缘关系  17-18
      1.4.1.3 细菌分类学和细菌资源研究联系更加紧密  18
    1.4.2 细菌分类学的发展趋势  18-19
  1.5 本论文研究的目的与意义  19-20
2 材料与方法  20-39
  2.1 主要试剂  20-21
  2.2 主要仪器设备  21
  2.3 培养基  21-22
    2.3.1 海洋细菌分类鉴定培养基(培养特征)  21-22
    2.3.2 细菌分类鉴定培养基(生理生化特征)  22
  2.4 本实验所选用的参考模式菌株  22-23
  2.5 本实验需要鉴定的待测菌株  23
  2.6 实验方法  23-39
    2.6.1 培养特征分析  23
    2.6.2 显微形态特征分析  23
    2.6.3 生理生化特征分析  23-27
      2.6.3.1 革兰氏染色实验  23-24
      2.6.3.2 菌株运动性实验  24
      2.6.3.3 耐盐性  24
      2.6.3.4 生长pH范围  24
      2.6.3.5 生长温度范围  24
      2.6.3.6 碳源利用实验  24
      2.6.3.7 酶学特性实验  24-26
      2.6.3.8 代谢产物实验  26-27
      2.6.3.9 抗生素敏感性实验  27
    2.6.4 化学指征分析  27-33
      2.6.4.1 磷酸类脂分析  27-30
      2.6.4.2 细胞壁特征氨基酸分析  30-31
      2.6.4.3 甲基萘醌类型分析  31-32
      2.6.4.4 脂肪酸分析  32-33
    2.6.5 分子指征分析  33-39
      2.6.5.1 基因组DNA(G+C)mol%含量分析  33-35
      2.6.5.2 16S rDNA序列测定及系统发育分析  35-39
3 结果与分析  39-61
  3.1 培养特征分析  39
  3.2 显微形态特征分析  39-41
  3.3 生理生化特征  41-46
    3.3.1 革兰氏染色实验结果  41
    3.3.2 菌株运动性  41-42
    3.3.3 耐盐性  42
    3.3.4 生长pH范围  42
    3.3.5 生长温度范围  42
    3.3.6 碳源利用情况(表3-2)  42-43
    3.3.7 酶学特性  43-45
      3.3.7.1 氧化酶  43
      3.3.7.2 过氧化氢酶(接触酶)  43
      3.3.7.3 脲酶  43-44
      3.3.7.4 脂酶(吐温-20、吐温-80)  44
      3.3.7.5 明胶液化  44
      3.3.7.6 牛奶凝固和胨化  44
      3.3.7.7 淀粉水解  44
      3.3.7.8 纤维素分解  44
      3.3.7.9 硝酸盐还原  44-45
    3.3.8 代谢产物  45
      3.3.8.1 MR(甲基红)实验  45
      3.3.8.2 V-P实验  45
      3.3.8.3 色氨酸分解(吲哚产生)实验  45
      3.3.8.4 硫化氢的产生实验  45
    3.3.9 抗生素敏感性  45-46
  3.4 化学指征分析  46-51
    3.4.1 磷酸类脂分析  46-47
    3.4.2 细胞壁特征氨基酸分析  47-48
    3.4.3 甲基萘醌类型分析  48-50
    3.4.4 脂肪酸成分分析  50-51
  3.5 分子指征分析  51-61
    3.5.1 基因组DNA(G+C)mol%含量分析  51-56
      3.5.1.1 标准碱基的(G+C)mol%分析  51-52
      3.5.1.2 标准菌株的(G+C)mol%分析  52-53
      3.5.1.3 待测菌株的(G+C)mol%分析  53-56
    3.5.2 16S rDNA序列测定及系统发育分析  56-61
4 讨论  61-66
  4.1 菌株HB09001多相分类探讨  61-63
  4.2 菌株HB09002多相分类探讨  63-64
  4.3 菌株HB09003多相分类探讨  64-66
5 结论  66-70
  5.1 HB09001作为间孢囊菌科(Intrasporangiaceae)新属及其模式种的描述  66-67
  5.2 HB09002作为副球菌属(Paracoccus)一个种的描述  67-68
  5.3 HB09003作为薄壁芽孢杆菌属(Gracilibacillus)一个种的描述  68-70
参考文献  70-74
附录  74-77
  Ⅰ 菌株HB09001 16S rDNA序列(1441bp)  74-75
  Ⅱ 菌株HB09002 16S rDNA序列(1369bp)  75-76
  Ⅲ 菌株HB09003 16S rDNA序列(1466bp)  76-77
致谢  77

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中图分类: > 生物科学 > 微生物学 > 微生物分类学（系统微生物学）
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