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猪SCAP和INSIG家族基因的克隆、染色体定位及生物学特征研究

作　者: 邱欢
导　师: 杨在清
学　校: 华中农业大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: SCAP INSIG 染色体定位 拟基因 基因结构 内含子丢失 差异剪接体
分类号: Q953
类　型: 硕士论文
年　份: 2005年
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内容摘要


目的: 通过对猪的脂肪和胆固醇代谢相关基因,包括SCAP、INSIG1和INSIG2的克隆、染色体定位及其生物学特征的鉴定,探讨猪的脂肪沉积的分子机理,为这些基因的功能研究奠定基础。 方法: 1 通过同源比较法,设计用于扩增特异基因的引物; 2 利用RT-PCR技术,扩增特异基因的cDNA片段; 3 利用5’和3’RACE技术,获取特异基因的5和3’末端cDNA序列; 4 对特异基因的扩增产物进行回收、克隆和测序; 5 利用RT-PCR技术,获取特异基因的组织表达谱; 6 通过基因组PCR获取特异基因的基因组序列; 7 利用辐射杂交板技术,对特异基因进行染色体定位。 结果: 1.本研究获得了505 bp的INSIG1部分编码区以及143 bp的INSIG1差异剪接体(INSIG1 variant 3)。该差异剪接体由野生型INSIG1(INSIG1 variant 1)发生292 bp的缺失所造成。猪INSIG1序列所编码的INSIG1蛋白质序列和人INSIG1有97.6%的同源性。RT-PCR检测表明INSIG1在心、肝、脾、肺、肾、肠、睾丸、脑、脂肪和肌肉中均有表达。INSIG1差异剪接体的表达在心脏和肌肉中没有检测到。对人、大鼠和小鼠EST数据库的检索和对小鼠来源的RNA进行的RT-PCR检测表明,该差异剪接现象存在于在人和猪中,而在啮齿类动物中没有发生。

全文目录


中文摘要  5-8
ABSTRACT  8-11
综述  11-14
材料与方法  14-21
  1 实验材料  14-15
    1．1 RNA和cDNA样品  14
    1．2 DNA样品  14
    1．3 培养基 工具酶和试剂盒  14
    1．4 菌株  14-15
    1．5 主要生化试剂的配制  15
    1．6 主要仪器设备  15
    1．7 主要分子生物学软件  15
  2 方法  15-21
    2．1 猪 INSIG家族和 SCAP基因的分离  15-16
    2．2 DNA序列同源性检索鉴定  16
    2．3 猪 INSIG和 SCAP基因的染色体定  16-18
    2．4 用 Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE) 方法获取基因的全长cDNA及序列分析  18-20
    2．5 用半巢式PCR扩增方法获取INSIG2拟基因的5’侧翼序列  20
    2．6 猪INSIG家族和SCAP基因的组织表达谱分析  20-21
结果与分析  21-48
  1 INSIG1基因cDNA片断的分离、序列分析与鉴定  21-27
    1．1 猪INSIG1及其差异剪接体的部分cDNA的特异扩增  21-23
    1．2 猪INSIG1氨基酸序列分析  23-24
    1．3 INSIG1差异剪接体在其他物种中的检测  24-25
    1．4 INSIG1内含子序列的扩增结果  25-26
    1．5 猪 INSIG1及其差异剪接体的组织表达谱  26-27
  2 INSIG2基因cDNA片断的分离、序列分析与鉴定  27-32
    2．1 INSIG2的部分cDNA的特异扩增及其 RACE扩增  27
    2．2 INSIG2的全长编码区的分析鉴定  27-28
    2．3 猪 INSIG2氨基酸序列分析  28-29
    2．4 INSIG2内含子的扩增结果及其序列分析  29-31
    2．5 猪 INSIG2的组织表达谱  31-32
  3 INSIG2拟基因的鉴定  32-36
    3．1 INSIG2拟基因的扩增及其序列分析  32-34
    3．2 INSIG2拟基因在其他物种中的检测  34
    3．3 INSIG2拟基因的表达分析  34
    3．4 INSIG2拟基因5’端上游序列的获得  34-36
  4 猪SCAP全长cDNA和基因组序列的获得及其差异剪接体的分离鉴定  36-46
    4．1 SCAP的部分cDNA的特异扩增及其 RACE扩增结果  36-37
    4．2 猪 SCAP的全长cDNA的分析鉴定  37-39
    4．3 猪 SCAP氨基酸序列分析  39-41
    4．4 猪 SCAP内含子序列扩增及其基因组结构分析  41-43
    4．5 人和猪 SCAP基因组结构的比较分析  43-44
    4．6 猪 SCAP差异型剪接体的分离鉴定  44-45
    4．7 SCAP差异剪接体在其他物种中的检测  45-46
  5 INSIG1、INSIG2、INSIG2拟基因和 SCAP的染色体定位  46-48
讨论  48-51
小结  51-52
参考文献  52-59
研究生在读期间论文发表情况  59-60
致谢  60-61
附录  61-64
  附录1 猪 SCAP基因组序列  61-64
  附录2 部分本研究获得的基因序列及其 GENBANK序列注册号  64

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中图分类: > 生物科学 > 动物学 > 动物遗传学
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