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湖州市结核分枝杆菌基因分型特征研究

作　者: 张思潮
导　师: 陈坤
学　校: 浙江大学
专　业: 公共卫生
关键词: 结核分枝杆菌基因分型聚类分析多位点可变数目串联重复序列分析
分类号: R52
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
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内容摘要

目的:结核病是严重威胁人类健康的传染病之一。近年来,由于不少地区和国家忽视对结核病的控制,以及临床抗结核药物的不规范应用所导致的耐药尤其是耐多药(MDR)病例的大量出现,再加上免疫缺陷病毒(HIV)/艾滋病(AIDS)合并结核病的感染,导致结核病发病数不断增加,结核病疫情不断恶化。为此,本次研究了解湖州市结核分枝杆菌基因型及其特征,查找主要流行株,分析流行趋势,研究基因型成簇特征与结核病流行传播的关系,建立湖州市结核病患者资料库以及结核分枝杆菌DNA基因信息数据库,探讨结核分枝杆菌基因分型在结核病控制中的应用价值,为有效控制结核病提供科学依据。方法:A.选例:以湖州市2007年1月1日至2007年6月31日期间发现的菌阳结核病患者作为研究对象,并对结核分枝杆菌分离鉴定。B.基因分型:采用MLVA基因分型方法,对结核分枝杆菌的15个VNTR位点进行引物设计、PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳凝胶成像,利用Quantity one进行图像数据和基因信息数字化处理。C.资料库建立:建立结核病患者资料库和DNA全基因库。D.数据分析:利用BioNumerics4.5软件对基因数字化信息进行聚类分析。采用spss13.0统计软件对相关资料进行统计分析。结果与结论:A.180结核病患者中,男119例,女61例,男:女=1.95:1;最大年龄87岁,最小14岁;25-44岁年龄组所占比例较高,为44.4%(80/180);职业组中,农民69例,占38.3%(69/180);民工64例,占35.6%(64/180);商业与服务业15例,占8.3%(15/180);治疗分类中,初治病例160例,占88.9%(160/180),复治比例20例,占11.1%(20/180)。B在15个VNTR位点中,Mtub-21、Mtub-39具有高的多态性;ETR-A、MIRU-10、MIRU-40、Mtub-30具有中等的多态性,而其它位点具有较差的多态性。C180株结核分枝杆菌共有93个基因型,可分为7个基因群,其中a群占2.2%,b群占5.0%,c群占2.2%,d群占9.4%、e群占9.4%、f群占6.7%,g群占65.0%。g群结核分枝杆菌为湖州市主要的流行株。D.180株结核分枝杆菌共有93个基因型,其中62株为单一基因型,占34.4%(62/180)。118株为成簇株,分别属于31个簇,每簇含菌株2-26株,平均3.81株。含26株的共1簇,为最大簇;含7株的共1簇;含6株的共1簇;含5株的共1簇;含4株的共6簇;含3株的共8簇;含2株的共13簇。180株结核分枝杆菌成簇率为65.6%(118/180)。E.不同人群结核分枝杆菌基因型特征为,119例男性患者中结核分枝杆菌成簇率为67.2%(80/119),61例女性患者结核分枝杆菌成簇率为62.3%(38/61),不同性别之间的成簇率无统计学意义(χ~2=0.43,P>0.05);年龄组中14-44岁和45-64岁结核病患者结核分枝杆菌成簇率分别为76.9%(83/108)、70.3%(26/37),均显著高于65岁以上年龄组成簇率(25.7%)(χ~2=39.99,P<0.05;χ~2=18.32,P<0.05);职业分布中,民工、商业与服务业、工人、农民结核分枝杆菌成簇率分别为78.1%(50/64)、86.7%(13/15)、67.0%(12/18)、50.7%(35/69)。统计结果显示,民工、商业与服务业、工人相对于农民成簇率更高,并具有统计学意义。按患者登记分类,初治组患者结核分枝杆菌成簇率显著高于复治组(χ~2=7.06,P<0.05)。综上所述,采用MLVA基因分型方法对180株结核分枝杆菌进行基因分型,结果证实湖州市结核分枝杆菌分离株基因型具有多态性;15个VNTR位点中,Mtub-21、Mtub-39、ETR-A、MIRU-10、MIRU-40、Mtub-30是分析湖州市结核分枝杆菌基因型的首选位点。根据被检结核分枝杆菌15个位点的重复拷贝次数,对180株结核分枝杆菌分离株进行聚类分析,180株结核分枝杆菌可分为7个基因群,共有93个基因型,g群结核分枝杆菌为湖州市主要的流行株。结核分枝杆菌成簇率为65.6%,基本证实湖州市结核病近期传播依然严重。

全文目录

致谢  4-5
中文摘要  5-8
Abstract  8-11
插图和附表清单  11-12
缩写、符号清单、术语表  12-13
目次  13-15
1 引言  15-19
2 材料与方法  19-32
  2.1 研究对象  19
  2.2 研究对象纳入标准  19
  2.3 研究的内容与技术路线  19-21
  2.4 实验材料  21-25
  2.5 主要仪器设备  25
  2.6 实验方法  25-27
  2.7 结核分枝杆菌分离培养  27-28
  2.8 结核分枝杆菌鉴定  28-29
  2.9 PCR扩增  29-31
  2.10 统计方法  31-32
3 结果  32-56
  3.1 菌株分离鉴定结果  32
  3.2 180例结核病患者年龄特征  32-33
  3.3 180例结核病患者职业特征  33
  3.4 患者治疗分类  33-34
  3.5 多位点数目可变串联重复序列分析(Multiple Loci VNTR Analysis,MLVA)结果  34-50
  3.6 MLVA分型方法各VNTR位点的等位基因多态性  50-51
  3.7 180株结核分枝杆菌MLVA分型与聚类分析结果  51-53
  3.8 180株结核分枝杆菌基因群分布  53
  3.9 180株结核分枝杆菌基因型分布及其成簇情况  53-54
  3.10 180株结核分枝杆菌成簇率特征  54-56
4 讨论  56-63
  4.1 结核分枝杆菌基因分型方法的选择  56-57
  4.2 三种基因分型的优缺点  57-58
  4.3 VNTR位点对不同菌株的鉴别能力  58-59
  4.4 基因分型系统树图与主要流行株  59
  4.5 MLVA基因特征在研究结核病传播动力学中的应用  59-60
  4.6 MLVA基因特征在性别组中的应用  60
  4.7 MLVA基因特征在年龄组中的应用  60-61
  4.8 MLVA基因特征在不同职业中的应用  61
  4.9 MLVA基因分型在追踪传染源中的应用  61-62
  4.10 MLVA基因分型在结核病密切接触者中的应用  62-63
参考文献  63-67
综述  67-76
作者简历及在学期间所取得的科研成果  76

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