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低温厌氧颗粒污泥中微生物菌株的生物信息学分析

作　者: 朱晔
导　师: 罗湘南
学　校: 河北科技大学
专　业: 环境工程
关键词: 低温厌氧 颗粒污泥 微生物菌株 生物信息学 16S rDNA 序列分析 系统发育树
分类号: X172
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


微生物是废水处理的主要功能生物,在废水处理系统中多种微生物共存且相互作用。充分认识其中的微生物学原理能为改进处理工艺、提高处理效率提供依据。基于培养和分离纯化的传统技术已经无法满足研究者对环境微生物进行快速、准确的分析与鉴定的要求。随着人类基因组计划(HGP)的实施,生物信息学产生并成为21世纪自然科学的核心领域,通过生物信息学的研究平台,能够实时在线检索丰富的微生物资源,可以共享环境微生物基因组信息。利用16S rDNA/rRNA序列分析技术,研究者可以在不对微生物进行分离培养的情况下对其进行研究,对特定环境中的微生物进行分析鉴定,并对微生物群落的结构和功能进行研究,结果准确、快速。本课题依靠传统分离培养方法获取了低温厌氧颗粒污泥中微生物的形态及生理生化特性,通过16S rDNA序列测定的方法获取了6菌株的16S rDNA序列。并运用新兴的生物信息学手段对6菌株的16S rDNA序列进行分析。使用BioEdit软件分析序列的碱基分布、G+C含量及通过寻找开放阅读框将核酸序列翻译为对应的氨基酸序列。使用ClustalX软件对6菌株的16S rDNA序列进行多序列比对,在比对结果的基础上使用MEGA软件对6菌株16S rDNA序列进行同源性分析并构建系统发育树,分析未知菌种与其他菌种的亲缘关系,进一步了解生物的进化关系。

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中图分类: > 环境科学、安全科学 > 环境科学基础理论 > 环境生物学 > 环境微生物学
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