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塞内加尔尼洛罗非鱼遗传多样性的微卫星分析

作　者: Diallo Amadou
导　师: 薛良义
学　校: 宁波大学
专　业: 水产养殖
关键词: 塞内加尔罗非鱼微卫星遗传多态性
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

做卫星是通用的遗传标记，它在遗传多样性的研究中有着广泛的运用。因为DNA复制过程中聚合酶会产生滑动，所以做卫星标记会有高度的多态性。至今为止的研究表明，做卫星在很多种类中部大量存在，据估计，它们在鱼类DNA中每10kh就会出现一次。本研究打算探索塞内加尔罗非鱼的两个群体间和群体内的遗传多态性(塞内加尔河和吉耶尔湖)。为了跟两个塞内加尔野生种群进行遗传多样性对比，两个中国养殖种群(宁波和吉富)也包含在研究范围内。运用了8个做卫星标记分别对塞内加尔河，吉耶尔湖，宁波和GIFT的罗非鱼群体进行遗传多态性的研究。结果表明，吉耶尔湖群体的观测杂合度Ho值为O 875，接着是塞内加尔河群体的Ho值为O 873，吉富群体的H。值为O 808，宁波的群体的H。值为O 750。所有位点部显著的偏离了哈迪温伯格平衡。吉耶尔湖群体的平均PIc值比较高(O 712)，接下来是吉富群体(O 689)，塞内加尔河群体(O 617)和宁波群体(O 588)。吉耶尔湖群体的多态性比塞内加尔河的群体更高。遗传距离分析结果表明，塞内加尔河和吉耶尔湖群体的遗传距离是最近的，而塞内加尔河和GIFT群体的遗传距离是最远的。分子生物学方差分析表明17％的变异产生于塞内加尔的群体的种间变异而83％的变异产生于种内变异。在uPGMA系统树图中，塞内加尔河群体和吉耶尔湖群体构成一个组，同时，宁波和吉富群体构成了另外一个组。塞内加尔河群体和吉耶尔湖群体的基因流水平仍然是很低的(Nm=2 219)。本研究为塞内加尔尼罗河罗非鱼种群的遗传学背景的研究起了开头的作用。这些结果同样可以在渔业管理和塞内加尔未来的分子标记辅助育种项目中被利用起来。

全文目录

Abstract  4-5
摘要  5-8
Introduction  8-11
1 Literature review  11-18
  1.1 Microsatellite DNA markers and their evolution  11-13
  1.2 Advantages and disadvantages of microsatellites  13-14
  1.3 Applications of Microsatellite to fisheries and aquaculture research  14-18
    1.3.1 Population genetics  14-15
    1.3.2 Genetic Map and Quantitative traits loci  15-18
2 Materials and Methods  18-27
  2.1 Materials  18-22
    2.1.1 Sample collection and processing  18
    2.1.2 DNA extraction related reagents and solutions  18-20
    2.1.3 PCR related reagents  20
    2.1.4 Polyacrylamide gel related reagents  20-21
    2.1.5 Silver staining reagents  21
    2.1.6 Equipments  21-22
  2.2 Methods  22-27
    2.2.1 DNA extraction  22-23
    2.2.2 DNA quantification  23-24
    2.2.3 PCR amplification of microsatellites loci  24-25
    2.2.4 PCR products Agarose gel electrophoresis  25
    2.2.5 Native Polyacrylamide gel of PCR products  25-26
    2.2.6 Silver Staining  26
    2.2.7 Statistical Analysis  26-27
3 Results and discussion  27-39
  3.1 Results  27-36
    3.1.1 Extraction results of genomic DNA  27
    3.1.2 PCR amplification Results  27-29
    3.1.3 Native Polyacrylamide Gel results  29-30
    3.1.4 Within population polymorphism and diversity results  30-34
    3.1.5 Interpopulation diversity results  34-36
  3.2 Discussion  36-39
    3.2.1 Intra-population diversity  36-37
    3.2.2 Inter-Population diversity  37-38
    3.2.3 Gene Flow between Senegalese populations  38-39
4 Conclusion  39-40
REFERENCES  40-51
在学研究成果  51-52
ACKNOWLEDGEMENTS  52

塞内加尔尼洛罗非鱼遗传多样性的微卫星分析

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