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曼氏无针乌贼微卫星位点筛选及群体多态性分析

作　者: 吴璋
导　师: 薛良义；蒋霞敏
学　校: 宁波大学
专　业: 水产养殖
关键词: 曼氏无针乌贼微卫星磁珠多态性
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 21次
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内容摘要

采用链霉亲和素包被的磁珠富集法筛选曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)微卫星位点。实验样品来自舟山六横岛,提取4个样品的DNA混合成DNA pool,用限制性内切酶Sau3AI酶切。接上接头后构建基因组PCR文库,用生物素标记的(GT)15探针筛选。筛选获得目的片段进行PCR扩增,连接pMD18-T载体,转入DH5α感受态大肠杆菌里,扩大培养后PCR筛选阳性克隆。总共选取278个克隆,对120个经过检测含有插入片段的克隆进行测序,发现102个克隆含有微卫星序列,阳性克隆比率为85%。除去重复测序的和侧翼链不足的序列,可以设计引物的微卫星序列有64条。其中有49条已经登陆Genebank数据库,检索号:HM756198-HM756246。最终33条引物被设计和合成。搜索NCBI的数据库,总共查询获得曼氏无针乌贼微卫星序列10条。下载该些序列,利用Primer Premier 5分别为这些序列设计引物,然后送至公司合成。将模板稀释到20ng/μl,并将引物稀释到10pmol/μl,随即选择6个个体的模板进行PCR,PCR产物用聚丙烯酰胺凝胶电泳。发现4对引物能扩增出特异性条带,但是只有2对引物具有多态性。多态性的SMC424引物扩增出4个位点,有5种带型;而SMC2142有3个位点3种带型。利用所获得的微卫星引物对舟山和霞浦群体进行PCR扩增,然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果总共有15对微卫星引物扩增出多态性,但只有13对引物可以进行群体多态性分析。将获得的电泳图片进行0-1分型编码,作为原始数据,然后转换为Popgen32软件所需要的ABCD型编码,进行多态性分析。软件分别对两个群体以及整个样本的位点数目、位点出现频率、期望杂合度、观测杂合度、有效基因数、还有群体遗传距离进行分析,同时根据位点出现频率计算各位点的PIC值。在对舟山86个个体的群体和霞浦55个个体的群体进行分析后,获得了遗传距离的一个无偏估计值为0.0519,说明这两个群体间的多态性是显著的。

全文目录

摘要  4-5
Abstract  5-9
引言  9-11
1 综述  11-17
  1.1 头足类的研究  11
  1.2 曼氏无针乌贼  11-12
  1.3 分子遗传标记  12
  1.4 微卫星  12-14
  1.5 微卫星的应用  14-17
    1.5.1 分析水产生物物种遗传多样性  14-15
    1.5.2 分析群体结构和亲缘关系  15
    1.5.3 标记辅助育种  15
    1.5.4 分子标记为基础的遗传图谱  15-17
2 曼氏无针乌贼微卫星引物的筛选  17-47
  2.1 实验材料  17-22
    2.1.1 样品采集  17
    2.1.2 主要试剂  17
    2.1.3 DNA 提取相关试剂  17-21
    2.1.4 主要耗材  21
    2.1.5 主要仪器  21-22
  2.2 实验方法  22-35
    2.2.1 磁珠富集法筛选曼氏无针乌贼微卫星引物  22-32
    2.2.2 从数据库查找获得微卫星方法  32-35
  2.3 结果与分析  35-43
    2.3.1 磁珠法筛选微卫星结果和分析  35-40
    2.3.2 从数据库搜索微卫星结果与分析  40-43
  2.4 讨论  43-47
    2.4.1 磁珠法富集法  43-45
    2.4.2 数据库搜索微卫星  45-47
3 曼氏无针乌贼群体多态性分析  47-58
  3.1 材料  47-48
    3.1.1 样品采集  47
    3.1.2 主要试剂  47-48
    3.1.3 主要耗材  48
    3.1.4 主要仪器  48
  3.2 实验方法  48
  3.3 结果与分析  48-56
    3.3.1 群体基因组DNA 提取  48-49
    3.3.2 PCR 及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳  49-50
    3.3.3 数据的编码  50-51
    3.3.4 多态性检验结果  51-56
  3.4 讨论  56-58
参考文献  58-62
附录A 部分测序波峰图  62-64
附录B 部分曼氏无针乌贼微卫星序列  64-66
在学研究成果  66-67
致谢  67

曼氏无针乌贼微卫星位点筛选及群体多态性分析

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