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四株红树林底泥放线菌的多相分类鉴定

作　者: 袁维道
导　师: 黄惠琴
学　校: 海南大学
专　业: 微生物学
关键词: 放线菌 红树林 多相分类 化学分类 分子分类 DNA-DNA杂交
分类号: S718.83
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要


红树林是生长于热带亚热带海岸潮带间的一种特殊的植物群落。作为四大海洋高生产力生态系统之一,红树林生态系统是筛选和发现放线菌新物种的宝贵资源。本研究按照多相分类原则,应用传统分类、化学分类和分子分类相结合的方法,对从我国海南东寨港红树林底泥中分离到的放线菌HA11166、HA1116、HA10211和HA11097进行了鉴定。菌株HA11166T革兰氏阳性、生长pH范围6-12,生长温度范围8-43℃。耐盐性范围1-5%。硝酸盐还原,水解淀粉,不降解纤维素,不能使牛奶凝固与胨化,不产生H2S；主要的磷酸类脂有磷脂酰乙醇胺(PE)、磷脂酰肌醇甘油糖脂(PIM)和一个未知糖脂(GL)。主要的脂肪酸为ant-C15:0, iso-C16:0,iso-C14:0, C16:1ω9c, C16:0。(G+C) mol%为73.71%,16S rDNA与菌株Nocardiopsis trehalosi VKM Ac-942T显示最高的同源性(98.2%),在系统发育树上处于同一分支,二者DNA-DNA杂交值为35.4%。鉴定菌株HA11166T为拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)新种,命名为东寨港拟诺卡氏菌(Nocardiopsis dongzhaigangensis sp. nov.)。菌株HA11164T革兰氏阳性、生长pH范围6-11,生长温度范围14-28℃。耐盐性范围1-5%。不能使硝酸盐还原,不水解淀粉,不能使牛奶凝固与胨化,不产生H2S。主要的磷酸类脂有双磷脂酰甘油(DPG)、磷脂酰甲基乙醇胺(PME)、磷脂酰胆碱(PC)、磷脂酰肌醇(PI)和磷脂酰肌醇甘油糖脂(PIM)。(G+C) mol%为74.94%。16S rDNA与菌株Pseudonocardia carboxydivorans Y8T显示最高的同源性(98.5%),在系统发育树上与菌株P. alni DSM44104T、P. tropica YIM61452T、P. antarctica DVS5a1T、P. carboxydivorans Y8T和P. parietis04-St-002T聚为一个大的分支,DNA-DNA杂交值分别为62.3%、60.2%、50.0%、59.1%和46.0%。鉴定菌株HA11164T为假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)新种,命名为杀线虫假诺卡氏菌(Psedonocardia nematocida sp. nov.)。菌株HA10211革兰氏阳性,生长pH范围6-11,生长温度范围14-43℃,最适盐度3%。不能使硝酸盐还原,水解淀粉,不降解纤维素,不能使牛奶凝固与胨化,不产生H2S=16S rDNA与菌株Isoptericola chiayiensis06182M-11显示最高的同源性(99.2%),并处于系统发育树上同一个分支,二者DNA-DNA杂交值为80.3%。鉴定菌株HA10211为嘉义白蚁菌(Isoptericola chiayiensis)。菌株HA11097革兰氏阳性、生长pH范围6-9,生长温度范围14-37℃,耐盐性范围1-3%。硝酸盐还原,降解纤维素；不能水解淀粉,不能使牛奶凝固与胨化,不产生H2S。16S rDNA与菌株Streptomyces aculeolatus NBRC14824T显示最高的同源性(98.9%),并处于系统发育树上同一个分支,二者DNA-DNA杂交值为94.4%。鉴定菌株HA11097为针孢链霉菌(Streptomyces aculeolatus)。

全文目录


摘要  4-6
ABSTRACT  6-11
上篇 文献综述  11-20
  1 放线菌分类学的发展  11-12
  2 红树林环境放线菌研究进展  12
  3 放线菌多相分类体系及研究方法  12-17
    3.1 传统分类  12-14
      3.1.1 形态特征  12-13
      3.1.2 培养特征  13
      3.1.3 生理生化特征  13-14
    3.2 化学分类  14-16
      3.2.1 细胞壁化学成分分析  14-15
      3.2.2 磷酸类脂分析  15
      3.2.3 醌组分分析  15
      3.2.4 脂肪酸分析  15-16
    3.3 分子分类  16-17
      3.3.1 16S rRNA基因序列分析  16
      3.3.2 DNA(G+C)mol%测定  16-17
      3.3.3 DNA同源性分析  17
  4 放线菌新种的鉴定  17-19
    4.1 种的概念  17-18
    4.2 放线菌分类鉴定的基本程序  18
    4.3 有效刊物的发表  18-19
  5 本研究的目的与意义  19-20
下篇 研究内容  20-59
  1 材料与方法  20-31
    1.1 实验材料  20-23
      1.1.1 主要试剂  20
      1.1.2 主要仪器设备  20-21
      1.1.3 培养基  21-22
      1.1.4 本实验所选用的参考模式菌株  22-23
      1.1.5 本实验需要鉴定的菌株  23
    1.2 实验方法  23-31
      1.2.1 形态特征  23
      1.2.2 培养特征  23
      1.2.3 生理生化特征  23-25
      1.2.4 化学特征分析  25-28
      1.2.5 分子特征分析  28-31
  2 结果与分析  31-52
    2.1 形态特征  31-32
    2.2 培养特征  32-33
    2.3 生理生化特征  33-36
      2.3.1 生长pH范围  33
      2.3.2 生长温度范围  33
      2.3.3 耐盐性  33
      2.3.4 碳源利用情况  33-34
      2.3.5 酶学特征实验  34-35
      2.3.6 代谢产物实验  35-36
    2.4 化学特征  36-40
      2.4.1 磷酸类脂  36-37
      2.4.2 脂肪酸成分分析  37-40
    2.5 分子鉴定  40-52
      2.5.1 基因组DNA的提取  40-42
      2.5.2 16S rDNA序列测定及系统发育分析  42-45
      2.5.3 DNA(G+C)mol%测定  45-51
      2.5.4 基因组DNA-DNA杂交  51-52
  3 讨论  52-57
    3.1 菌株HA11166多相分类探讨  52-53
    3.2 菌株HA11164多相分类探讨  53-54
    3.3 菌株HA10211多相分类探讨  54-55
    3.4 菌株HA11097多相分类探讨  55-57
  4 结论  57-59
    4.1 模式菌株HA11166~T(Nocardiopsis dongzhaigangensis sp.nov.)的描述  57
    4.2 模式菌株HA11164~T(Psedonocardia nematocida sp.nov.)的描述  57
    4.3 Isoptericola chiayiensis HA10211的描述  57-58
    4.4 Streptomyces aculeolatus HA11097的描述  58-59
参考文献  59-62
附录  62-66
致谢  66

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中图分类: > 农业科学 > 林业 > 林业基础科学 > 森林生物学 > 森林微生物学 > 细菌
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