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基于生物信息学的胃癌尿液肿瘤标志物的筛选及验证

作　者: 董学妍
导　师: 李凡
学　校: 吉林大学
专　业: 病原生物学
关键词: 胃癌基因芯片支持向量机内皮脂肪酶标志物
分类号: R735.2
类　型: 博士论文
年　份: 2013年
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内容摘要

随着肿瘤诊断技术的不断进步，从尿液中寻找肿瘤标志物已成为肿瘤研究领域的热点。然而长期以来从尿液中寻找肿瘤标志物的工作一直难以获得实质性的突破，究其原因主要是因为尿液的蛋白含量较低，且易受多种因素影响。此外，现有的蛋白质组学技术检测的蛋白范围较小，容易造成一些量度较低的蛋白漏检。为了弥补传统实验对尿液标志物检测的局限性，我们使用SVM与递归特征筛选法(Recursive Feature Elimination，RFE)相结合的SVM-RFE方法建立入尿蛋白预测模型。并运用该模型对基因芯片实验所得715条基因（Foldchange≥2）编码的蛋白进行预测分析。通过查找文献、比较基因差异幅度以及功能富集分析，最终得到71个潜在胃癌尿液肿瘤标志物，有效降低了标志物找寻的范围。运用抗体芯片和western blot对预测出的潜在尿液肿瘤标志物进行了部分验证。对内皮脂肪酶(Endothelial Lipase，EL)蛋白的检测发现，胃癌患者尿液中EL表达量明显低于健康体检者，可作为潜在的胃癌标志物对高危人群进行筛查。本实验中的结果在一定程度上提示，基于SVM预测胃癌尿液肿瘤标志物的方法真实可靠，为挖掘潜在的胃癌尿液肿瘤标记物提供了一个有效的新途径。

全文目录

内容提要  4-5
中文摘要  5-9
Abstract  9-14
英文缩写词表  14-18
第1篇文献综述  18-54
  第1章胃癌的概述  18-30
    1. 胃癌的流行病学研究现状  18-24
    2. 胃癌的病理分型  24-27
    3. 胃癌相关基因  27-30
  第2章基因芯片在胃癌研究中的应用  30-39
    1. 基因芯片技术概述  30-31
    2. 基因芯片在胃癌诊断中的应用  31-36
    3. 基因芯片在胃癌治疗中的应用  36-39
  第3章肿瘤标志物的研究进展  39-49
    1 肿瘤标志物的概述  39-41
    2 胃癌肿瘤标志物在临床中的应用  41-48
    3 肿瘤标志物在胃癌中联合运用  48-49
  第4章内皮脂肪酶的研究进展  49-54
    1. EL 的结构和功能  49-50
    2. EL 与代谢综合症  50-54
第2篇实验研究  54-120
  第1章基因表达普芯片筛选胃癌相关基因  54-81
    引言  54-55
    1. 材料  55-57
    2. 方法  57-63
    3. 结果  63-77
    4. 讨论  77-81
  第2章基于支持向量机的胃癌尿液标志物的预测研究  81-98
    引言  81
    1. 材料  81-83
    2. 方法  83-90
    3. 结果  90-95
    4. 讨论  95-98
  第3章尿液中内皮脂肪酶对筛查胃癌的意义  98-120
    引言  98-99
    1. 材料  99-107
    2. 方法  107-110
    3. 结果  110-117
    4. 讨论  117-120
第3篇结论  120-122
参考文献  122-148
作者简介及在学期间所取得的科研成果  148-150
致谢  150-151

基于生物信息学的胃癌尿液肿瘤标志物的筛选及验证

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