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基于GSEA分析的犬膨大性心肌症关键基因通路筛选

作　者: 刘春慧
导　师: 潘玉春; 杨长锁
学　校: 上海交通大学
专　业: 兽医
关键词: 犬膨大性心肌症基因集富集分析
分类号: S858.292
类　型: 硕士论文
年　份: 2012年
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内容摘要

犬膨大性心肌症(DCM)是以心室功能受损，心房室都显著膨大为显著特征的犬常见疾病。尽管此病的发病率非常高，但该疾病的的遗传机制研究较少。本研究利用基因集富集分析(GSEA)的方法,针对NCBI的GEO数据库中的DCM的表达芯片数据进行分析，共发现与犬膨大性心肌症相关的上调的基因85个，下调的基因19个。通过基因集富集分析得到与犬膨大性心肌症相关的显著上调的基因通路4个，显著上调的GO集合15个。这些显著的基因集合可作为犬膨大性心肌症相关的候选通路，为进一步进行犬膨大性心肌症的早期诊断，预防和个性化治疗奠定基础。

全文目录

摘要  3-4
ABSTRACT  4-7
1 综述  7-10
  1.1 研究背景  7
  1.2 微阵列处理与分析  7-8
    1.2.1 基因表达  7-8
    1.2.2 基因芯片概念  8
    1.2.3 基因集富集分析  8
    1.2.4 基因集的定义  8
  1.3 本研究目的与意义  8-10
2 材料与方法  10-12
  2.1 数据检索与收集  10
  2.2 数据校正  10
  2.3 数据预处理  10
  2.4 差异表达基因统计分析  10-11
  2.5 聚类分析  11
  2.6 基因集富集分析  11-12
3 结果  12-19
  3.1 显著上调、下调基因  12-13
  3.2 基因集聚类分析  13-14
  3.3 基因集富集分析  14
  3.4 显著富集通路  14-19
    3.4.1 Focal adhesion 通路  15
    3.4.2 ECM 通路  15-17
    3.4.3 Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) 通路  17-18
    3.4.4 Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450 通路  18-19
4 讨论  19-21
  4.1 差异表达基因统计分析  19
  4.2 聚类分析  19-20
  4.3 基因集富集分析  20
  4.4 显著富集通路  20-21
5 结论与展望  21-22
参考文献  22-26
致谢  26-27
攻读硕士学位期间已发表或录用的论文  27-28
附件  28-30

基于GSEA分析的犬膨大性心肌症关键基因通路筛选

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