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HLA多态性分析、新等位基因鉴定及与慢性髓细胞白血病相关性研究

作　者: 缪扣荣
导　师: 汪承亚
学　校: 南京医科大学
专　业: 内科
关键词: HLA 等位基因 DNA测序 DNA亚克隆多态性慢性髓细胞白血病
分类号: R733.72
类　型: 博士论文
年　份: 2008年
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内容摘要

目的研究江苏地区无关人群的HLA遗传多态性分布特征,筛选、鉴定HLA-A、B、DRB1位点新等位基因,并探讨HLA与慢性髓细胞白血病(Chronic myeloid leukemia,CML)发生的相关性。方法运用PCR-SSP及PCR-SSOP方法对江苏地区正常健康人群及慢性髓细胞白血病患者进行HLA-A、B、DRB1基因分型,Arlequin软件进行基因频率、单倍型频率、连锁不平衡及疾病相关性分析。PCR-SSP方法筛选可疑新等位基因标本,并应用基因克隆和DNA测序技术对受检标本进行核苷酸序列分析,与已知等位基因序列比对,同时进行血清学分型及家系分析,以确认新等位基因。结果HLA多态性研究共检出HLA-A位点等位基因18个,B位点等位基因34个,DRB1位点等位基因13个(低分辨水平)。A位点频率最高的是A*02(29.55%),B位点频率最高的是B*15(14.40%),DRB1位点频率最高的是DRB1*09(16.15%)。频率最高的HLA-A,B,DRB1单倍型是A*30-B*13-DRB1*07(6.92%),频率最高的HLA-A,B单倍型是A*30-B*13(8.05%),频率最高的HLA-B,DRB1单倍型是B*13-DRB1*07(8.17%),频率最高的HLA-A,DRB1单倍型是A*02-DRB1*09(8.30%)。四个HLA新等位基因得到最终确认,并获得WHO HLA命名委员会的正式命名,分别为HLA-B*0740,DRB1*1609,DRB1*1449及Cw*0339。HLA-B*0740与同源性最高的B*0705相比,Exon 3第605位碱基由A-＞T,编码的第178位氨基酸由赖氨酸(K)变成甲硫氨酸(M),血清学仍为B7。DRB1*1609与同源性最高的HLA-DRB1*160101相比,在核苷酸127位(Exon 2的第一位碱基为记数起点)上A-＞T,引起相应编码氨基酸在47位上酪氨酸(Y)-＞笨丙氨酸(F),其血清型为DR16。DRB1*1449与同源性最高的HLA-DRB1*1432相比,存在四处碱基的改变。以Exon 2的第一位碱基为记数起点,核苷酸71位C-＞G,196位G-＞A,244位T-＞G和245位上G-＞T,引起相应编码氨基酸28位上天门冬氨酸(Asp)-＞谷氨酸(Glu),70位上精氨酸(Arg)-＞谷氨酸盐(Gln);86位上缬氨酸(Val)-＞氨基乙酸(Gly)。血清学分型结果表明新等位基因血清学特异性为DR14。Cw*0339在核苷酸97位上T-＞G和核苷酸105位上T-＞C导致氨基酸在第9位上由酪氨酸(Y)-＞天门冬氨酸(D),而第11位上谷氨酸未发生改变。通过比较慢性髓细胞白血病患者与正常人群之间等位基因频率的差异,发现在HLA-A*30,DRB1*07和B*81之间存在统计学差异。HLA-A*30在慢性髓细胞白血病组为5.42%,而正常对照组为9.13%,优势比(OR)为0.57;HLA-DRB1*07在CML组为8.14%,而正常对照组为12.51%,优势比为0.62;HLA-B*81在CML组为0.51%,而正常对照组为0.09%,优势比为5.44。结论江苏地区人群的HLA分布特点表明江苏人群的遗传学进化特征处在我国南北方之间,兼具南北方的特点,但又更偏向北方。HLA四个新等位基因得到了WHO的HLA命名委员会的正式命名,丰富了我国HLA等位基因的多态性。CML疾病相关研究提示HLA-B*81与CML易感有关,而HLA-A*30和DRB1*07在CML发生中可能起保护作用。

全文目录

中文摘要  3-6
英文摘要  6-9
前言  9-11
第一部分江苏地区汉族人群HLA基因多态性研究  11-41
  1.材料和方法  11-24
  2.结果  24-35
  3.讨论  35-37
  参考文献  37-41
第二部分 HLA新等位基因的鉴定  41-83
  1.材料和方法  41-59
  2.结果  59-75
  3.讨论  75-80
  参考文献  80-83
第三部分慢性髓细胞白血病与HLA的相关性研究  83-92
  1.材料和方法  83-85
  2.结果  85-87
  3.讨论  87-89
  参考文献  89-92
小结  92-93
附录1 在读期间以第一作者所发表的论文  93-112
附录2 在读期间所获得的奖励  112-119
附录3 在读期间获得课题一项  119-120
致谢  120-121
综述及参考文献  121-129

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