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栉江珧（Atrina pectinata）、魁蚶（Scapharca broughtonii）不同群体的遗传多样性研究

作　者: 陈桢
导　师: 张秀梅；刘保忠
学　校: 中国海洋大学
专　业: 渔业资源
关键词: 栉江珧魁蚶遗传多样性 Cyt b基因 16S rRNA基因 COI基因 ITS-1基因
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

栉江珧是一种经济价值较高的大型广温性贝类,广泛分布于我国沿海。其后闭壳肌大而圆,其干品“江珧柱”被誉为“海产八珍”之一。魁蚶是一种大型冷温性贝类,肉味鲜美,营养丰富,也具有较高的经济价值,是我国出口创汇的名优水产品。近年来,由于深受国内外市场欢迎,致使捕捞强度增加,原有的栉江珧和魁蚶野生资源种群受到极度破坏,再加上生态环境因素的影响,自然种群生物量显著下降,种质资源受到一定威胁。研究栉江珧和魁蚶群体的遗传结构和遗传多样性现状,对自然群体的资源恢复增殖和种质资源的保护改良具有重要的意义。本研究采用两个线粒体基因(Cyt b和16S rRNA),对中国沿海六个栉江珧群体的遗传多样性、种群遗传结构及系统发育和种群历史动态进行研究。六个地理群体分别来自:山东日照(RZ)、山东威海(WH)、江苏连云港(LYG)、福建厦门(XM)、广西北海(BH)、海南海口(HK),一共135个栉江珧个体。基于346bp的Cyt b和392bp的16S rRNA序列片段,分别检测到62和34个单倍型。群体的单倍型多样性较高,在Cyt b和16S rRNA序列片段中分别为0.918±0.020和0.880±0.017;而核苷酸多样性较低,在Cyt b和16S rRNA序列片段中分别为0.0690±0.0097和0.0636±0.0039。构建单倍型邻接关系树和单倍型最小跨度树,结果显示栉江珧不同地理群体之间不存在明显的地理结构。分子方差分析AMOVA和群体间分化指数Fst值(尤其是基于Cyt b序列)结果都表明,栉江珧群体之间存在明显的种群遗传结构,厦门群体与其他五个群体之间的遗传差异显著;分析结果还表明,日照、威海和连云港三个群体之间不存在遗传分化,可以被认为是一个“北方群体”。采用中性检验和不配对分布分析栉江珧群体的历史动态,结果表明厦门群体和“北方群体”有可能经历过种群扩张。计算出厦门群体和“北方群体”的扩张时间分别是约278,000年和401,000年以前。本研究采用线粒体COI基因和核糖体第一内转录间隔区ITS-1基因,对荣成(RC)和即墨(JM)两个魁蚶野生群体及一个人工繁育的即墨子代(JZ)群体,进行遗传多样性和遗传结构分析,探讨即墨人工繁育的子代作为荣成魁蚶底播增殖苗种的可行性。分子方差分析(AMOVA)和群体间分化指数Fst分析结果发现,荣成野生群体与即墨野生群体之间本身存在中等程度的遗传分化。单倍型多样性和核苷酸多样性分析结果表明,人工繁育的即墨子代群体的遗传多样性明显降低。荣成野生群体与即墨子代群体之间的遗传差异,较之与即墨野生群体间的遗传差异更大。如果采用即墨子代在荣成底播,可能会对荣成野生魁蚶野生群体的遗传结构产生一定影响,因此,采用即墨人工繁育子代作为荣成魁蚶底播增殖的苗种来源时必须十分慎重,并在苗种繁育时尽量采用大群体亲本。

全文目录

摘要  5-7
Abstract  7-12
第一章文献综述  12-25
  1.1 遗传多样性及其研究方法  12-19
    1.1.1 遗传多样性  12-13
    1.1.2 常用研究方法  13-19
      1.1.2.1 形态标记  13-14
      1.1.2.2 细胞学标记  14
      1.1.2.3 生化标记  14-15
      1.1.2.4 分子标记  15-19
  1.2 栉江珧概况  19-21
    1.2.1 分类地位及分布  19
    1.2.2 形态特征  19-20
    1.2.3 生物学特征  20
    1.2.4 资源意义  20
    1.2.5 研究进展  20-21
  1.3 魁蚶概况  21-24
    1.3.1 分类地位及分布  21-22
    1.3.2 形态特征  22
    1.3.3 生物学特征  22
    1.3.4 资源意义  22
    1.3.5 研究进展  22-24
  1.4 论文的研究目的和意义  24-25
第二章基于线粒体 Cyt b基因和165 rRNA基因对中国沿海栉江珧群体的遗传多样性研究  25-48
  0 引言  25
  2.1 实验材料  25-27
    2.1.1 样品采集  25-26
    2.1.2 试剂与溶液配制  26-27
    2.1.3 主要的仪器设备  27
  2.2 实验方法  27-31
    2.2.1 基因组DNA 提取  27-28
    2.2.2 线粒体DNA 扩增和测序  28-30
      2.2.2.1 所用引物  28-29
      2.2.2.2 PCR 扩增  29
      2.2.2.3 电泳检测  29
      2.2.2.4 目的片段的纯化及测序  29-30
    2.2.3 数据分析  30-31
  2.3 结果  31-41
    2.3.1 遗传多样性  31-33
    2.3.2 系统发育关系  33-37
    2.3.3 群体遗传结构  37-41
    2.3.4 种群历史动态  41
  2.4 讨论  41-47
  2.5 结论  47-48
第三章基于 COI 和 ITS-1 基因对魁蚶荣成、即墨野生群体和人工繁育的即墨子代群体的遗传多样性研究  48-66
  0 引言  48-49
  3.1 实验材料  49-50
    3.1.1 样本采集  49
    3.1.2 试剂与溶液配制  49-50
    3.1.3 主要的仪器设备  50
  3.2 实验方法  50-56
    3.2.1 基因组DNA 提取  50-51
    3.2.2 魁蚶COI 基因扩增和测序  51-54
      3.2.2.1 所用引物  51-52
      3.2.2.2 PCR 扩增  52
      3.2.2.3 电泳检测  52
      3.2.2.4 PCR 产物分子克隆及测序  52-54
    3.2.3 魁蚶ITS-1 基因扩增和测序  54-55
      3.2.3.1 所用引物  54-55
      3.2.3.2 PCR 扩增  55
      3.2.3.3 电泳检测  55
      3.2.3.4 扩增产物的纯化及测序  55
    3.2.4 数据分析  55-56
  3.3 结果  56-61
    3.3.1 序列分析  56
    3.3.2 遗传多样性  56-59
    3.3.3 系统发育关系  59-60
    3.3.4 群体遗传结构  60-61
  3.4 讨论  61-65
  3.5 结论  65-66
参考文献  66-76
致谢  76-77
研究成果  77

栉江珧（Atrina pectinata）、魁蚶（Scapharca broughtonii）不同群体的遗传多样性研究

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