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李核微卫星引物开发和种质资源聚类分析

作　者: 薛华柏
导　师: 章镇；乔玉山
学　校: 南京农业大学
专　业: 果树学
关键词: 李 SSR 引物开发 SSAP 聚类分析
分类号: S662.3
类　型: 硕士论文
年　份: 2006年
下　载: 304次
引　用: 4次
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内容摘要

微卫星(simple sequence repeat或microsatellite，简称SSR)，是一种新的DNA标记方法，因其具有保守性、高多态性、共显性等特点深受广大研究者的青睐。基于微卫星研究在李上仍然有待加强，本文进行了以下三个方面的研究： 1．本研究采用简化的链亲和素磁珠富集法、ISSR巢式PCR法和改进的选择性扩增微卫星(SAM)法分离了中国李的微卫星序列共61条，并在GenBank上登录22条。根据这些微一卫星序列用Primer5.0设计了38对微卫星引物，用于扩增微卫星区域。微卫星引物的多态性检测在包括‘小黄李’在内的李的5个种质材料上进行，有28对微卫星引物能够扩增出具多态性的PCR产物。 2．以SSR标记和基于微卫星的SSAP标记两种方法对31份李种质进行了聚类分析，结果发现SSR标记虽然可以将31份李种质中的4个欧洲李聚到一个组，但是其间也混杂了其他种质；而基于SSR的SSAP标记则可以将4个欧洲李单独聚到一个组，聚类效果优于SSR标记。 3．提出了一种基于SSAP技术的微卫星标记开发新策略：利用具有高多态信息含量，基于复合重复类型微卫星的SSAP分子标记技术寻找不同品种或种群间的差异片段，电泳后从聚丙烯酰胺凝胶上回收差异片段条带，将之转化为SCAR标记，测序后设计一条引物与复合重复类型微卫星引物配对使用，即可将其转化为微卫星特异标记。本策略已通过从小黄李中分离的1条与盖县大李的差异片段，成功地转化为区分这两个品种的特异微卫星标记，获得初步验证。

全文目录

原创性声明  3
学位论文版权使用授权书  3-7
摘要  7-8
ABSTRACT  8-9
缩略语  9-10
第一章文献综述  10-31
  1 DNA分子标记  10-14
    1.1 基于Southern杂交技术的分子标记  11
    1.2 基于PCR技术的分子标记  11-13
      1.2.1 随机引物PCR  11-12
      1.2.2 特异引物PCR  12-13
    1.3 基于PCR与限制性酶切技术相结合的DNA标记  13
    1.4 基于单核苷酸多态性的DNA标记  13-14
  2 微卫星DNA简述  14-15
    2.1 微卫星DNA的发现与命名  14
    2.2 微卫星序列在植物基因组中的丰度与多态性  14
      2.2.1 微卫星的丰度  14
    2.3 微卫星引物及其保守性  14-15
  3 微卫星标记开发策略  15-21
    3.1 传统的SSR 引物开发策略  15-16
    3.2 采取富集步骤的SSR引物开发策略  16-21
      3.2.1 基于RAPD技术的开发策略  16-17
      3.2.2 基于ISSR-PCR的SSR分离策略  17-18
      3.2.3 基于引物延伸的分离策略  18-19
      3.2.4 利用选择杂交进行SSR分离  19-20
      3.2.5 建立序列标签文库获得SSR引物序列  20-21
      3.2.6 从EST中开发SSR标记  21
  4 微卫星在核果类果树中的研究进展  21-23
    4.1 桃的微卫星研究  21-22
    4.2 樱桃的微卫星研究  22
    4.3 杏的微卫星研究  22-23
    4.4 果梅的微卫星研究  23
    4.5 李的微卫星研究  23
  5 李品种间关系的研究进展  23
  参考文献  23-31
第二章磁珠富集法开发中国李核微卫星引物  31-40
  1 材料与方法  32-34
    1.1 植物材料  32
    1.2 方法  32-34
      1.2.1 DNA提取  32
      1.2.2 基因组DNA酶切与接头序列连接  32
      1 .2.3 连接产物扩增  32-33
      1.2.4 磁珠富集SSR  33
      1.2.5 克隆与测序  33
      1.2.6 引物设计与多态性分析  33-34
  2 结果与分析  34-36
    2.1 酶切及加接头扩增结果  34
    2.2 SSR富集及克隆测序结果  34-35
    2.3 受试品种的扩增结果  35-36
  3 讨论  36-38
  参考文献  38-40
第三章 ISSR-Nested PCR法开发中国李核微卫星引物  40-47
  1 材料与方法  40-42
    1.1 植物材料  40
    1.2 方法  40-42
      1.2.1 DNA提取  40
      1.2.2 基因组DNA酶切及接头序列连接  40-41
      1.2.3 ISSR-PCR片段克隆及一侧引物设计  41
      1.2.4 巢式PCR扩增  41-42
      1.2.5 克隆测序及引物设计  42
      1.2.5 利用获得的微卫星引物进行PCR扩增  42
  2 结果与分析  42-45
    2.1 ISSR-PCR扩增  42
    2.2 巢式PCR结果  42-43
    2.3 克隆测序及引物设计结果  43-44
    2.4 微卫星引物PCR扩增结果  44-45
  3.讨论  45-46
  参考文献  46-47
第四章利用改进的SAM法开发中国李核微卫星引物  47-54
  1 材料与方法  47-49
    1.1 植物材料  47-48
    1.2 方法  48-49
  2 结果与分析  49-52
    2.1 酶切结果  49
    2.2 SAM扩增结果  49-50
    2.3 克隆测序结果  50-51
    2.4 受试品种的扩增结果  51-52
  3 讨论  52
  参考文献  52-54
第五章李亲缘关系的SSR分析  54-61
  1 材料与方法  54-57
    1.1 植物材料  54-55
    1.2 方法  55-57
  2 结果与分析  57-59
    2.1 微卫星位点在李基因组中的多态性  57-58
    2.2 聚类分析  58-59
  3 讨论  59
  参考文献  59-61
第六章李亲缘关系的SSAP分析  61-67
  1 材料与方法  61-62
    1.1 植物材料  61
    1.2 方法  61-62
  2 结果与分析  62-64
    2.1 复合微卫星位点在李基因组中的多态性  62-63
    2.2 聚类分析  63-64
  3 讨论  64-66
  参考文献  66-67
第七章目标微卫星标记开发新策略初探  67-72
  1 材料与方法  67-68
    1.1 植物材料  67
    1.2 方法  67-68
  2 结果与分析  68-70
    2.1 两个李品种间SSAP选择性扩增片段差异  68-69
    2.2 测序结果及引物设计  69
    2.3 引物验证结果  69-70
  3 讨论  70
  参考文献  70-72
全文结论  72-73
致谢  73-75
附录1：几种微卫星开发方法的技术路线  75-79
附录2：尚待登录GenBank的微卫星序列  79-82

李核微卫星引物开发和种质资源聚类分析

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