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半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）基因组SNP标记的开发与检测

作　者: 庄伟
导　师: 张全启
学　校: 中国海洋大学
专　业: 遗传学
关键词: 半滑舌鳎单核苷酸多态性 PCR-SSCP 等位基因特异性PCR
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 96次
引　用: 1次
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内容摘要

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)是我国重要的海水养殖鱼类,其主要经济性状多数属于数量性状(QTL),受到众多基因控制,拥有复杂的遗传机制,建立高密度的遗传图谱是精确定位这些QTL以进行选择育种的必要条件。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)标记的出现,很好地解决了这一问题,SNP在基因组中的分布非常广泛,密度高,并且易于自动化分析,非常适合于建立遗传图谱,进行精确的QTL定位。但在半滑舌鳎中,SNP应用研究起步较晚,缺乏足够的SNP位点来构建遗传图谱或进行关联分析。本研究以半滑舌鳎为研究材料,探讨了半滑舌鳎SNP标记的开发及检测。以本实验室构建的半滑舌鳎雌鱼fosmid基因组文库部分克隆的双末端测序结果为基础,对52段半滑舌鳎基因组DNA序列进行PCR-SSCP分析,检测结果发现24段序列具有SSCP多态性,通过对多态性产物测序得到115个SNP位点,SNP频率为0.74%,其中包括转换型SNP 79个、颠换型SNP 36个,并未发现三态和四态SNP位点。根据SNP位点设计引物,通过半巢式的等位基因特异性聚合酶链式反应(AS-PCR)检测和验证,结果共有17组引物得到了良好的分型结果。PCR产物经胶回收测序,测序结果表明,分型结果与测序分析结果完全一致。使用所有17组引物对野生半滑舌鳎群体进行AS-PCR分型检测,预期杂合度分布区间为0.097～0.508,观测杂合度分布区间为0.033-0.633,有效等位基因数分布区间为1.105～1.998；多态信息含量分析显示,该群体中8个位点为低度多态(PIC<0.25),其余9个位点为中度多态(0.25<PIC<0.5)；通过哈迪-温伯格平衡(HWE)和连锁不平衡检验(LD test),结果显示3个SNP位点差异显著(P<0.05),偏离哈迪-温伯格平衡,其余14个位点均符合哈迪-温伯格平衡平衡,没有明显的连锁不平衡。

全文目录

摘要  5-6
Abstract  6-11
第一章文献综述  11-31
  1.1 分子标记概述  11-22
    1.1.1 遗传标记的定义及进展  11-14
    1.1.2 分子标记的分类及应用  14-22
      1.1.2.1 分子标记的分类  15-21
      1.1.1.2 分子标记的应用  21-22
  1.2 SNP的检测分型方法  22-28
    1.2.1 直接测序  22
    1.2.2 基于构象的SNP检测方法  22-25
    1.2.3 基于酶切的SNP检测方法  25
    1.2.4 基于杂交的方法  25-27
    1.2.5 基于测序的SNP检测方法  27-28
    1.2.6 基于等位基因特异性扩增的SNP检测方法  28
  1.3 SNP在水产动物中的研究进展  28-30
  1.4 本研究的目的和意义  30-31
第二章半滑舌鳎基因组部分SNP位点的筛查  31-46
  引言  31
  2.1 材料与方法  31-40
    2.1.1 鱼类样品采集  31
    2.1.2 实验试剂、药品及仪器设备  31-33
    2.1.3 主要试剂的配制  33-35
    2.1.4 实验方法  35-40
      2.1.4.1 基因组DNA的提取  35-36
      2.1.4.2 供分析基因组片段的获得  36
      2.1.4.3 候选序列的PCR-SSCP分析  36-40
      2.1.4.4 测序比对获得的SNP位点统计  40
  2.2 结果与分析  40-44
    2.2.1 基因组DNA提取情况  40-41
    2.2.2 PCR-SSCP分析结果及SNP位点分析  41-43
    2.2.3 包含SNP位点的序列的功能分析  43-44
  2.3 讨论  44-46
第三章利用AS-PCR技术进行SNP分型检测  46-59
  引言  46-47
  3.1 材料与方法  47-50
    3.1.1 实验材料  47
    3.1.2 实验药品及试剂  47-48
    3.1.3 实验方法  48-50
      3.1.3.1 基因组DNA提取  48
      3.1.3.2 等位基因特异性引物的设计  48
      3.1.3.3 AS-PCR对SNP位点的分型验证  48-49
      3.1.3.4 半滑舌鳎SNP位点的群体多态性分析  49-50
  3.2 结果与分析  50-56
    3.2.1 SNP位点的AS-PCR验证  50-53
    3.2.2 SNP位点的群体多态性分析  53-56
  3.3 讨论  56-59
总结  59-60
参考文献  60-67
致谢  67

半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）基因组SNP标记的开发与检测

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