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MicroRNA靶标预测软件的测评及靶标基因特征分析

作　者: 万季
导　师: 周艳红
学　校: 华中科技大学
专　业: 生物信息技术
关键词: microRNA基因 microRNA靶标基因预测多可变剪切转录本选择性剪切可变polyA位点
分类号: Q75
类　型: 硕士论文
年　份: 2007年
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内容摘要

MicroRNA是一类重要的小分子RNA,其在后转录阶段调控靶标基因的表达,识别microRNA的靶标基因是认识其调节功能的关键。由于传统的实验方法存在费时耗财等诸多问题,采用计算的方法则成为识别microRNA靶标基因的有效途径之一。目前虽然已研制了多个microRNA靶标基因的预测软件,但是预测软件的性能测评标准却各不相同。为此进行了microRNA靶标预测软件的测评及靶标基因特征分析的研究。首先针对microRNA靶标基因预测软件测评标准不一致的问题,采用了生物信息学研究中广泛使用的预测软件评价参数(敏感度、假阳性率、信噪比),在质量可靠的Tarbase数据集上测评了5个知名的microRNA靶标基因预测软件。测试结果显示预测软件的预测精度普遍偏低。对于保守基因的预测,敏感度最高为0.474,而对于非保守基因的预测,最高敏感度仅为0.332。根据各软件的预测结果和特点,进一步提出了使用microRNA靶标基因预测软件的基本建议。然后对microRNA靶标基因的转录特征进行了分析。基于Ensembl, Vega等注释数据库提供的基因注释信息,分析了Tarbase中靶标基因的可变剪切转录本数目的情况,发现靶标基因有非常显著的倾向转录多个可变剪切转录本,其p-value为1.43E-51。进一步分析了靶标基因与可变polyA位点之间的关联性,同样发现两者之间关联的统计结果具有显著性,其p-value为9.27E-25。分析结果显示靶标基因与选择性剪切机制相关。

全文目录

摘要  4-5
Abstract  5-7
1 绪论  7-13
  1.1 课题来源  7
  1.2 研究背景、目的、意义  7-9
  1.3 国内外研究现状  9-12
  1.4 主要研究工作  12-13
2 MicroRNA 靶标基因预测软件的测评  13-29
  2.1 前言  13
  2.2 MicroRNA 靶标基因预测软件的分析  13-17
  2.3 数据采集及处理  17-22
  2.4 测评结果及分析  22-28
  2.5 本章小结  28-29
3 MicroRNA 靶标基因的特征分析  29-36
  3.1 前言  29
  3.2 靶标基因的转录特征  29-33
  3.3 靶标基因的选择性剪切机制分析  33-35
  3.4 本章小结  35-36
4 总结与讨论  36-38
致谢  38-39
参考文献  39-43

MicroRNA靶标预测软件的测评及靶标基因特征分析

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