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禽流感序列分析新方法

作　者: 刘彦秋
导　师: 张玉森
学　校: 山东大学
专　业: 运筹学与控制论
关键词: DNA序列蛋白质序列 H5N1 矩阵不变量进化树相似性
分类号: S855.3
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 58次
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内容摘要

生物序列是由较小的单元组成的无分枝的线性聚合体大分子。对于DNA,这些单元是A(腺嘌呤)、C(胞嘧啶)、G(鸟嘌呤)和T(胸腺嘧啶)这4种核苷酸残基；而对于RNA,这些单元是A、C、G和U(尿嘧啶)这4种核苷酸残基。因此,组合学和统计学的工具和方法可以在分析禽流感病毒序列相似性上发挥很大的作用。同样我们可以利用几何和代数的方法来研究禽流感病毒序列。本文的主要工作包括以下几个方面：在第一章我们介绍了禽流感的概况和生物信息学。大多数后面要用到的术语和基本概念都在这里做了简要介绍。在第二章我们考虑了H5N1病毒DNA序列的一种新的矩阵表示,并讨论了其数值特征。在第三章我们考虑了H5N1病毒蛋白质序列的一种新的曲线映射,也讨论了其数值特征。在第四章我们根据DNA序列的矩阵表示和蛋白质序列的曲线映射计算了新的不变量,并且基于这些不变量,我们分别计算出了80种H5N1的DNA序列的HA片段和123种H5N1蛋白质序列之间的相似矩阵,基于相似矩阵又进一步构建出了系统进化树,最后分析了它们各自之间的相似性。在第五章我们做出了总结和展望。

全文目录

目录  4-6
CONTENTS  6-8
表格目录  8-9
插图目录  9-10
摘要  10-11
Abstract  11-13
前言  13-14
第1章绪论  14-19
  1.1 禽流感的概况  14-16
  1.2 生物信息学  16-19
    1.2.1 生物信息学简介  16-17
    1.2.2 发展现状  17-19
第2章禽流感病毒DNA序列的矩阵表示  19-23
  2.1 导言  19
  2.2 构造禽流感病毒DNA序列的矩阵表示  19-20
  2.3 禽流感病毒DNA序列的数值特征  20-21
    2.3.1 禽流感病毒DNA序列新的矩阵表示下的不变量μ_K  21
    2.3.2 禽流感病毒DNA序列新的矩阵表示下的不变量η_K  21
  2.4 不同禽流感病毒DNA序列间的欧氏距离矩阵  21-23
第3章禽流感病毒蛋白质序列的曲线映射  23-27
  3.1 导言  23
  3.2 构造禽流感病毒蛋白质序列的曲线映射  23-24
    3.2.1 四个字母的氨基酸模型  23-24
    3.2.2 构造曲线映射  24
  3.3 禽流感病毒蛋白质序列的数值特征  24-26
  3.4 不同禽流感病毒蛋白质序列间的欧氏距离矩阵  26-27
第4章禽流感病毒的相似性分析  27-45
  4.1 导言  27
  4.2 禽流感病毒业型H5N1的DNA序列相似性分析  27-34
    4.2.1 数据集  27-29
    4.2.2 80 种H5N1病毒的相似性分析  29-34
  4.3 禽流感病毒亚型H5N 1的蛋白质序列的相似性分析  34-45
    4.3.1 数据集  34-37
    4.3.2 123种H5N1病毒的相似性分析  37-45
第5章总结与展望  45-47
  5.1 总结  45-46
  5.2 展望  46-47
参考文献  47-50
致谢  50-51
攻读硕士研究生期间发表完成的论文  51-52
学位论文评阅及答辩情况表  52

禽流感序列分析新方法

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