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葛藤根瘤菌的遗传多样性与系统发育研究

作　者: 谢徽
导　师: 张小平
学　校: 四川农业大学
专　业: 环境工程
关键词: 根瘤菌 葛藤 BOXAIR-PCR 16S rDNA PCR-RFLP 16-23S IGS PCR-RFLP GSII基因 序列分析
分类号: S154.3
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
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内容摘要


本研究利用BOXAIR-PCR、16S rDNA PCR-RFLP、16-23S IGS PCR-RFLP与16S rDNA、GSⅡ序列分析等方法,研究了分离自四川攀枝花地区的43株葛藤根瘤菌的多样性及系统发育,以揭示四川攀枝花地区葛藤根瘤菌的遗传多样性和系统发育地位。通过BOXAIR-PCR指纹图谱分析,供试菌株在53%的相似性水平处聚为一群,在79.2%的相似性水平上分为28个群,除一部分供试菌株与参比菌株聚在一起外,其余都独立成群,聚在一起的都是地理分布很近的菌株。供试菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型。供试菌株在Rhizobium、Bradyrhizobium、Agrobacterium中都有分布。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,在52%的相似性水平上,供试菌株与参比菌株分为两个分支。在90%的相似水平上分支1分为13个群,所有供试菌株在属水平的分属情况与16S rDNA PCR-RFLP的聚群结果基本相符,且IGS分析更进一步细化,分辨率更高。16S rDNA和GSⅡ序列分析结果表明:16S rDNA和GSⅡ序列分别构建的系统发育树在属水平上基本一致,代表菌株分布于Rhizobium、Bradyrhizobium、Agrobacterium三个属,但16S rDNA序列的相似性比GSⅡ高,代表菌株间的16S rDNA序列相似性在87.7%—98.9%之间;GSⅡ序列的相似性在82.7%—90.5%之间;而代表菌株与亲缘关系最近的参比菌株间的16S rDNA序列的相似性为97.55%—99.85%,GSⅡ基因为93.71%—100%。表明了攀枝花地区葛藤根瘤菌蕴含丰富的遗传多样性。

全文目录


摘要  4-5
Abstract  5-8
1.文献综述  8-26
  1.1 前言  8-9
  1.2 根瘤菌多样性研究进展  9-16
    1.2.1 表型多样性研究  10-13
    1.2.2 遗传多样性  13-16
  1.3 根瘤菌的系统发育研究  16-20
    1.3.1 细菌系统发育学的发展  16-17
    1.3.2 依据"分子钟"基因序列建立的根瘤菌系统发育关系  17-20
  1.4 根瘤菌的最新分类系统  20-26
    1.4.1 Rhizobium  21
    1.4.2 Sinorhizobium  21-22
    1.4.3 Mesorhizobium  22
    1.4.4 Azorhizobium  22-23
    1.4.5 Allorhizobium  23
    1.4.6 Bradyrhizobium  23
    1.4.7 Methylobacterium  23-24
    1.4.8 Burkholderia  24
    1.4.9 Rolstonia  24
    1.4.10 Devosia  24-26
2.本研究的立题依据和目的  26-27
  2.1 攀枝花地区  26
  2.2 葛藤  26-27
  2.3 实验目的及意义  27
3.实验材料与方法  27-33
  3.1 供试菌株  28-29
  3.2 实验方法  29-32
    3.2.1 DNA提取  29
    3.2.2 BOXAIR-PCR指纹分析  29-30
    3.2.3 16S-RDNA PCR-RFLP酶切图谱分析  30-31
    3.2.4 16SrDNA序列分析  31
    3.2.5 16-23S IGS PCR-RFLP酶切图谱分析  31
    3.2.6 GSⅡ序列分析  31-32
  3.3 实验结果处理方法  32-33
    3.3.1 聚类方法  32
    3.2.2 BOXAIR-PCR指纹分析、16S rDNAPCR-RFLP酶切图谱分析和16-23S IGS PCR-RFLP酶切图谱分析  32-33
    3.2.3 16S rDNA序列结果和GSⅡ序列结果分析  33
4.结果与分析  33-50
  4.1 BOXAIR-PCR指纹分析  33-36
  4.2 16S rDNAPCR-RFLP酶切图谱分析  36-41
  4.3 16-23S IGS PCR-RFLP酶切图谱分析  41-46
  4.4 16S rDNA序列分析  46-48
  4.5 GSⅡ序列分析  48-50
5.结论  50-51
7.对于进一步研究的建议  51-52
参考文献  52-61
致谢  61-62
附录1 16S rDNA序列  62-67
附录2 GSⅡ序列  67-68

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中图分类: > 农业科学 > 农业基础科学 > 土壤学 > 土壤生物学 > 土壤微生物学
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