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桉树EST-SNP的开发及EST图谱构建

作　者: 张晓红
导　师: 徐立安；甘四明
学　校: 南京林业大学
专　业: 林木基因组与生物信息学
关键词: 桉树 SNP 标记开发 CAPS 遗传图谱
分类号: S792.39
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 331次
引　用: 11次
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内容摘要


本研究利用4种方法,对桉树EST-PCR产物的纯化效果和测序结果进行了比较。对测序试剂盒的不同用量的测序结果的分析。结果以乙醇-醋酸钠法纯化和Bigdye 1/16或1/32用量的测序方案,具有成本低和操作简便的优点,适合96孔板或384孔板大规模EST-PCR产物的测序。从NCBI网站下载EST序列,设计引物2500对,在尾叶桉中有1684对成功扩增,引物通用率为67.36%。通过对EST-PCR产物直接测序,成功测序有1197条EST,测序成功率为71.08%。其中在526条EST中共发现1456个SNPs,平均每404 bp有一个SNP。扩增产物序列与原EST序列的同源性在80%以上有719条,占到总测出序列的60.67%,来自外显子区域发现有472个SNPs。比较不同来源的EST的SNP发生频率,初步判断出尾叶桉与不同桉树种的亲缘关系远近。本研究表明在桉属EST中开发SNP的潜力很大。以尾叶桉×细叶桉的2亲本和132子代为作图群体。对526个EST进行了CAPS酶切得到62个用于作图的标记。其中有9个偏分离。综合作图的其他EST-CAPS(G)、EST-SSR标记,分别构建母本(尾叶桉)、父本(细叶按)以及综合的EST标记连锁图谱。其中本研究的EST-CAPS标记有27个用于母本图谱构建中,39个用于父本,62个用于综合图谱。初步建立的尾叶桉和细叶桉的EST框架图谱,为桉树控制重要性状的QTL定位、桉树遗传学研究奠定了一定的基础。

全文目录


致谢  3-4
摘要  4-5
Abstract  5-9
前言  9-10
文献综述  10-26
  1 遗传连锁图谱构建  10-18
    1.1 常用分子标记技术介绍  10-15
      1.1.1 RFLP(Restrietion fragment length polymorphism)  11
      1.1.2 RAPD(Random amplined polymorphic DNA)  11-12
      1.1.3 AFLP(Amplified fragment length polymorphism)  12
      1.1.4 SSR(Simple sequenece repeats)  12-13
      1.1.5 EST(Expressed sequence tag)  13-14
      1.1.6.CAPS(Cleaved amplified polymorphic sequences)  14
      1.1.7 SNPs(Single nucleotide polymorphisms)  14-15
    1.2 分子标记在林木遗传图谱中的应用  15-18
      1.2.1 数量性状基因位点(QTL)定位和分析  15-16
      1.2.2 分子标记辅助选择育种  16-17
      1.2.3 目的基因定位与分离  17
      1.2.4 比较基因组研究  17-18
    1.3 作图群体  18
  2 林木遗传图谱的研究及其现状  18-21
    2.1 林木遗传图谱构建进展  18-20
    2.2 SNP在林木上研究进展  20
    2.3 林木EST序列的开发  20-21
  3 桉树遗传图谱研究  21-25
    3.1 桉树生物学特性及其价值  21-23
      3.1.1 桉树生物学特性  21
      3.1.2 桉树的利用  21-23
    3.2 桉树遗传图谱应用及发展趋势  23
    3.3 分子标记在桉树遗传学研究中的应用  23-25
  4 本课题研究的内容  25-26
    4.1 研究内容  25
    4.2 研究技术路线  25-26
第一章 桉树EST-SNP的开发  26-39
  1 材料与方法  26-29
    1.1 实验材料  26
    1.2 实验方法  26-29
      1.2.1 DNA提取  26-27
      1.2.2 EST引物设计及引物筛选  27
      1.2.3 PCR反应体系及程序  27
      1.2.4 EST-PCR产物纯化  27-29
      1.2.5 SNP分析  29
  2 结果与分析  29-36
    2.1 EST-PCR产物测序反应体系优化  29-32
      2.1.1 不同纯化方法的比较  29-30
      2.1.2 测序结果的比较  30-32
    2.2 引物的筛选  32
    2.3 SNP的发现及发生频率  32-33
    2.4 序列比对  33-34
    2.5 SNP位点多样性  34-35
    2.6 SNP变异类型  35-36
  3 结论与讨论  36-39
    3.1 EST引物通用性  36
    3.2 测序体系优化  36-37
    3.3 SNP多样性  37
    3.4 SNP发生频率  37-38
    3.5 SNP突变类型  38-39
第二章 EST-CAPS标记开发及构建桉树EST遗传谱图  39-55
  1 材料与方法  39-40
    1.1 实验材料  39
    1.2 实验方法  39-40
      1.2.1 PCR反应与引物筛选  39
      1.2.2 CAPS标记筛选  39
      1.2.3 群体检测  39-40
      1.2.4 数据收集  40
      1.2.5 桉树EST遗传图谱的构建  40
      1.2.6 CAPS确证SNP位点  40
  2 结果与分析  40-52
    2.1 酶切位点多态性的筛选  40-41
    2.2 作图群体的CAPS实验结果  41-46
    2.3 EST-CAPS标记在F1群体中的分离  46
    2.4 标记的偏分离分析  46
    2.5 桉树EST框架遗传图谱的构建  46-47
    2.6 CAPS用于SNP标记的确证和图谱的构建  47-52
  3 结论与讨论  52-55
    3.1 EST-CAPS标记技术  52
    3.2 偏分离现象  52-53
    3.3 桉树EST框架连锁图谱的构建  53
    3.4 SNP标记应用于桉树图谱的构建  53-55
参考文献  55-64
附表  64-66
详细摘要  66-69

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中图分类: > 农业科学 > 林业 > 森林树种 > 阔叶乔木 > 桉
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