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主要饵料微藻的分子系统学分析

作　者: 乔文文
导　师: 李赟
学　校: 中国海洋大学
专　业: 水生生物学
关键词: 微藻 18S rRNA ITS rRNA 种类鉴定系统学分类
分类号: S963
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
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内容摘要

本文选取收集在中国海洋大学藻种库中绿藻门的三个属(杜氏藻属、四爿藻属、小球藻属)、金藻门的两个属(等鞭藻属、巴夫藻属)、硅藻门的三个属(菱形藻属、褐指藻属、角刺藻属)的一些未明确其确切种类的饵料微藻,扩增并测定其核糖体18SrRNA序列以及部分藻株的核糖体5.8S rRNA和ITS序列,同时从基因库搜索相关微藻的基因序列,对这些微藻的系统发生关系进行了分析,以为这些藻株的分类鉴定提供分子依据。扩增的绿藻门3个属的18SrRNA序列长度在1671-1729bp之间,分析结果如下:(1)杜氏盐藻属26株盐藻18SrRNA序列的GC含量最低为48.4%,最高为49.0%,在比对的1638个位点中,保守位点1531个,转换和颠换位点92个,插入或缺失位点15个,转换和颠换位点变异率为5.6%,插入或缺失位点变异率为0.9%。系统分析结果表明,26株盐藻可分为三大支,其中D.salina, D.bardawil,D.tertiolecta,D.bioculata,D.primolecta,D.parva共同聚类成一支, D.viridis和D.lateralis strain Nepal分别聚为一支。这与利用ITS1和ITS2进行分析的结果相似。根据序列多样性,7株未明确盐藻中,A43、A57、A83、A85和C43均与D.viridis亲缘关系最近,可以确定为D.viridis的不同株系。而根据18S rRNA序列分析,A121和A124聚类位置处于D.salina和D.viridis之间,根据ITSs序列,两者则与D.viridis更为接近。(2)四爿藻属19株18SrRNA序列GC含量最低为46.8%,最高为47.7%,在比对的1628个位点中,保守位点1551个,转换和颠换位点66个,插入或缺失位点11个,转换和颠换位点变异率为4.1%,插入或缺失位点变异率为0.7%。系统分析表明,四爿藻属19个序列可以分为四个分支,其中C75与T.striata的亲缘关系最近, C73、C74、C152与T.suecica strain KMMCC P-9和T.subcordiformis之间的亲缘关系最近,而C151可能属于T. helgolandica var.tsingtaoensis的一个株系。(3)小球藻属18SrRNA序列的GC含量最高接近50%,在比对的1756个位点中,保守位点1707个,转换和颠换位点49个,无插入或缺失位点,转换和颠换位点变异率为2.8%。种质库的CF126与C.sorokiniana亲缘关系最近。金藻门两个属的分析结果如下:(1)在比对的23株巴夫藻的18S rRNA序列1714个位点中保守位点1464个,插入或缺失位点70个,多态位点180个,其中简约信息位点147个。构建进化树结果表明,23个巴夫藻相应序列可分为4个大支,8个P.pinguis株系与1个P.pseudogranifera株系优先聚为一支,5个P.gyrans聚为一支,3个Pa. salina株系单独聚类成一支,来自种质库的藻株BF和P. viridis优先相聚又依次与P.virecens和P.lutheri相聚,结果表明,BF可能就是P. viridis的一个株系。(2)7株等鞭金藻的18S rRNA部分序列的比对结果表明,在比对的1399个位点中,保守位点1341个,插入或缺失位点13个,多态位点45个,其中简约信息位点2个。亲缘关系分析结果表明来自种质库的3011、8701与球等鞭金藻(I. galbana)有非常近的亲缘关系,S18、S29与I. aff. galbana ’Tahitian isolate’亲缘关系最近。PCR扩增种质库的4株硅藻18SrRNA序列长度为1687-1726bp之间,与基因库已有的相关22条序列信息进行比较,亲缘关系分析结果表明,根据18S rRNA可将分属于菱形藻属、褐指藻属和角毛藻属的硅藻完全分开,其中来自种质库的B228和B253与三角褐指藻(P.triconutum)完全聚为一支,说明两者均为三角褐指藻的不同株系,而B13则与角毛藻属的微藻种C.gracilis完全聚类。本研究的结果还表明,小新月菱形藻完全与三角褐指藻聚为一支,而并未与菱形藻属的新月菱形藻聚类,显示该微藻可能与三角褐指藻的亲缘更近。

全文目录

摘要  5-7
Abstract  7-11
0 前言  11-14
  0.1 海洋饵料微藻系统发生与进化研究的现状  11-13
    0.1.1 海洋微藻分子系统学研究的优点  11-12
    0.1.2 核糖体rDNA 在系统发生与进化研究中的应用  12
    0.1.3 海洋微藻分子系统学的研究现状  12-13
  0.2 拟解决的问题及研究内容  13-14
第一章绿藻类3 个属部分饵料微藻分子系统学研究  14-32
  1.1 引言  14-15
  1.2 材料和方法  15-17
    1.2.1 实验材料  15
    1.2.2 实验方法  15-17
  1.3 结果与分析  17-29
    1.3.1 杜氏盐藻属18SrRNA 基因分子系统学分析  17-20
    1.3.2 杜氏盐藻属ITSrRNA 基因分子系统学分析  20-23
    1.3.3 四爿藻属18SrRNA 基因分子系统学分析  23-26
    1.3.4 四爿藻属ITSrRNA 基因分子系统学分析  26-27
    1.3.5 小球藻属（Chlorella）18SrRNA 基因分子系统学分析  27-29
  1.4 讨论与小结  29-32
第二章金藻类2 个属部分饵料微藻分子系统学研究  32-40
  2.1 引言  32
  2.2 材料和方法  32-33
    2.2.1 实验材料  32-33
    2.2.2 实验方法: DNA 提取、电泳检测、PCR 扩增及数据处理方法同前所述  33
  2.3 结果与分析  33-37
    2.3.1 巴夫藻属18SrRNA 基因分子系统学分析  33-35
    2.3.2 等鞭金藻属18SrRNA 基因分子系统学分析  35-37
  2.4 讨论与小结  37-40
第三章硅藻类3 个属部分饵料微藻分子系统学研究  40-49
  3.1 引言  40-41
  3.2 材料和方法  41
    3.2.1 实验材料  41
    3.2.2 实验方法：DNA 提取、电泳检测、PCR 扩增及数据处理方法同前所述  41
  3.3 结果与分析  41-47
    3.3.1 硅藻类18SrRNA 基因NJ 系统树及进化关系分析  41-42
    3.3.2 菱形藻属（Nitzschia）18SrRNA 基因分子系统学分析  42-44
    3.3.3 褐指藻属（Phaeodactylum）18SrRNA 基因分子系统学分析  44-46
    3.3.4 角毛藻属（Chaetoceros）18SrRNA 基因分子系统学分析  46-47
  3.4 讨论与小结  47-49
参考文献  49-54
致谢  54-55
在学期间的研究成果和发表的学术论文  55

主要饵料微藻的分子系统学分析

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