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上海市HIV-1主要流行株近全长序列分析与HIV/HCV合并感染者中HCV基因亚型的分布

作　者: 杨洋
导　师: 戚中田；钟平
学　校: 第二军医大学
专　业: 微生物学
关键词: 1型艾滋病病毒 CRF01_AE重组型基因序列分析丙型肝炎病毒合并感染
分类号: R512.6
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
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内容摘要

人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)是导致人获得性免疫缺陷综合征(AIDS)的病原体。我国HIV/AIDS流行呈快速上升趋势。HIV分为HIV-1和HIV-2型,HIV-1的M群至少包含11个亚型,其中CRF01-AE重组型在全国所占比例也有所增加,在上海HIV-1 CRF01-AE重组型为主要的流行株。HIV感染和丙型肝炎病毒感染有着相似的传播途径如经血传播、性传播和母婴传播,因此HIV和HCV混合感染很常见。本研究中,我们应用巢式逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,分段扩增HIV-1近全长基因组相应片段,进行克隆、测序,并进行遗传进化树和序列断点位置。我们还对186份HCV病毒载量大于1000拷贝/ml的来自于河南、云南、新疆维吾尔自治区、吉林和辽宁省HIV-1/HCV合并感染人群标本,用逆转录套式聚合酶链反应方法扩增病人血浆HCV核心基因区并进行基因亚型分型,同时检测病人的HIV-1和HCV载量以及CD4+T细胞计数。主要结果如下:1、完成了5株HIV-1CRF01-AE、1株URF01-AE/B近全基因组克隆,建立了HIV-1 CRF01-AE、URF01-AE/B近全基因组扩增平台。2、系统进化树分析表明,所有5条近全长基因序列与CRF-01AE参考株聚在一起.pol、gag、env三个结构基因区的组内基因离散率均低于泰国分离株;所有克隆序列未出现基因水平的重组,对蛋白酶和逆转录酶的药物依然敏感。3、一株为由CRF01_AE和HIV-1B’亚型嵌合组成,两者各占约50%。其多聚酶蛋白基因(Pol)和外膜糖蛋白基因(Env)区均有HIV-1 B’亚型片段和CRF01_AE片段嵌合组成。2种亚型病毒DNA片段嵌合点的位置与过去报道的重组病毒株(CRF15_AE/B、CRF33_AE/B和CRF34_AE/B)均不同。4、HCV不同基因亚型比例分别为1a(1.2%),1b(39.9%),2a(17.9%),3a(10.4%),3b(15.6%),6a(1.2%),6n (6.4%)和6型未鉴定亚型(7.5%)。5、HCV1b(69例)和2a(31例)主要流行于河南省既往有偿献血浆人员中;3a(18例)和3b(26例)亚型主要流行于新疆和云南静脉注射吸毒人员(IDU)中;HCV6型(26例)主要流行于云南吸毒人员中;6、1b型(69例)的HCV RNA水平显著高于非1b亚型(104例)( P<0.05),但在HIV-1载量和CD4+T细胞数方面没有显著性差异( P>0.05)。2a亚型(31例)的HIV-1 RNA和HCV RNA水平显著低于非2a亚型(142例) ( P<0.05)。7、HIV-1/HCV合并感染人群中HCV基因亚型的流行和分布与流行地区和感染途径有关。新的HCV6型亚型(13例)病毒株已经在合并感染的IDU人群中存在。HCV基因亚型与HIV感染的疾病进展之间无明显相关性研究。首次开展了上海市HIV-1CRF01-AE流行株、URF 01-AE/B的近全基因组克隆及及序列测定,为本型病毒的病原学、变异特征、疫苗、诊断方法和致病机理的研究提供了基础。在此基础上,进一步研究了我国部分地区HIV-1和HCV合并感染人群中HCV基因亚型的流行、分布及其与HIV-1感染疾病进展的关系。

全文目录

摘要  5-7
Abstract  7-9
英文缩略词表  9-11
第一部分上海市HIV-1主要流行株近全长序列分析  11-42
  前言  11-13
  (一) 实验材料和方法  13-22
  (二) 结果  22-34
  (三) 讨论  34-39
  参考文献  39-42
第二部分与HIV/HCV合并感染者中HCV基因亚型的分布  42-61
  前言  42-43
  (一) 实验材料和方法  43-51
  (二) 结果  51-55
  (三) 讨论  55-59
  参考文献  59-61
总结  61-62
综述  62-76
附录  76-77
致谢  77

上海市HIV-1主要流行株近全长序列分析与HIV/HCV合并感染者中HCV基因亚型的分布

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