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MMP-3多态性与食管癌关联分析

作　者: 高雯琪
导　师: 王朝元；李劲
学　校: 中南民族大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: MMP3 转录调控区 单核苷酸多态性 食管鳞癌 遗传易感关联分析
分类号: R735.1
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 83次
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内容摘要


本研究旨在探询人基质金属蛋白酶3(Matrix Metalloproteinase 3,MMP3)基因单核苷酸多态性与食管鳞癌易感性的关联关系。选择MMP3基因上游转录调控区—774位的rs522616(A/G),—1380位的rs632478(A/C),—1552位的rs494963(T/G),3个SNP位点为研究对象。利用蛋白酶K法提取外周血基因组DNA;采用PCR-RFLP的方法对外周血标本各个位点进行基因分型,分别对河南食管癌散发病例、湖北食管癌散发病例以及两地正常人、河南高发区移民的不同人群组合做病例-对照分析。运用SPSS软件对基因分型结果进行数据统计分析。(1)位于—774的rs522616(A/G)等位基因有GG、GA、AA三种分型,湖北正常人群与河南散发人群在GG基因型频率上有差异(0.01<p<0.05)、在AA基因型频率上有显著差异(p<0.01),与河南高发地区移民在GG基因型上有差异(0.01<p<0.05);湖北食管癌散发患者与河南散发人群在GG基因型频率上有差异(p<0.05)、在AA基因型频率上有显著差异(p<0.01);河南高发区移民与河南散发患者在AG基因型频率上有差异(0.01<p<0.05)、在AA基因型频率上有显著差异(p<0.01);河南散发患者与河南正常人群有在AG基因型频率上有差异(0.01<p<0.05)、在AA基因型频率上有显著差异(p<0.01);(2)位于—1380的rs632478(T/G)等位基因有TT、TG、GG三种基因型,河南散发患者与河南正常人群在CC基因型频率上有差异(0.01<p<0.05);(3)位于—1552的rs494963(T/G)等位基因有TT、TG、GG三种基因型,河南散发患者与河南正常人群在TG、GG基因型频率上有差异(0.01<p<0.05);MMP3基因上游转录调控区rs522616、rs632478、rs494963的单核苷多态性与人群食管鳞癌的遗传易感性有明显相关。

全文目录


摘要  5-6
Abstract  6-9
第一章 绪论  9-24
  1.1 食管癌的基础研究  9-24
    1.1.1 食管癌的流行病学特征  9-10
    1.1.2 食管癌发病因素的研究  10-19
    1.1.3 基质金属蛋白酶简介  19-22
    1.1.4 本研究主要内容  22-23
    1.1.5 本研究目的和意义  23-24
第二章 相关实验原理  24-27
  2.1 相关实验原理  24-27
    2.1.1 引物设计  24-25
    2.1.2 盐/氯仿法提取全血基因组DNA 原理  25
    2.1.3 PCR 技术的基本原理  25-26
    2.1.4 琼脂糖凝胶电泳的原理  26-27
第三章 MMP-3多态性与食管癌关联分析  27-34
  3.1 引言  27
    3.1.1 样品收集  27
  3.2 试剂与设备  27-29
    3.2.1 主要试剂  27-28
    3.2.2 主要设备  28-29
  3.3 DNA 提取  29-30
    3.3.1 盐-氯仿法提取凝血基因组 DNA  29
    3.3.3 KI 法提取凝血基因组 DNA  29-30
  3.4 SNPs 选择  30
  3.5 引物设计与限制酶选择  30-31
  3.6 PCR 反应  31-32
  3.7 基因分型  32
  3.8 统计分析  32-33
  3.9 实验技术路线图  33-34
第四章 实验结果  34-45
  4.1 基因组DNA 提取结果  34
  4.2 PCR-RFLP 方法对 rs494963、rs632478、rs522616 进行基 因多态性分析  34-37
    4.2.1 rs494963: PCR 扩增后, 产物经 MboI 酶切后产生 3 种结果  34-35
    4.2.2 rs632478：PCR 产物经TaaI 酶切后产生3 种结果  35-36
    4.2.3 rs522616：PCR 产物经EcoRI 酶切后产生3 种结果  36-37
  4.3 统计分析结果  37-45
    4.3.1 MMP3 基因单位点 SNPs 的基因型频率差异  37-39
    4.3.2 卡平方检验分析  39-45
第五章 讨论  45-50
  5.1 rs522616 结果讨论  45-47
  5.2 rs494963 结果讨论  47-48
  5.3 rs632478 结果讨论  48-50
参考文献  50-57
致谢  57-58
附录一 在读期间发表的论文、参与的科研课题  58

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中图分类: > 医药、卫生 > 肿瘤学 > 消化系肿瘤 > 食管肿瘤
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