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滩羊3号染色体遗传连锁图谱构建及羊毛性状QTL探测

作　者: 张卿
导　师: 刘发央；马月辉
学　校: 甘肃农业大学
专　业: 野生动植物保护与利用
关键词: 滩羊 二毛皮 微卫星 遗传连锁图谱 数量性状基因座
分类号: S826
类　型: 硕士论文
年　份: 2008年
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内容摘要


本研究利用滩羊与小尾寒羊杂交的8个父系半同胞参考家系共576个个体,分析了绵羊基因组3号染色体上13个微卫星标记的等位基因频率、多态信息含量和群体杂合度,构建了3号染色体遗传连锁框架图谱,采用差异群体设计对影响滩羊10个表型性状的数量性状位点进行了检测研究,表型性状包括:初生重、二毛期活重、初生毛长、初生弯曲数、肩部弯曲数、股部弯曲数、毛股花穗类型、毛股紧实度、花案清晰度、弯曲比例。所选的微卫星标记在参考群体中平均检测到11个(5~20个)等位基因,平均多态信息含量为0.5778 ( 0.2042~0.8320 ),群体杂合度平均值为0.5951(0.2094~0.8459)。13个标记中有9个呈现高度多态性,2个呈现中度多态性,2个呈现低度多态性,为该群体分子水平上的研究提供了可靠的依据。构建的滩羊第3号染色体遗传连锁框架图总长度为466.7cM,标记平均间距为38.9cM,其中标记ILSTS049与CSRD264间距最大,为65.6cM,而BM2830和MCMA13间距最小,为4.9cM。图谱中13个标记的顺序与美国USDA-MARC和英国罗斯林研究所公布的SM4.7最新绵羊连锁图相同,但大部分标记间距大于后两者。对参考群体中161个后代的10个重要性状的表型资料进行了分析。相关分析的结果表明初生重与初生毛长、初生弯曲数、二毛期活重、股部弯曲数间呈极显著正相关;初生毛长与初生弯曲数、花案清晰度间呈极显著正相关,与二毛期活重、肩部弯曲数、股部弯曲数呈显著正相关;初生弯曲数与花案清晰度、肩部弯曲数、股部弯曲数、弯曲比例呈极显著正相关,与毛股紧实度呈显著正相关;花案清晰度与弯曲比例呈极显著正相关;花穗类型与肩部弯曲数呈极显著正相关,与股部弯曲数呈显著正相关;毛股紧实度与肩部弯曲数、股部弯曲数、弯曲比例呈极显著正相关;肩部弯曲数与股部弯曲数、弯曲比例呈极显著正相关;股部弯曲数与弯曲比例呈显著正相关。方差分析结果表明家系(即公羊效应)对花案清晰度和毛股紧实度的影响不显著、对花穗类型影响显著之外对其余7个性状影响均极显著。最小二乘分析结果表明10个性状中除花案清晰度、毛股紧实度和花穗类型在各家系间差异不显著之外,其它各个性状在家系间存在不同程度的差异。10个表型性状的QTL检测分析结果表明:QTL Express软件检测到了两个QTL区域,花案清晰度的QTL和花穗类型的QTL,但二者均未达到显著水平,未检测到明显的有关其他性状的QTL。

全文目录


摘要  7-9
SUMMARY  9-11
第一部分 文献综述  11-20
  1.1 前言  11
  1.2 分子标记简述  11-12
  1.3 绵羊遗传连锁图谱的研究进展  12-13
  1.4 QTL 定位理论  13-14
    1.4.1 QTL 检测与定位试验设计  13
    1.4.2 QTL 检测与定位方法  13-14
  1.5 选题背景  14-20
    1.5.1 滩羊及其二毛皮简介  14-15
    1.5.2 绵羊毛皮性状研究现状  15-17
    1.5.3 滩羊二毛皮研究现状  17-19
    1.5.4 研究目的和意义  19-20
第二部分 材料与方法  20-30
  2.1 试验材料  20-21
  2.2 实验方法  21-30
    2.2.1 耳组织采集方法  21
    2.2.2 样品DNA 的提取  21-22
    2.2.3 基因组DNA 纯度和浓度的检测  22-23
    2.2.4 PCR 扩增  23-24
    2.2.5 遗传分析仪分析  24
    2.2.6 Genemapper 软件分析  24
    2.2.7 统计分析  24-27
    2.2.8 遗传连锁图谱构建  27
    2.2.9 羊毛性状QTL 分析  27-30
第三部分 结果与分析  30-49
  3.1 基因组DNA 检测  30-32
    3.1.1 琼脂糖检测结果  30
    3.1.2 紫外分光光度计检测结果  30-32
  3.2 扩增产物检测结果  32-34
    3.2.1 单一PCR 扩增结果  32-33
    3.2.2 多重PCR 扩增检测结果  33-34
  3.3 遗传自动分析仪分析结果  34-35
  3.4 等位基因分型结果  35-40
    3.4.1 微卫星标记基因数字化分型结果  38
    3.4.2 群体微卫星基因型统计分析结果  38-40
  3.5 滩羊3 号染色体遗传连锁图谱  40-43
  3.6 性状表型资料统计分析  43-48
    3.6.1 表型性状基本统计量分析结果  43
    3.6.2 表型相关系数计算结果  43-44
    3.6.3 对各个性状的表型值按家系进行统计分析  44
    3.6.4 最小二乘分析结果  44-47
    3.6.5 方差分析结果  47-48
  3.7 羊毛QTL 定位结果  48-49
第四部分 讨论  49-54
  4.1 基因组DNA 的提取  49
  4.2 作图群体的构建  49-50
  4.3 微卫星标记的选择  50
  4.4 PCR 扩增及多重PCR 体系的建立和优化  50-51
  4.5 遗传连锁图谱构建的探讨  51-52
  4.6 性状表型资料的分析  52
  4.7 QTL 检测和定位的分析  52-53
  4.8 QTL 定位的研究前景  53-54
第五部分 结论  54-56
参考文献  56-62
附录  62-64
  附录一 主要实验器材和药品  62-63
  附录二 主要试剂配制方法  63
  附录三 重要的网络资源  63-64
致谢  64-66

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 羊
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