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古细菌生物域内氨基酸替代矩阵的构建

作　者: 韩岗
导　师: 陶士珩
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: 序列比对氨基酸替代概率古细菌含量比
分类号: Q936
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 7次
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内容摘要

氨基酸序列比对作为构建系统发育关系、蛋白质功能注释的重要手段,在比对过程中对氨基酸替代事件的估计将直接影响序列比对的结果。我们通过替代发生的概率来推测进化过程中氨基酸具体的替代类型,以确定最为可信的比对结果。为了得到氨基酸各种替代类型发生的概率,我们对发生于40个古细菌物种中共3980条蛋白质序列的13413个替代事件进行了统计,并根据统计结果构建氨基酸替代矩阵。本研究为了检验氨基酸替代模式是否在生物域间存在差异,我们将研究数据局限于古细菌生物域。古细菌是一类很特殊的细菌,多生活在极端的生态环境中。通过分析发现,古细菌生物域的氨基酸替代矩阵与Dayhoff 1978研究中的整体生物圈氨基酸替代矩阵存在一定差异。同时本研究还发现氨基酸含量比对于构建氨基酸替代矩阵、描述氨基酸替代能力有重要意义。

全文目录

摘要  5-6
ABSTRACT  6-8
第一章文献综述  8-15
  1.1 氨基酸替代矩阵  8-12
    1.1.1 研究背景  8
    1.1.2 各种氨基酸替代矩阵  8-12
  1.2 不同范围下的氨基酸替代矩阵  12-15
    1.2.1 对替代矩阵的分类研究  13
    1.2.2 古细菌的特殊性  13-15
第二章材料和方法  15-22
  2.1 材料  15-18
    2.1.1 物种选取  15-18
    2.1.2 数据来源  18
  2.2 方法  18-22
    2.2.1 数据处理以及计数初始统计矩阵  18-19
    2.2.2 计算氨基酸替代频数  19
    2.2.3 构建EASM  19
    2.2.4 由EASM 获得ASM 系列矩阵  19-20
    2.2.5 计算log-odds 矩阵  20-22
第三章结果与讨论  22-31
  3.1 结果  22-29
    3.1.1 获得初始统计矩阵  22-23
    3.1.2 表观相对突变力，相对含量  23-24
    3.1.3 EASM 矩阵和ASM 系列矩阵，Log-odds 打分矩阵  24-25
    3.1.4 氨基酸含量比的进化方向  25-26
    3.1.5 古细菌生物域与Dayhoff 1978 整体生物圈氨基酸替代模式的比较  26-29
  3.2 讨论  29-31
    3.2.1 含量对构建替代矩阵的影响  29-30
    3.2.2 氨基酸替代模式的稳定性及氨基酸的稳定含量比  30
    3.2.3 较长进化距离下氨基酸重复替代对比对打分的影响  30-31
第四章结论  31-32
参考文献  32-35
致谢  35-36
作者简介  36

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