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脊尾白虾微卫星分离及其遗传多样性分析

作　者: 朱晓宇
导　师: 舒妙安
学　校: 浙江大学
专　业: 水产养殖
关键词: 脊尾白虾 微卫星 分子标记 遗传多样性
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 136次
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内容摘要


研究了近缘物种微卫星标记对脊尾白虾的通用性。利用11对中国对虾(Penaeus chinensis)的微卫星引物对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)进行PCR扩增。经过PCR条件优化,有2对中国对虾引物能在脊尾白虾中重复稳定地扩增出目的片段,分别为引物RS1101和引物72A64,且均能表现出多态性,可用于脊尾白虾遗传多样性分析。利用磁珠富集法开发了脊尾白虾微卫星标记并对其特征进行了分析。首先将脊尾白虾基因组DNA经MboI酶切,连上接头,构建基因组PCR文库,然后用生物素标记的简单重复序列(CA)16作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段,最后将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增,再进行克隆和测序,即可得到微卫星序列。本研究选取61个阳性克隆,经测序,共获得32个微卫星序列,其中：完全型微卫星27个(84.38%),复合型微卫星1个(3.13%),非完全型微卫星4个(12.5%)；所得微卫星中以CA/GT为重复单位的序列30个,占93.75%,重复次数在20次以上的微卫星27个,占84.38%,最高重复次数为39次。用引物设计软件Oligo6.0设计引物23对。利用微卫星标记研究了脊尾白虾群体的遗传多样性。用所筛选到的10对微卫星引物对江苏连云港、浙江三门和福建连江3个脊尾白虾群体的132尾个体基因组DNA进行PCR扩增,分析其群体遗传多样性。根据3个群体在10个微卫星位点上的PCR扩增图谱,计算出各群体的遗传多样性参数。结果显示：10个微卫星位点分别扩增到等位基因数为6-12,共计89个,平均等位基因数为8.90,平均有效等位基因数为7.43,平均遗传杂合度为0.863,平均多态信息含量为0.843,所有微卫星位点均呈高度多态性(PIC>0.5)。江苏连云港、浙江三门和福建连江3个群体的平均遗传杂合度分别为0.827、0.845、0.805；平均多态信息含量分别为0.792、0.815、0.771,说明这3个群体遗传多样性水平较高。3个群体中,浙江三门群体与福建连江群体间的遗传相似系数最高(0.6594),遗传距离最小(0.4164),说明这2个群体亲缘关系最近；江苏连云港群体与福建连江群体间的遗传相似性系数最低(0.6374),遗传距离最大(0.4504),可推断这2个群体亲缘关系最远。根据群体间的遗传距离采用UPMGA法进行聚类分析,结果显示：浙江三门群体与福建连江群体首先聚为一支,然后再与江苏连云港群体聚为一支。聚类分析结果说明,江苏连云港群体与其他2个群体亲缘关系最远,浙江三门群体与福建连江群体亲缘关系最近。由此可预测,为获得最大的杂种优势,可选用江苏连云港和福建连江两地的脊尾白虾进行杂交育种。

全文目录


目录  6-8
缩写词  8-9
摘要  9-10
关键词  10-11
Abstract  11-12
Key words  12-13
第一章 文献综述  13-24
  1.1 前言  13
  1.2 脊尾白虾的生物学特性  13-14
    1.2.1 形态特征  13
    1.2.2 生活习性  13-14
    1.2.4 繁殖习性  14
  1.3 DNA分子标记  14-17
    1.3.1 RFLP  14-15
    1.3.2 RAPD  15
    1.3.3 AFLP  15-16
    1.3.4 SSR  16-17
  1.4 微卫星标记及其在虾类中应用  17-23
    1.4.1 微卫星标记机理  18
    1.4.2 微卫星标记特点  18-19
    1.4.3 微卫星标记开发  19-21
    1.4.4 微卫星标记在虾类中应用  21-23
  1.5 选题依据与研究目的意义  23-24
    1.5.1 选题依据  23
    1.5.2 研究目的与意义  23-24
第二章 近缘物种微卫星标记对脊尾白虾的通用性  24-28
  2.1 前言  24
  2.2 材料与方法  24-26
    2.2.1 材料  24-25
    2.2.2 方法  25-26
  2.3 结果与分析  26-27
  2.4 讨论  27-28
第三章 磁珠富集法分离脊尾白虾的微卫星标记  28-38
  3.1 前言  28
  3.2 材料与方法  28-33
    3.2.1 材料  28-29
    3.2.2 方法  29-33
  3.3 结果与分析  33-36
    3.3.1 微卫星文库筛选  33
    3.3.2 菌落PCR检测重组率  33-34
    3.3.3 微卫星序列分析  34
    3.3.4 微卫星引物设计与筛选  34-36
  3.4 讨论  36-38
第四章 脊尾白虾微卫星标记的遗传多样性分析  38-58
  4.1 前言  38
  4.2 材料与方法  38-42
    4.2.1 材料  38-39
    4.2.2 方法  39-42
  4.3 结果与分析  42-54
    4.3.1 微卫星引物多态性筛选  42-43
    4.3.2 等位基因多态性  43-47
    4.3.3 等位基因频率  47-48
    4.3.4 基因型频率  48-50
    4.3.5 群体遗传多样性分析  50-52
    4.3.6 Hardy-Weinberg平衡检验  52-53
    4.3.7 遗传距离与聚类分析  53-54
  4.4 讨论  54-58
    4.4.1 微卫星标记有效性分析  54-55
    4.4.2 群体遗传多样性分析  55-56
    4.4.3 Hardy-Weinberg平衡分析  56-57
    4.4.4 遗传距离与聚类分析  57-58
第五章 小结  58-59
参考文献  59-67
附录  67-86
  附录一 梯度PCR产物电泳图  67-69
  附录二 多态性扩增电泳图  69-72
  附录三 等位基因片段表  72-76
  附录四 等位基因频率表  76-80
  附录五 基因型频率  80-86
致谢  86

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中图分类: > 农业科学 > 水产、渔业 > 水产基础科学 > 水产生物学 > 水产动物学
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