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奶山羊卵巢microRNA文库的构建及生物信息学分析

作　者: 赵海波
导　师: 曹斌云
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 奶山羊 卵巢 microRNA 文库构建 生物信息学分析
分类号: S827
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要


microRNA在卵巢、卵细胞和早期胚胎等繁殖相关的组织器官的生长发育过程中起着重要的作用,但是有关microRNA调控山羊繁殖性能的研究至今仍未见报道。本试验拟从转录组水平探索山羊产羔机理。本研究通过构建关中奶山经产羊多胎（3-5头）和单胎羊发情期卵巢组织microRNA文库,利用高通量测序技术筛选差异表达microRNA,并利用生物信息学分析基因结构和潜在的功能,鉴定调控奶山羊多羔性状的microRNA,为提高奶山羊产羔率提供试验依据。主要结果如下：1.通过分别对3个低产羔奶山羊卵巢组织混合样本（HBZ01）和3个高产羔奶山羊卵巢组织混合样本（HBZ02）的测序得知,此次solexa高通量测序低产羔奶山羊共获得7859386条原始数据,4911179条（127205种）imiRNA序列,高产羔奶山羊共获得28941514条原始数据,22557422条（454911种）miRNA序列。2.通过对其长度比较得知,HBZ01数据中长度为22nt的序列有2018266条序列,占总数的41.10%;HBZ02数据中长度为22nt的序列有8856575条序列,占总数的39.26%;对其miRNA种类统计同样得知在22nt处富集。3.利用实时定量PCR技术对文库中6种差异表达的miRNA（PC-5p-5964110, bta-miR-181cR-2, eca-miR-34b-3p2ss9AG10CT, bta-miR-425-5pL+1, bta-miR-10bR-1, bta-miR-223）检测,与文库中的结果一致,说明构建的文库质量合格。4.按照miRNA二级茎环结构要求,本试验共预测了241种新miRNA。从表达水平来看,PC-5p-5964110属于高表达。5.高低产羔奶山羊两样本间差异表达的miRNA有630种,其中新发现的就有31种。对所鉴定的630种差异表达的miRNA分析结果统计：487种miRNA在两种山羊卵巢组织中共表达,143种仅在高产羔山羊卵巢组织中表达。聚类分析表明,HBZ01中有2个miRNA与HBZ02相比是差异极显著的,分别是ssc-miR-451R-1和bta-miR-486R-1。

全文目录


摘要  6-7
ABSTRACT  7-11
文献综述  11-28
  第一章 microRNA为奶山羊产羔性能研究提供突破点  11-28
    1.1 奶山羊产羔性状研究的重要性  11
    1.2 MicroRNA简介  11-26
      1.2.1 MicroRNA的由来  11-12
      1.2.2 MicroRNA的定义  12
      1.2.3 MiRNA的命名  12-13
      1.2.4 动物中miRNA的形成  13-14
      1.2.5 动物中miRNA的作用机制  14-15
      1.2.6 MiRNA的表达调控  15
      1.2.7 MiRNA的表达检测  15-19
      1.2.8 国内外miRNA研究进展  19-26
    1.3 山羊中miRNA的研究进展和不足  26
    1.4 MiRNA研究的展望  26
    1.5 本研究的目的与意义  26-28
试验研究  28-60
  第二章 MiRNA文库构建和生物信息学分析  28-50
    2.1 引言  28
    2.2 材料和方法  28-32
      2.2.1 试验材料  28-29
      2.2.2 试验方法  29-32
    2.3 结果与分析  32-46
      2.3.1 测序建库前RNA样品的质检  32-34
      2.3.2 标准生物信息学分析  34-43
      2.3.3 高级生物信息学分析  43-46
    2.4 讨论  46-50
      2.4.1 制备高质量的RNA是成功构建miRNA文库的关键  46-47
      2.4.2 高通量测序技术适合miRNA文库的构建  47
      2.4.3 抑制miRNA来控制靶基因的表达  47-48
      2.4.4 ssc-miR-451_R-1功能预测  48
      2.4.5 bta-miR-486_R-1功能预测  48-50
  第三章 实时定量PCR验证差异表达miRNA  50-60
    3.1 引言  50
    3.2 材料和方法  50-54
      3.2.1 主要试剂  50
      3.2.2 主要实验仪器  50
      3.2.3 实验原理  50-52
      3.2.4 实验样本  52
      3.2.5 实验步骤  52-54
    3.3 结果与分析  54-58
      3.3.1 常规PCR鉴定  54-55
      3.3.2 实时定量PCR扩增曲线和溶解曲线  55-57
      3.3.3 数据分析  57-58
    3.4 讨论  58-60
主要结论  60
研究创新点  60
进一步研究的问题  60-62
参考文献  62-66
附录  66-72
致谢  72-73
作者简介  73

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 山羊
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