学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

三个山羊品种KAP7与KAP1-4基因CDS区的生物信息学和多态性分析

作　者: 彭艺艺
导　师: 陈玉林
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: KAP7基因 KAP1-4基因 绒山羊 CDS区 多态性
分类号: S827
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
下　载: 1次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载
 

内容摘要


陕北白绒山羊、太行黑山羊和南疆绒山羊被毛特征明显,是我国极具代表性的地方性山羊品种。本研究以陕北白绒山羊(n=272)、太行黑山羊(n=279)以及南疆绒山羊(n=208)为研究对象,通过对KAP7、KAP1-4基因CDS区进行生物信息学分析和多态性分析,以期为绒山羊分子育种提供理论依据。主要研究结果如下：1.KAP7基因的CDS区长度为258bp,所编码的蛋白质相对分子量(Molecular weight)为9105.0Da,其理论等电点(PI)为8.91,含有4个带正电荷的残基(Arg+Lys),不含带负电荷的残基。其分子式是C416H569N105O117S6,总原子数为1213,半衰期为30h,为稳定蛋白,其脂肪族氨基酸指数是30.94,亲水指数最大值为1.567,最小值为-1.467。对其进行跨膜结构预测结果显示其有两个跨膜结构。该蛋白仅有一个低组成复杂结构域。该蛋白有1个苏氨酸(Thr),4个酪氨酸(Tyr)具有成为蛋白激酶磷酸化位点的可能性,为非分泌蛋白。2.KAP1-4基因的CDS区长度为579bp,所编码的蛋白质相对分子量为19885.6Da,其理论等电点(PI)为6.03,含有6个带正电荷的残基(Arg+Lys),含有6个带负电荷的残基(Asp+Glu)。其分子式是C789H1257N231I281S44,总原子数为2602,半衰期为30h,属于不稳定蛋白。其脂肪族氨基酸指数是34.01,蛋白质亲水指数最小值为-2.056,最大值为1.744。该蛋白存在4个低组成复杂结构域。第1个结构域起于第25位氨基酸,止于第46位氨基酸；第2个结构域起于第92位氨基酸,止于第114位氨基酸；第3个结构域起于第135位氨基酸,止于第148位氨基酸;第4个结构域起于第162位氨基酸,止于第192位氨基酸。蛋白质序列中的6个丝氨酸(Ser)、3个苏氨酸(Thr),1个酪氨酸(Tyr)具有成为蛋白激酶磷酸化位点的可能性,该蛋白不属于分泌蛋白。3.三个山羊群体的KAP7基因均存在AA、AB两个基因型,其中AB基因型在129bp处发现C→G突变,突变位于5’调控区。在CDS区未发现突变,较为保守。在陕北白绒山羊群体中AA基因型频率为0.875(239/272),为优势基因型,A等位基因的基因频率为0.938,为优势等位基因。太行黑山羊群体中,AA基因型频率0.803(224/279)为优势基因型,A等位基因的基因频率0.902为优势等位基因。南疆绒山羊群体中,AA基因型频率为0.961(200/208),为优势基因型,A等位基因频率为0.981,为优势等位基因。4.三个山羊群体的KAP1-4基因均存在AA、AB两个基因型,其中AB基因型在218bp处存在C→T突变,该突变位于CDS区,但未引起氨基酸序列的变化,属于同义突变。在所研究的陕北白绒山羊群体中,AA基因型频率为0.526(143/272),为优势基因型,A等位基因基因频率为0.763,为优势等位基因。太行黑山羊群体中,AA基因型频率为0.566(156/279),为优势基因型,A等位基因的基因频率为0.803,为优势等位基因。南疆绒山羊群体中,AA基因型型频率为0.533(97/182),为优势基因型,A等位基因为0.767,为优势等位基因。

全文目录


摘要  5-7
ABSTRACT  7-11
第一章 文献综述  11-21
  1.1 山羊遗传资源  11-12
    1.1.1 陕北白绒山羊  11-12
    1.1.2 太行黑山羊  12
    1.1.3 南疆绒山羊  12
  1.2 山羊绒产业发展  12-13
  1.3 毛囊及其研究进展  13-15
    1.3.1 毛囊解剖学结构以及各部分功能简介  13-14
    1.3.2 毛囊循环再生  14
    1.3.3 毛囊周期的分子调控  14-15
  1.4 PCR-SSCP技术  15-16
    1.4.1 PCR-SSCP技术的原理  15-16
    1.4.2 PCR-SSCP技术的应用  16
  1.5 KAP基因的研究进展  16-19
  1.6 本研究的目的与意义  19-21
第二章 山羊KAP7、KAP1-4基因序列分析  21-38
  2.1 试验材料  21
    2.1.1 样品  21
    2.1.2 试验仪器  21
    2.1.3 试验试剂  21
    2.1.4 酶、试剂盒  21
  2.2 试验方法  21-24
    2.2.1 全血基因组DNA提取  21-22
    2.2.2 KAP7、KAP1-4基因的PCR扩增  22-24
    2.2.3 序列比对及分析  24
  2.3 结果与分析  24-35
    2.3.1 KAP7基因序列分析  24-30
    2.3.2 KAP1-4基因序列分析  30-35
  2.4 讨论  35-36
  2.5 结论  36-38
第三章 三个山羊品种KAP7、KAP1-4基因遗传多态性分析  38-48
  3.1 试验材料  38-39
    3.1.1 试验样品  38
    3.1.2 主要仪器  38
    3.1.3 试验试剂  38
    3.1.4 溶液试剂配制  38-39
  3.2 试验方法  39-42
    3.2.1 全血基因组DNA提取  39
    3.2.2 KAP7、KAP1-4基因的PCR扩增  39
    3.2.3 KAP7、KAP1-4基因SSCP分析  39-40
    3.2.4 三个山羊品种KAP7、KAP1-4基因遗传多态性分析  40-42
  3.3 结果与分析  42-45
    3.3.1 三个山羊品种KAP7基因遗传多态性分析  42-44
    3.3.2 三个山羊品种KAP1-4基因遗传多态性分析  44-45
  3.4 讨论  45-47
  3.6 结论  47-48
结论  48-49
创新点与不足  49-50
  创新点  49
  不足之处  49-50
参考文献  50-56
附录  56-58
致谢  58-59
作者简介  59

相似论文

  1. 缺血性脑血管病患者CYP2C19基因多态性分析,R743
  2. 猪BMP7基因启动子多态性及其与繁殖性状关联性分析,S828
  3. 猪BMP7基因外显子和内含子多态性检测及其与繁殖性状关系的研究,S828
  4. 铁皮石斛叶绿体微卫星的开发应用及其种间通用性研究,S567.239
  5. 鸡CFL2基因遗传变异及其效应与表达的研究,S831
  6. 水稻胁迫应答基因3’UTR模体及相关miRNA的生物信息学研究,Q943.2
  7. MTRR基因A66G多态性及血浆同型半胱氨酸水平与心肌梗死的关系,R542.22
  8. 棉铃虫细胞色素P450基因CYP9A17v2启动子活性分析,S435.622
  9. 东北地区玉米大斑病菌（Exserohilum turcicum）生理分化和遗传多态性研究,S435.131
  10. 日粮添加无机硫对辽宁绒山羊消化代谢、血液指标及产绒性能的影响,S827
  11. 安徽省部分地区乙型肝炎分子流行病学初步研究,R512.62
  12. 亚洲人白细胞介素6基因多态性与冠心病易感性的Meta分析,R541.4
  13. 急性白血病儿童还原型叶酸载体基因多态性研究,R733.71
  14. PD-L1基因多态性和可溶性PD-L1分子与中国人群食管癌的关联分析,R735.1
  15. 高分辨熔解曲线技术检测多药耐药基因SNP的方法建立和应用,R44
  16. PTEN基因与肝细胞肝癌发生发展的相关性研究,R735.7
  17. DNA修复基因XPG C46T单核苷酸多态性与结直肠癌化疗相关性的研究,R735.3
  18. 中国稻曲病菌群体遗传多样性研究,S435.111.4
  19. 年龄相关性皮质性白内障波形蛋白基因外显子和启动子的研究,R776.1
  20. 低氧训练对VEGF基因不同基因型携带者急性高原反应的影响,G804.2
  21. 基于程序切片的Java多态性研究,TP311.10

中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 山羊
© 2012 www.xueweilunwen.com