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基于SSR标记的西瓜DNA指纹图谱库的构建

作　者: 范建光
导　师: 于喜艳
学　校: 山东农业大学
专　业: 蔬菜学
关键词: 西瓜标准品种指纹图谱品种鉴定
分类号: S651
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
下　载: 23次
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内容摘要

西瓜（Citrullus lanatus）属葫芦科，是一种具有悠久栽培历史的世界性的园艺作物；是我国重要的蔬菜作物，在农业结构调整与农民增收中发挥着重要作用。利用已获得的最大限度准确反映遗传多样性关系的核心引物组合，建立了西瓜品种DUS分子测试技术，并构建了标准品种的DNA指纹图谱；同时利用这一技术对建库的788份西瓜材料进行了群体结构分析；通过基于计算机系统的指纹图谱库管理系统，形成了人机对话模式。具体内容如下：1.采用23个核心引物组合和56个形态标记分析西瓜DUS测试指南中24份标准品种的遗传多样性。核心引物组合共扩增73个多态性位点，多态性比率为73.74%，PIC值平均值为0.38；在遗传相似系数0.80处将24份标准品种分为3类。利用56个形态标记，在遗传相似系数为0.66处将标准品种分为2类，各生态类型混杂。形态相似系数和分子遗传相似系数二者之间的相关系数仅为0.186，没有相关性，分析结果表明：核酸指纹分类比传统形态学分类更为准确。2.采用二维（QR）编码构建了西瓜24份标准品种的SSR指纹图谱，并利用分子测试技术进行了DUS分子鉴定，保护品种“京欣2号”与对照品种“京欣1号”品种间遗传相似系数为0.89，比形态学鉴定的差异位点更多。3.利用PowerMarker3.25软件对788份西瓜种质资源材料进行遗传多样性分析，在遗传距离为0.477处将788份资源分为5类，即美洲生态型、东亚生态型、野生种、egusi类型及Citroides类型。同时利用STRUCTURE软件进行了群体结构分析，揭示了每一份材料的血缘组成情况。4.构建了788个西瓜品种的指纹图谱数据库，并通过基于计算机软件的数据库管理系统，实现了人机对话。

全文目录

摘要  8-9
ABSTRACT  9-11
1 引言  11-21
  1.1 西瓜属的植物学分类  11-12
  1.2 常用品种鉴定技术  12-14
    1.2.1 形态标记技术  12-13
    1.2.2 蛋白质标记技术  13
    1.2.3 同工酶标记技术  13
    1.2.4 DNA 指纹图谱技术  13-14
  1.3 常用 DNA 指纹图谱技术  14-17
    1.3.1 RFLP 指纹图谱  14-15
    1.3.2 RAPD 指纹图谱  15
    1.3.3 AFLP 指纹图谱  15-16
    1.3.4 SSR 指纹图谱  16-17
  1.4 DNA 指纹图谱库的构建  17-19
    1.4.1 构建背景  17
    1.4.2 材料要求  17-18
    1.4.3 技术选择  18
    1.4.4 构建方法  18-19
  1.5 DNA 指纹图谱的作用  19-20
    1.5.1 促进西瓜种质资源研究  19
    1.5.2 为品种鉴定提供科学依据  19
    1.5.3 为品种保护提供保障  19-20
  1.6 指纹数据库计算机管理系统  20-21
2 材料与方法  21-34
  2.1 材料  21-27
    2.1.1 试验材料  21-27
    2.1.2 主要试剂  27
    2.1.3 主要仪器  27
  2.2 方法  27-34
    2.2.1 DNA 提取  27-28
    2.2.2 DNA 检测  28
    2.2.3 SSR 分析  28-31
    2.2.4 形态学分析  31
    2.2.5 数据统计分析  31
    2.2.6 指纹图谱构建  31-34
3 结果与分析  34-50
  3.1 DNA 提取与检测  34
  3.2 西瓜 DUS 测试标准品种指纹图谱构建  34-41
    3.2.1 SSR 引物扩增多态性分析  34-35
    3.2.2 西瓜 DUS 标准品种遗传多样性分析  35-37
    3.2.3 SSR 标记与形态学标记聚类的比较分析  37-38
    3.2.4 24 份西瓜 DUS 标准品种指纹代码  38-40
    3.2.5 指纹图谱 QR 编码  40-41
    3.2.6 西瓜指纹图谱技术在西瓜保护品种分子测试上的应用  41
  3.3 西瓜种质资源指纹图谱构建  41-48
    3.3.1 SSR 引物扩增多态性分析  41
    3.3.2 西瓜种质资源聚类分析  41-43
    3.3.3 西瓜种质资源群体结构分析  43-48
  3.4 指纹数据管理系统  48-50
    3.4.1 管理系统的组成  48
    3.4.2 指纹数据的标准化  48
    3.4.3 品种查询功能的实现  48-49
    3.4.4 后台管理系统  49-50
4 讨论  50-53
  4.1 各种分子标记在西瓜 DUS 测试上的应用  50
  4.2 不同遗传关系分析方法的比较  50-51
  4.3 西瓜指纹图谱库的完善  51
  4.4 未来指纹数据库的发展趋势  51-53
5 结论  53-55
  5.1 DUS 标准品种指纹图谱构建  53
    5.1.1 基于 SSR 分子标记的遗传多样性分析  53
    5.1.2 基于形态标记的遗传多样性分析  53
    5.1.3 指纹图谱构建  53
  5.2 西瓜种质资源指纹图谱构建  53-54
  5.3 西瓜指纹图谱库的构建  54-55
参考文献  55-62
附录  62-64
致谢  64-65
攻读学位期间发表论文情况  65

基于SSR标记的西瓜DNA指纹图谱库的构建

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